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Après son humiliant échec en tant qu'actrice de télévision, Rachel rentre à Lima pour comprendre ce qu'elle veut faire. Après avoir découvert que Sue a banni les arts de McKinley, Rachel prend sur elle afin de rétablir le Glee Club et le diriger. Pendant ce temps Blaine, qui n'est plus avec Kurt, a déménagé à Westerville où il est le nouveau coach des Warblers, tandis que Will est le nouveau directeur des Vocal Adrenaline et Sam l’entraîneur adjoint de l'équipe de football de McKinley.

Puck, Quinn, Santana, Mercedes, Brittany, Artie et Tina sont de retour à McKinley afin d'aider Rachel et Kurt à recruter des nouveaux membres pour le Glee Club.

Kurt et Rachel rencontrent des difficultés lors de la reconstruction et la gestion du Glee Club. Alors que Sue est préoccupée par le nouveau petit-ami de Becky, la relation entre Santana et Brittany passe à un niveau supérieur.

Lorsque plusieurs chorales prévoient de se rassembler à McKinley pour une compétition "sur invitation", ce qui ne veut techniquement rien dire, Rachel a peur que la chorale de Will, les Vocal Adrenaline, soit si exceptionnelle qu'elle ridiculise ses New Directions encore peu solides. Dans le but de leur épargner une défaite écrasante, elle implore Will d'y aller doucement et lui demande de faire en sorte que sa chorale offre un numéro volontairement moins spectaculaire lors de l'invitation. Il accepte mais, lorsque Sue a vent de cet accord, elle décide de prendre les choses en main. Bien qu'avec le départ de Will de McKinley, Sue et lui n'aient apparemment plus aucune rancune l'un contre l'autre, elle s'offusque toujours de la plus innocente des actions et c'est pourquoi elle décide de se lancer dans une grande action de vengeance. La première étape de son plan est de détruire la protégée de Will, Rachel. Elle hypnotise donc Sam en lui faisant croire qu'il est amoureux de Rachel, en espérant que ses avances amoureuses distrairont la jeune femme de la chorale. En parallèle, Sue met tout en œuvre pour réaliser un de ses rêves jusqu'alors tenu secret : pouvoir jeter des fleurs lors d'un fabuleux mariage gay. Pour cela, elle a bien l'intention de raviver la flamme de la romance abîmée de Kurt et Blaine.

Sue fait à nouveau des siennes en essayant de réparer les relations qui, d'après elle, ont besoin de son aide. Pendant ce temps, Kitty aide Rachel à trouver la liste de chansons idéales pour gagner « l'Invitation » et Sam recrute le joueur de football, Spencer, pour rejoindre le Glee Club.

Brittany et Santana ont de la famille à convaincre. Pendant ce temps-là, durant la semaine hommage à Burt Bacharach au Glee Club, Mercedes est de retour en Ohio pour convaincre Rachel de poursuivre ses rêves à Broadway.

Will prend des mesures désespérées pour enseigner la tolérance aux brutes de Vocal Adrenaline en s'inspirant des cours qu'il donnait aux New Directions. Le thème de la semaine est "la transition" et pour cela Will fait appel à Unique. Le coach Shannon Beist revient au lycée en tant qu'homme, désormais appelé Sheldon. Il est très bien accueilli par le lycée, mais est cependant insulté par les élèves de Carmel. Pendant ce temps, les New Directions soutiennent Rachel dans sa nouvelle vie quand elle découvre que la maison familiale a été vendue. Le thème de la semaine des News Directions est également "la transition". Alors que chacun tourne une roue avec le nom de chaque membres du glee club dessus, Kurt donne un léger coup de pouce à la roue pour que le nom tombe sur Blaine et ainsi faire un duo avec lui.

C'est le grand jour pour deux couples phares de la série. Deux mariages vont avoir lieu dans cet épisode, l'un sera prévu et l'autre sera en quelque sorte improvisé...

Un pré-ado anxieux demande que les New Directions se produisent lors de sa bar mitzvah et le Glee Club doit ainsi se préparer pour sa première prestation devant un public. Pendant ce temps, Spencer encourage Roderick à perdre du poids.

La Dalton Academy brûle et les Warblers doivent fusionner avec les New Directions pour former un super groupe. Pendant ce temps, Rachel supplie Carmen Tibideaux de la laisser retourner à la Nyada.

Ce sont les Sectionnals et les New Directions vont affronter Vocal Adrenaline dans une guerre sans merci. Pendant ce temps, Rachel réfléchit si elle réintègre la NYADA. Quelqu'un de très spécial aux yeux de la jeune femme va l'aider a y voir plus clair...

Retour en 2009 à l'époque où se formait le Glee Club.

Avant l'éclat de Glee voyons comment la vie des personnages ont progressé dans cinq ans sur route.