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Minus et Cortex sont kidnappés à Washington, DC par une force inconnue. Cortex perd la mémoire et les souris sont alors emprisonnées dans une ville où tout le monde est obligé d'exécuter le Schëerskåhøvên, qui abrutit tout le pays.

Cortex retrouve la mémoire et les souris s'échappent. Ils pensent que Snowball est responsable du Schmëerskåhøvên, mais le trouvent emprisonné dans un établissement psychiatrique.

Les souris et Snowball recherchent celui qui a épissé leur ADN, le Dr Mordough, pensant qu'il est responsable de tout cela. Mais il s'avère que c'est son chat, Precious, et le temps presse.

Le projet de Minus et Cortex de modifier le caviar avec une capsule mutante est compliqué par une souris de laboratoire russe.

Cortex complote pour que chaque horloge sur Terre sonne à plusieurs reprises.

Une émission spéciale sur les moments forts de leur carrière est diffusée, mais tout cela n'est en réalité qu'une ruse pour que Minus et Cortex puissent hypnotiser les téléspectateurs.

Inspiré par les légendes du passé, Cortex tente de créer une légende sur lui-même pour acquérir une renommée mondiale.

Comment Acme Labs est devenu le foyer de Minus et Cortex.

Dans la finale de la série Minus et Cortex, Cortex et les personnages d'Animaniacs développent une parodie de Star Wars.