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Après l'arrestation de Paine, Spydah et Flesh, Lee renvoie les Alpha Teens et leur retire l'accès à leurs véhicules ainsi qu'à leur ligne de crédit. Alors que les cinq jeunes sont contraints d'occuper des emplois ordinaires, Axel est attaqué par la créature de Lee.

Lee révèle à Axel que sa créature, Tilian, est en réalité un clone muté d'Axel. Il lui dévoile ses véritables intentions, ce qui lui vaut d'être déchu de tous ses pouvoirs au sein de Lee Industries. Lee tente de s'octroyer une intelligence et une force surhumaines grâce à des expériences sur lui-même, mais les Alpha Teens l'en empêchent, le transformant en un être totalement maléfique. Lee fait allusion à une « Mu-Team » et laisse entendre que Tilian n'est pas son seul clone.

Alors que le centre aquatique a été totalement détruit par Paine, Spydah et Tilian, et qu'ils peinent toujours à trouver des emplois rémunérés, les Alpha Teens s'installent dans un appartement vétuste. Garrett pourrait toutefois avoir une solution à leur problème. Pendant ce temps, Lee envoie des clones mutants de Lioness et de King, respectivement Firekat et Wrecka, pour anéantir l'équipe.

Shark décroche un poste de sauveteur, où il fait la connaissance d'une scientifique nommée Rachel. Malheureusement, M. Lee charge Rayza, le clone mutant de Shark, de kidnapper Rachel. Pendant que Hawk apprend les bases de la natation, lui et les autres membres des Alpha Teens sont attaqués par son clone, Stingfly.

Lioness est sollicitée pour prononcer un discours lors d'une collecte de fonds, ce qui fait ressurgir de vieilles peurs. Lee attire Axel dans un piège et envoie la Mu-Team lui tendre une embuscade.

Ayant besoin d'un surplus d'intelligence pour corriger un défaut de conception, M. Lee prend le contrôle de l'école d'élite que fréquente Duke, le frère de King. Le procédé qu'il utilise pour transférer l'intelligence de tous les élèves vers Duke transforme ce dernier en être maléfique et le dote de pouvoirs de télékinésie.

Pour son anniversaire, King emmène l'équipe faire du camping dans le parc national des Pins Bleus. Cependant, le parc ne ressemble en rien à la description qu'il en avait faite : une créature mutante féroce, née de la fusion de différents animaux, y rôde en liberté.

Paine reçoit une lettre contenant une photo de lui-même, du père d'Axel et d'autres personnes dont les visages ont été barrés ; il reçoit également un disque qui l'effraie énormément. Il demande à Axel de le protéger et promet de lui parler de son père.

Un ami de Garrett construit un nouvel avion, convoité par la Mu-Team. Dans l'affrontement, la Mu-Team détruit une partie d'un bâtiment, Shark sauve l'édifice mais reçoit une décharge électrique d'un câble et perd connaissance. À son réveil, Shark se prend pour un militaire.

Lorsque M. Lee fait évader Recombo de prison, ce dernier s'introduit dans les rêves de l'équipe A.T.O.M.

Le père de Lioness, un rockeur qui l'a négligée, vient lui rendre visite dans l'espoir de renouer avec elle. Pendant ce temps, Magness prépare un casse d'envergure.

Alors qu'il fouille le manoir de M. Lee, promis à la destruction, Axel découvre un conteneur renfermant une carte tracée par son père, qui lui indique le chemin vers sa ville natale. Lee capture Dragon et crée un clone cybernétique destiné à éliminer Axel.

Lors d'un appel à Lioness, sa cousine Eliza est attaquée et enlevée. L'équipe se rend au Brésil pour la secourir.

Pendant la période des fêtes, King se porte volontaire pour incarner le Père Noël dans le centre commercial local, tandis que les autres jouent les lutins. Toutefois, les jouets qu'ils distribuent ne sont pas ce qu'ils semblent être : Lee y a apporté sa touche créative.

Lorsque le père de Rachel, son bateau et son équipage disparaissent après avoir croisé la route du mystérieux Kraken, c'est à l'équipe de lui venir en aide. Tous les soupçons se portent sur Lee au moment où Rayza fait son apparition.

Vinnie Rossi est de retour pour Lioness et provoque l'apparition de failles volcaniques aux quatre coins de la ville. Par ailleurs, les jeux extrêmes de Hawk et Shark dans la neige ont causé pour 97 millions de dollars de dégâts, une somme que la ville attend qu'ils règlent.

Lee et la Mu-Team prennent le contrôle de la station spatiale alors que Garrett se trouve à bord. Parvenant à envoyer un message à l'équipe, il appelle à l'aide. N'ayant pas d'autre choix, l'équipe « emprunte » le Cosmo Jet et s'envole pour l'espace.

Axel tente de découvrir ce qui est arrivé à son père en utilisant tous ses souvenirs pour déchiffrer les codes et accéder aux dossiers de ce dernier. Soudain, Dragon surgit et engage le combat avec Axel. En parallèle, le père de Hawk vient lui rendre visite.

Attirée sur une île isolée par une boucle audio enregistrée de la voix du père d'Axel, l'équipe tombe dans le piège d'un chasseur dément qui les considère comme la proie ultime.

Une journée paisible au zoo de la ville pour Axel, King et Shark se transforme en un nouvel affrontement contre Lee et la Mu-Team. Ces derniers sont sur place pour utiliser à des fins malveillantes l'Hybridon, un amalgame mutant d'animaux responsable de la fermeture antérieure du parc national de Blue Pines, dont le zoo vient de faire l'acquisition.

Souhaitant faire ses preuves auprès de Lee et de la Mu-Team, Wrecka part seul dérober une cargaison de Thurlium, une substance capable de multiplier par cinq les mutations génétiques. Hawk, le seul membre de l'équipe présent à la base, est envoyé par Garrett pour l'arrêter. La situation se complique lorsqu'ils sont tous deux capturés par Magness, qui convoite le Thurlium pour décupler ses propres pouvoirs magnétiques.

S'inspirant de la « Mu-Team » et de ses éternelles querelles, Lee entreprend de disloquer les Alpha Teens en semant la méfiance entre eux et en les poussant à s'affronter.

L'équipe rencontre un nouvel ennemi, surnommé « Le Coureur ». Son but ? Voler des véhicules uniques.

Hawk décroche un rôle dans un film de kung-fu à Hong Kong, mais se retrouve vite dépassé par les événements. Accompagné des autres membres des Alpha Teens, il participe à une enquête faisant suite à un rêve mystérieux d'Axel, dans lequel son père affirmait que Jo-Lan était en danger.

Les Alpha Teens découvrent la cachette de M. Lee et se retrouvent face à face avec une Mu-Team qui commence à se lasser de son maître.

Dragon poursuit Lee à travers Landmark City. Au termes de l'affrontement, Lee se retrouve piégé dans la lumière dure et demande de l'aide aux Alpha Teens. Convalescent, Lee se retrouve alors en proie à l'Alliance du Serpent.