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Le virus d'Ottox a été libéré au cœur de l'école. Il n'y a plus de poursuivants ni de poursuivis, tout le monde pouvant être infecté. L'école a été isolée par une clôture barbelée, personne ne peut plus entrer ni sortir du périmètre de sécurité. Les communications ont été coupées. La vie des infectés dépend d'un médicament sans lequel ils mourront en quarante-huit heures. L'endroit où se trouvent ces médicaments a été enseveli et muré par l'explosion.

Les enfants s'unissent aux professeurs et à Hugo afin de dégager l'accès aux médicaments dans les souterrains devenus instables. L'arrivée à l'internat de quatre inconnus infectés implique une menace pour la sécurité de l'école. Fermín essaie de détendre l'atmosphère du troisième étage en animant et jouant avec les enfants. Le rythme des contagions s'accélère. Iván reçoit la pire nouvelle de sa vie et Paula va au-devant d'un sérieux danger...

Tout le monde tente de dégager Hugo et Rebeca des décombres à la suite de l'éboulement qui s'est produit dans les souterrains. Julia donne rendez-vous à Iván dans la salle de bains alors que celui-ci tente d'assumer le fait qu'il est atteint de la maladie d'Alzheimer. L'un des quatre nouveaux arrivants du troisième étage ne veut pas y rester et affirme qu'il n'est pas malade. María est obnubilée par cette personne, d'autant plus qu'elle l'avait vue à l'internat, le jour de l'explosion, à la recherche d'une élève de terminale. Vicky a vu en rêve la même personne que celle aperçue par Marcos. Personne ne pense qu'il s'agisse d'une pure coïncidence que de voir le même homme chauve avec une cicatrice sur la pommette.

Lucía avoue à Alicia que la version officielle de la mort d'Héctor n'est pas certaine. Ils s'approchent un peu plus des médicaments grâce à des bâtons de dynamite obtenus par Garrido. Elsa et Alicia sont d'accord sur le fait que Fermín doit posséder une arme au troisième étage. Iván prend ses propres mesures afin que Julia ne souffre pas pour lui. Pendant ce temps, Marcos s'entête à trouver dans le deuxième sous-sol l'homme qui dit savoir qui a tué Carolina.

Lucía est en situation périlleuse après avoir reçu une balle. Alicia et Elsa vont tenter de demander de l'aide, contre l'avis du colonel, étant inscrit au protocole. Lucía réussit à s'en sortir grâce à Fermín. Les garçons trouvent au niveau –2 l'homme étrange des rêves. Mais ce qu'ils ignorent, c'est qu'Héctor est également piégé à cet endroit.

Les enfants ne savent que faire de l'homme des rêves. Il n'y a plus assez de médicaments pour tous les infectés. Lucía avoue aux enfants qu'Héctor n'est pas mort ce jour-là. Un des personnages de El Internado meurt assassiné.

María découvre la supercherie d'Hugo. L'homme mystérieux du niveau –2 tend un piège à Roque afin qu'il se dévoile devant ses camarades et qu'ils découvrent qui est le meurtrier de Carolina.

Roque prend la fuite à l'aide de son arme, condamnant ses amis à une mort certaine. Les malades se mutinent, près de sortir et de contaminer toute l'école. Hugo, acculé, n'hésitera pas à tuer pour s'échapper de l'internat et briser le périmètre de sécurité.

Alors que la maladie se répand sans contrôle dans l'école, quelques-uns de ses habitants assistent, effondrés, au rudimentaire enterrement d'Amelia. Sans aucun proche pour lui dire adieu, sans communication et sans pouvoir faire intervenir les autorités, l'institutrice des tout petits est enterrée dans le bois dans une rustique caisse de bois. Un effroyable pressentiment parcourt chacun des protagonistes présents à cette lugubre cérémonie : finiront-ils tous pareil ?

Les militaires ont séquestré Max, l'homme mystérieux, le seul capable de reconstruire la machine à radiations, et ils disposent autour de l'école des mines antipersonnel. Il est évident qu'ils ne cherchent pas à les sauver sinon à les laisser mourir, les exterminer. Lucía croit avoir trouvé une façon de fabriquer plus de médicaments mais la formule implique de récupérer du sang de Paula, ce que Marcos refuse de faire.

Fermín a marché sur une des mines antipersonnel que l'armée à placées autour de l'école et qui ont déjà fait leur première victime : Curro. Lorsque Hugo et le colonel apprennent ce qui s'est passé, pour eux, tout est clair : c'est l'occasion parfaite pour en finir avec le cuisiner une bonne fois pour toutes. Pendant qu'Hugo et ses complices planifient le meurtre de Fermín, Rebeca cherche le moyen de le sauver. Qui y arrivera en premier ?

Fermin a réchappé à la mort grâce à Rebeca. En revanche, Victoria a été retrouvée inanimée, sans pouls, après le vol de l'ordinateur d'Hugo perpetré par le lieutenant Garrido. L'infime espoir de créer de nouvelles doses de médicaments a disparu avec la découverte de la destruction des échantillons sanguins de Paula et la disparition de Lucía.

Alors que Fermín et María se sont mariés à l'internat, Roque surprend Garrido enterrant le corps de Lucía. Il le paiera de sa vie. Pendant ce temps, les militaires préparent l'assaut de l'internat afin de récupérer les échantillons du virus dans le but de créer des armes bactériologiques et s'enrichir grâce à leur vente.

Fermín et Rebeca tentent une incursion dans le camp militaire afin d'en faire sortir Max Levov. Clara a été manipulée par Garrido. Celle-ci, croyant à sa sortie, se fait abattre par Hugo. Elsa sera la première victime de la maladie. Rubén tente de s'enfuir de l'internat en enlevant Paula et en forçant Iván à conduire. Les enfants découvrent le corps de Roque pendu dans le bois. Iván est au plus mal.

Malgré la meurtre de Max, la machine fonctionne enfin. Iván avait mémorisé en rêve le code d'accès à la machine. Les enfants pourront enfin être guéris et il ne reste plus, aux survivants, qu'à rejoindre le monde libre. Mais qui seront les survivants ?