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De regreso en casa, Rigodón y Tico disfrutan de la tranquilidad del hogar. La princesa Romy acompaña a los profesores Fridricksson y Lidenbrock y a Hans a la estación, donde aguardarán a Willy Fog para despedir a sus amigos y compañeros de viaje. Entre tanto, en el Morning Chronicle, Ralph y el propietario del periódico muestran a Willy Fog una serie de ilustraciones de barcos hundidos por un supuesto monstruo marino que en los últimos días está ocasionando graves catástrofes. Willy Fog decide ir a los astilleros del Támesis a estudiar sobre el terreno los destrozos causados por el 'monstruo' en un barco recién llegado, no sin antes pasar por la estación de ferrocarril para despedir a sus amigos.

Rigodón y Tico trastean en la cubierta en tanto la princesa Romy lee y Willy Fog y Ralph acumulan cuanta información puedan encontrar referente a monstruos marinos, en la biblioteca del barco. Entra en escena Akita, el propietario del circo de Yokohama y su exótica y turbadora prometida, que visita al capitán acompañada del galante Willy Fog, lo que despierta un sentimiento de celos en la princesa Romy, molesta además por el hecho de que su marido haya olvidado su cumpleaños. El capitán invita a todos ellos a una cena de gala en su mesa, en el transcurso de la cual Willy Fog sorprende a Romy con un anillo y una magnífica tarta preparada por la prometida de Akita.

Es el primer día abordo del Abraham Lincoln. Willy Fog y Aronnax intercambian opiniones acerca del monstruo marino objetivo de la expedición. Tienen ocasión, más tarde, de conocer a Ned Land, adusto arponero canadiense. Ned Land demuestra su magnífica puntería, en tanto Ralph, guiándose por su olfato periodístico, aborda a Gus, que convenientemente disfrazado, se pasea por cubierta y Rigodón y Tico ayudan al marinero Carlo en sus labores de vigilancia. Gus, descubierto, pide disculpas al capitán, cuando de pronto, suena la alarma del barco y todos acuden a cubierta, desde donde avistan a una orca, que se acerca dando peligrosos coletazos que desequilibran la fragata y consiguen arrojar al capitán al agua. Ned Land da caza a la ballena, mientras que Gus se lanza al agua sin dudar un segundo, para salvar la vida del capitán estableciéndose de nuevo la tranquilidad.

El Abraham Lincoln navega a toda máquina por las aguas del Pacífico Sur, con toda la tripulación y los pasajeros en sus puestos. Gus avisa de la escasez de agua y deciden fondear ante un islote deshabitado para cargar fruta y agua, Rigodón y Tico enredan por los alrededores, donde son secuestrados por unos monos traviesos y enormes. Regresan precipitadamente al barco cuando éste hace sonar la alarma ante la presencia cercana del monstruo. Abordo reina la actividad el resto del día. A la noche, Aronnax señala un punto en el océano, en el que vemos emerger una oscura e indefinida mole.

Durante una interminable noche, el monstruo se aproxima y aleja de la fragata. Desconcierto del capitán y los marineros. Willy Fog cambia impresiones con Ned Land. Obedeciendo a su capitán, Ned Land lanza su arpón, que resbala tras un sonido metálico. Inesperadamente, el monstruo les embiste y el barco naufraga en la oscuridad. Willy Fog, Romy y Aronnax consiguen aferrarse a un madero. Pasan unas horas. Se escucha entonces el inconfundible silbido de Tico. Subidos a una extraña plancha metálica les aguardan Rigodón y Tico, que han logrado salvarse del naufragio con la ayuda de Ned Land.

El Abraham Lincoln desiste en la búsqueda de nuestros amigos y emprende la retirada para arreglar los desperfectos del buque. En el interior del submarino, Ned Land y Aronnax por un lado y Willy Fog, Romy, Rigodón y Tico por otro, se hacen cábalas sobre el lugar en el que se encuentran y el motivo por el que han sido conducidos allí. Tres marineros les guían a una lujosa biblioteca, en donde conocen al Capitán Nemo, su anfitrión, que les muestra sus dominios submarinos.

Mientras el Nautilus navega por el bello fondo marino, nuestros amigos visitan el submarino comenzando por la espaciosa cocina, repleta de víveres marinos en la que Rigodón se queda como ayudante de cocina del marinero Sam y Tico como pinche. Entre tanto, el malencarado Pat roba, con manos nerviosas, unos cuantos lingotes de oro del camarote del Capitán Nemo, para depositarlos con mucho sigilo en el maletín de Willy Fog. Visitan más tarde la sala de máquinas, en la que un orgulloso Capitán Nemo explica el funcionamiento de los motores, el sistema de aprovisionamiento de oxígeno, etc.

El Abraham Lincoln llega al puerto de Nueva York, en donde se confirma la desaparición de Willy Fog y sus acompañantes. Entre tanto, en el Nautilus, Willy Fog hace entrega de los lingotes robados al Capitán Nemo y ofrece su colaboración para descubrir al ladrón. Hablan sobre la construcción del Nautilus y el Capitán Nemo le invita, junto a Romy, el profesor Aronnax y Pat a dar un paseo por el fondo submarino. Equipados con trajes y escafandras se inicia un largo paseo. Descubren los restos de un naufragio. Romy sufre el ataque de una araña de mar.

Al doblar el estrecho de Torres, el Nautilus queda encallado y tienen que esperar a que suba la marea. Pat se fuga del camarote donde se encuentra encerrado y secuestra a Tico, huyendo con él al islote más cercano, que resulta estar habitado por salvajes. Pat convence a éstos para que le ayuden a abordar el submarino, lo que hacen gustosamente. Gracias a un plan ideado por Willy Fog consiguen salvar a Tico y reemprender la marcha del Nautilus.

Ralph informa a los miembros del Reform Club de la desaparición de Willy Fog y del hecho de que no se trata de un monstruo sino de un submarino. Abordo, Willy Fog tiene ocasión de ver un cementerio marino. Más tarde, el Capitán Nemo les invita a él y al profesor Aronnax a visitar las pesquerías de Ceilán. Willy Fog contempla con escafandra los esfuerzos de los pescadores de perlas. Un tiburón ataca al pescador y a Aronnax, que resulta herido. Willy Fog lucha con él, haciéndole huir. El capitán Nemo los protege a ambos de otro ataque y regresan al Nautilus. Poco después cruzan un paso subterráneo y salen al Mediterráneo.

De Londres sale una expedición a la búsqueda de Willy Fog. Ned Land ve fracasado su plan de fuga a causa del temporal. Nemo les conduce hasta la Atlántida. El viaje continúa y el Nautilus se dirige al Polo Sur, donde son atacados por un crucero de guerra. En una inmersión queda atrapado entre las planchas de hielo. Willy Fog propone que vistan sus trajes y escafandras y que piquen el debilitado hielo de la superficie con la ayuda de chorros de agua caliente. Así lo hacen y cuando empieza a faltar el aire, Nemo ordena que el Nautilus suba de nuevo a la superficie, rompiendo el hielo que lo aprisiona.

Al Morning Chronicle llegan noticias del submarino y renace la esperanza de encontrar a Willy Fog. Rigodón y Tico son perseguidos por un oso polar, durante una sesión de pesca en un iceberg y el Nautilus reanuda su marcha. Un pulpo gigantesco atrapa con sus tentáculos al Nautilus, desestabilizándose y atorando la hélice. Al ataque se suma algún pulpo más. El capitán Nemo ordena que el Nautilus suba a la superficie y con la ayuda de Ned Land, Willy Fog y Aronnax luchan con los pulpos hasta que el Nautilus está en condiciones de continuar la marcha.

Subiendo hacia las costas de Escocia, el Nautilus sufre el ataque del acorazado que lleva tiempo en su búsqueda tras el hundimiento del Abraham Lincoln. Ned Land prepara la definitiva huida del Nautilus con la aprobación de Willy Fog, cuando de nuevo salen a la superficie. Se acerca un torbellino, que amenaza con engullir al Nautilus. Willy Fog salta a tiempo a la lancha en la que aguardan sus amigos y ganan la costa. A lo lejos, desaparece de su vista el Nautilus. Son recogidos por un barco y llegan al puerto de Tilbury, en Londres, en loor de multitudes.