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Les Freedom Fighters testent un déroboticiseur sur Bunnie. Lorsqu'il réussit, Sonic décide qu'il est temps de sauver son oncle Chuck.

Les Freedom Fighters sauvent un bélier nommé Ari, qui dit que son équipe est détenue par Robotnik. Ari, cependant, a conclu un accord avec Robotnik et fait capturer Sonic.

Un rayon fait perdre la mémoire à Sonic et Snively lui fait croire que les combattants de la liberté sont diaboliques. Snively dit à Sonic de localiser Knothole afin qu'il puisse envahir.

Sonic souhaite que Robotnik soit arrêté avant de prendre le relais et Dulcy suggère qu'ils utilisent les pierres du temps sur l'île flottante pour faire exactement cela. Après une série de tests, Sonic et Sally utilisent les pierres pour revenir un jour avant la prise de contrôle de Robotnik. Mais réussiront-ils ?

Sonic et Sally n'ont pas réussi à empêcher Robotnik de transformer Mobotropolis en Robotropolis. Maintenant, ils doivent sauver leur passé et leurs amis du robot ainsi que l'emplacement futur de Knothole.

Antoine, le roi: Antoine devient le roi des Nasty Hyenas, mais ignore qu'ils vont le manger. Camping sauvage: Sonic, Tails et Antoine partent en camping. La nuit, Tails découvre qu'Antoine est parti et pense qu'un monstre est à proximité.

Lorsque Dulcy quitte Knothole sans un mot, Sonic et Sally découvrent qu'elle va à Dragonsnest. Robotnik a également trouvé Dragonsnest et prévoit de capturer et de robotiser tous les dragons.

Dans le Grand Inconnu, Sonic échappe à peine à un vortex et ramène un étrange anneau de puissance à Knothole. L'anneau transporte Sally et Bunnie dans le vide, tandis que Sonic est allé voir l'oncle Chuck et découvre le plan ultime de Robotnik.

Drôle de couple: Lorsque la cabane de Sonic est détruite dans un accident anormal, Sonic et Antoine sont obligés de devenir colocataires. Robecca: Antoine active accidentellement le robot de Rotor, qui a le béguin pour Antoine.

Sonic, Sally, Antoine et Dulcy recherchent la meute de loups pour former une alliance. Pendant ce temps, le travail sur le projet secret Doomsday de Robotnik se poursuit.

Robotnik cherche les parchemins Drood Henge, qui donnent l'emplacement des deux puissantes Deep Power Stones. Oncle Chuck en avertit Sally et Sonic et Tails découvrent que Robotnik a déjà l'une des pierres. Les Freedom Fighters doivent maintenant trouver le second avant qu'il ne soit trop tard.

Robotnik soupçonne les Freedom Fighters d'avoir un espion quelque part à Robotropolis et découvre qu'il s'agit de l'oncle Chuck. Antoine se fait capturer en essayant de l'avertir et c'est à Sonic de sauver la situation.

Robotnik publie les pods Doomsday partout sur Mobius. Alors que la planète entière est en danger, tous les combattants de la liberté se rassemblent partout et Sonic se prépare pour la bataille finale.