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SHADO s'engage dans sa première bataille contre l'ennemi. Sky One endommage un vaisseau extraterrestre qui s'écrase dans un lac. L'équipe de Straker capture son pilote, un étrange humanoïde à la peau bleue - et le sinistre secret derrière les Aliens est révélé.

Un avion d'essai XV-104 pénètre dans une zone ciblée par les OVNI, et le pilote, Paul Foster, observe à la fois l'OVNI et Sky One. En colère et frustré que personne ne croie à son histoire, Foster suspecte une dissimulation et décide de mener sa propre enquête sur les activités de l'ancien colonel de l'USAF Ed Straker.

Le corps d'un extraterrestre, retrouvé après une attaque d'OVNI sur la base lunaire, révèle de nouvelles preuves surprenantes qui bouleversent toutes les théories antérieures de SHADO sur les extraterrestres. Pour le pilote de l'Interceptor Jim Regan, la nouvelle a des conséquences tragiques puisqu'il devient possédé par l'esprit d'un Alien détenu dans le corps d'un chat siamois !

Lorsqu'un OVNI Alien cause la destruction du module lunaire 32, Straker exige un programme de nettoyage de la Commission internationale d'astrophysique pour éliminer les débris spatiaux dangereux de l'orbite terrestre. Mais M. Straker se retrouve aux prises avec James Henderson, président de l'I.A.C., qui veut l'arrêt complet des activités de SHADO...

"Important ? Qu'est-ce qui peut être plus important que la vie de votre propre fils ?". Straker est confronté à la décision la plus difficile de sa carrière lorsque son fils est gravement blessé dans un accident. Le médicament qui peut lui sauver la vie ne peut être transporté à temps de New York qu'à bord d'un transporteur SHADO - le même transporteur qui est le mieux placé pour suivre un transfuge étranger sur la côte ouest de l'Irlande.

Le talent de John Croxley pour la perception extra-sensorielle s'est accru après la mort de sa femme lorsqu'un OVNI s'est écrasé dans leur maison. Avec son esprit sous l'influence des Aliens, Croxley apprend les secrets du SHADO et attire Straker et Freeman dans les restes de sa maison - pour les tuer !

Lorsqu'un module lunaire est attaqué par un OVNI, Straker prend une décision d'une fraction de seconde qui met en danger les astronautes, mais les sauve finalement. Plus tard, il est surpris de voir son autorité remise en question par son officier le plus loyal, le colonel Paul Foster, qui mène une campagne contre lui. Puis on tente de tuer Straker...

Soupçonnant un OVNI responsable du naufrage d'un cargo, Straker, Foster et Nina Barry enquêtent à Skydiver. Attaqué par un OVNI sous-marin, le sous-marin est abattu sur une corniche au fond de la mer et l'équipage est pris au piège. Pendant que Straker se bat contre sa claustrophobie, Nina fait face à un cauchemar vivant...

Un navire de la Marine abat un OVNI dans l'Atlantique, mais l'Amirauté refuse de poursuivre l'enquête sur cet incident. M. Straker soupçonne une dissimulation et veut savoir pourquoi, de sorte Foster courtise la secrétaire de l'amiral Sheringham, Sarah Bosanquet. Ce qu'ils découvrent pourrait signifier la fin de toute vie sur Terre...

"Malheureusement pour eux, un extraterrestre est passé par cette porte à la place de son mari.". Dans les bois entre Clare Cross et Lingbury, un Alien blessé tombe sur un chalet isolé et est abattu par Liz Newton et son amant Cass Fowler. Liz et Cass sont emmenées au QG de SHADO pour être interrogées, mais quand le mari de Liz arrive au chalet, Paul Foster réalise que la mort de l'Alien n'était pas un accident !

Straker obtient l'approbation d'en haut pour construire une sonde avec une caméra qui suivra un OVNI jusqu'à sa planète natale. Inexplicablement, la technologie de la Terre est capable de suivre un OVNI voyageant à 8 ou 9 fois la vitesse de la lumière et de le suivre jusqu'à la maison. Un homme de SHADO essaie de convaincre Straker qu'ils perdaient leur temps, même s'ils ont pris de belles photos de la planète.

Un OVNI imprègne trois jeunes de pouvoirs incroyables. L'un fait sauter une station radar, l'autre vole des empreintes digitales et tente de monter à bord d'un sous-marin Skydiver pour le faire sauter. La troisième, une femme, tente de faire sauter le QG de SHADO mais l'OVNI qui alimente son pouvoir a été détruit.

Foster, dont la radio et la conduite d'oxygène sont coupées, est présumé perdu (mais ils ont fait un travail minable, n'essayant même pas de retrouver son corps) lors d'une confrontation avec un OVNI à la surface de la Lune. Foster est trouvé par un extraterrestre, et ensemble, ils traversent le paysage lunaire, développant une amitié lorsque l'extraterrestre doit essayer de faire des réparations de fortune sur le costume de Foster pour le garder en vie. À la fin, un équipage de Moonmobile trouve Foster et comprend mal son intention lorsqu'il les dirige vers l'extraterrestre tout près.

Après qu'un OVNI se soit inexplicablement détruit à moins de deux milles de la base lunaire, une mystérieuse roche de cristal est récupérée et provoque des hallucinations chez la personne à proximité. L'homme qui l'a trouvée pense que des bandits mexicains ont pris le contrôle de la base lunaire. Il est transféré au bureau de Straker, et il hallucine que SHADO n'est qu'un décor pour une série télévisée, qu'il est un acteur nommé M. Burns, que la base lunaire est accessible en franchissant deux portes depuis la salle de contrôle principale du QG SHADO, et que "Mr Straker" est indisponible. Straker brise l'hallucination en sautant sur la scène pendant que le Général Henderson fait un gros plan de la ligne qu'ils faisaient quand l'hallucination a commencé.

Un technicien de SHADO qui fait l'objet d'un chantage pour obtenir de l'information de la part d'une partie inconnue est arrêté par Freeman, mais pas avant que l'information ait été transmise. Le technicien divulgue à SHADO les informations qu'il a données aux maîtres-chanteurs et, après beaucoup de travail sur les données cryptées, ils découvrent que cela fait partie d'un plan des Aliens pour attaquer la base lunaire sans être détecté.

L'astronaute Craig Collins, porté disparu et présumé mort à la suite d'un incident d'OVNI qui a laissé le SID hors d'usage, est retrouvé vivant et en bonne santé. Mais alors qu'une opération de réparation sur le SID est prévue, le colonel Lake et le colonel Grey découvrent que Collins n'est plus l'homme qu'il était.

Deux membres de SHADO dînant dans un restaurant, reconnaissent un membre de Dalotek, une entreprise privée basée sur la Lune qui a découvert un dispositif extraterrestre qui a perturbé les communications entre la base lunaire et SHADO sur Terre.

En prenant le Lt. Lake à l'aéroport, Straker et Lake constatent que le temps a été gelé, sauf pour eux. La sciure de bois est suspendue dans les airs, le lieutenant Ellis est figé en plein mot sur un écran, et un homme se moque d'eux, travaillant apparemment pour les extraterrestres.

Foster est enlevé d'un spa de santé par des extraterrestres et est emmené dans l'espace, vraisemblablement de retour sur la planète d'origine extraterrestre. Cependant, l'OVNI est endommagé et s'écrase sur la Lune. Pendant que le personnel de la base lunaire tente de libérer Foster de sa combinaison, il se réveille dans le sauna du centre de santé.

Foster est soupçonné d'être une fuite de sécurité mais, pendant le procès, Straker apprend que l'appartement de Foster a été mis sur écoute.

Lorsqu'un pilote est tué parce que des agents de la base lunaire ne lui fournissent pas les renseignements nécessaires pour changer de cap, le personnel est rappelé sur Terre pour une enquête. Un OVNI s'écrase dans le nord du Canada et le même personnel est affecté à l'opération pour trouver l'OVNI.

M. Straker se souvient de son mariage et des jours orageux qui ont suivi, alors qu'il travaillait secrètement à la mise sur pied de SHADO et au recrutement de personnel.

Un OVNI se cache dans un lac d'un domaine de campagne d'un célèbre cavalier, disparu depuis. Lorsque SHADO traque l'OVNI et parvient à le détruire, il se décompose et laisse un étrange objet flottant dans le lac.

Un mystérieux dôme se trouve sous la mer, à l'intérieur duquel SHADO trouve des copies de leur personnel du QG qui utilisent une technologie non alliée pour usurper les instructions de SHADO à la base lunaire et Skydiver.

Freeman prend temporairement la relève pendant que Straker s'occupe d'une femme apparemment déterminée à enquêter sur ce qu'est SHADO.

Une femme se réveille d'un coma de 10 ans et commence à raconter l'histoire de sa rencontre avec des extraterrestres alors qu'elle et son petit ami étaient drogués.