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Le boom immobilier à Amity Park dérange Undergrowth, le fantôme de tout ce qui est végétal. Le fantôme écologiste prend le contrôle de la ville, transformant tout le monde en plantes. Tous sauf Sam, qu'il fait devenir sa reine amoureuse de la Terre. Malheureusement, Undergrowth fait subir un lavage de cerveau à Sam et l'utilise pour attaquer Danny ! Pendant ce temps, Danny lutte contre un mauvais rhume qui l'affaiblit trop pour se battre. Échappant à Undergrowth dans la Zone Fantôme, Danny se tourne vers son ami Frostbite, qui aime le froid, et qui lui explique qu'il est en train de développer un nouveau pouvoir. Danny doit maintenant apprendre à maîtriser son nouveau pouvoir de congélation afin de pouvoir retourner à Amity Park et libérer la ville de l'emprise feuillue d'Undergrowth.

Après s'être perdus dans la zone fantôme, Danny et ses amis trouvent dans une zone gelée l'Infimap, une carte qui permet à son détenteur de voyager partout dans la zone fantôme. Après que Vlad Masters ait volé la carte, Danny, Sam et Tucker doivent le poursuivre à travers différentes époques et différents lieux, de Salem à la Rome antique, pour récupérer ce trésor avant qu'il ne parvienne à conquérir la Terre.

Après une dispute avec leurs petits amis respectifs, Spectra, Kitty et Ember s'allient et utilisent leurs pouvoirs pour faire disparaître tous les hommes. Danny et Jack pêchent dans le lac Érié, le seul endroit sur Terre immunisé contre le sort. Sam, Jazz et Maddie doivent arrêter les méchantes pendant que Danny est hors de la ville. Malheureusement pour Danny, Skulker passe plus de temps à le traquer afin de prouver à sa petite amie qu'il est un excellent chasseur. Amity Park pourra-t-il être sauvé sans son héros ?

Amity Park est en proie à une sécheresse, et le maire Vlad, désireux de marquer des points, libère Vortex, le fantôme du temps, pour faire tomber la pluie. Mais lorsque Vlad trahit Vortex, le fantôme conjure une tempête qui menace de noyer la ville ! Alors que Danny Phantom vole à la rescousse, il est frappé par la foudre. Lorsqu'il reprend conscience, il découvre que ses émotions sont désormais directement liées au temps !

Amorpho, un fantôme doté de pouvoirs de métamorphose, se fait passer pour d'autres personnes et leur cause des ennuis. Il prend ensuite l'apparence de Danny, et tous deux doivent apprendre le prix de la célébrité lorsqu'un appareil Fenton perturbe certains de leurs pouvoirs, empêchant Danny de retrouver son apparence humaine et enfermant le maléfique métamorphe dans une forme qui attire trop l'attention : celle de M. Lancer.

Les Fenton vendent Fenton Works aux Guys in White qui prévoient de détruire la Zone Fantôme (sans savoir que la Terre sera également détruite) à l'aide d'un missile. Pendant ce temps, Danny commence à se laisser séduire par la vie luxueuse et met en péril son amitié avec Sam et Tucker. Johnny 13 et Youngblood sont en réalité gentils avec Danny dans la Zone Fantôme.

La vengeance mutuelle entre Danny et Vlad commence par des farces enfantines, mais malheureusement pour Danny, elle prend fin lorsque Vlad décide de se présenter à la mairie d'Amity Park ! En intimidant les électeurs, Vlad remporte une victoire écrasante. Le nouveau maire est impatient d'utiliser son nouveau pouvoir pour rendre la vie de Danny et de ses amis aussi misérable que possible. Il ferme le Nasty Burger, interdit la technologie, crée de nouveaux uniformes scolaires et adopte tant de nouvelles lois au nom de la « protection des enfants » que Danny se trouve dans l'impossibilité de devenir fantôme.

En tant que l'un des fantômes les plus faibles de la Zone Fantôme, le Fantôme de la Boîte attaque avec toutes les « boîtes mortelles » qu'il possède dans le monde des humains, mais il est facilement vaincu par Danny. Il élabore alors un plan : il utilisera la « Boîte de Pandore », la boîte la plus puissante jamais créée, et se servira des pouvoirs maléfiques et mortels qu'elle renferme pour attaquer Amity Park. Danny doit désormais trouver la seule personne capable de sauver la situation : Pandore elle-même !

Danny se réveille avec un étrange casque sur la tête dans la Zone Fantôme. Il retourne à Amity Park et découvre que tout le monde est endormi à cause du fantôme du sommeil, Nocturne, qui aspire leurs rêves pour augmenter son énergie. Danny doit réveiller ses amis et sa sœur afin de mettre fin à cette menace.

La classe de Danny part en camping avec M. Lancer et Mme Teslaff dans un endroit abandonné qui semble hanté. Très vite, des témoignages faisant état d'apparitions de monstres et de disparitions d'élèves sèment la panique dans tout le camp. Des monstres commencent à apparaître et à perturber le séjour. À la grande surprise de Danny, ces monstres sont des fantômes travaillant pour Walker, à la recherche de Wulf. Danny doit désormais sauver son vieil ami et sa classe des griffes de Walker !

Dani Phantom est enfin de retour à Amity Park. Ayant plus que jamais du mal à se dissoudre dans le néant, elle cherche la seule personne qui puisse l'aider, son cousin et meilleur ami, Danny Phantom ! Cependant, Vlad la suit depuis sa dernière apparition et prévoit de récupérer sa « petite fille » en manipulant Valerie Gray pour qu'elle le fasse à sa place. Après avoir retrouvé Danielle, elle l'utilise pour attirer Danny dans un piège et se retrouve désormais avec deux Danny Phantom prisonniers ! Pris au piège par Valerie Gray, Danny doit trouver un moyen de s'échapper et de sauver sa cousine avant que Vlad ne la réduise en ectoplasme !

Danny renonce à ses pouvoirs après qu'une équipe de chasseurs de fantômes formée par Vlad l'ait rendu inutile. Mais l'équipe finit par faire payer ses services, et Vlad exige d'être nommé souverain de la Terre en échange de avoir sauvé la planète d'un astéroïde errant.