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Il prévoit d'utiliser les fragments pour créer un autre cristal de vortex afin d'alimenter son téléporteur de vortex. Pendant ce temps, HiTech, le second de Dregg, est propulsé dans l'espace et remplacé par Mung, le meilleur scientifique de Dregg, qui devient son nouveau second.

Pendant que Raphaël, Michaelangelo, Donatello et Carter s'efforcent de rendre à Leonardo son apparence normale, Mung vole tout le plutonium d'une centrale électrique afin que Dregg puisse construire un rayon de plutonium pour transformer Leonardo en tueur radioactif.

Lord Dregg téléporte Shredder et Krang de la Dimension X au Dreadnaught afin d'en savoir plus sur les Tortues et les armes de la Terre. Pendant ce temps, après avoir stabilisé définitivement sa mutation, Carter quitte finalement les Tortues et retourne à l'université.

Après avoir drainé l'énergie vitale des Tortues et l'intelligence de Krang, Dregg prévoit de tirer le téléporteur Vortex sur le Soleil, ramenant un morceau du Soleil sur la Terre. Si les Terriens refusent de se rendre, Dregg fera en sorte que la Terre devienne un second Soleil.

Après avoir redonné de l'énergie aux Tortues du présent, les Tortues du passé n'ont que 3 heures pour retourner à leur époque, sinon elles cesseront toutes d'exister. Pendant les 15 heures qu'il a fallu pour redonner de l'énergie aux Tortues, le reste de la flotte d'invasion de Dregg a été achevé et s'est déchaîné sur la ville. Les Tortues et Carter doivent maintenant arrêter Dregg, Krang et Shredder.

Le Dr Alvin Huxley a fait la démonstration de son invention révolutionnaire : L'ordinateur protéiné, un ordinateur qui pense aussi vite qu'un esprit humain et qui peut être relié à un esprit humain. Lorsque des gangsters s'introduisent dans la conférence du professeur et tentent de le kidnapper, les Tortues arrivent et chassent les gangsters. Mais il ne s'agit pas de gangsters ordinaires, car leur patron est le Globfather, une grosse amibe verte gluante vêtue d'un costume à rayures et d'un fedora. Le Globfather est sur Terre et veut obtenir l'ordinateur protéique pour quelqu'un qui est prêt à payer cher pour l'avoir.

Lord Dregg a réussi à ouvrir un gigantesque portail suffisamment grand pour attirer la Terre entière dans la Dimension X. Alors qu'ils tentent de trouver un moyen de l'arrêter, Leonardo, Donatello et Maître Splinter sont attirés par le portail, après que Dregg l'ait retourné contre eux.

Lord Dregg lance une dernière attaque contre les Tortues Ninja. Les Tortues doivent retourner au Technodrome pour récupérer l'ancien corps androïde de Krang afin de le vaincre.