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Dr Horrible enregistre une vidéo pour son blog dans laquelle il répond aux mails de ses lecteurs. Son ami Moist arrive avec une lettre de Bad Horse, le chef de la Evil League of Evil, une ligue de "super-méchants". Celui-ci le prévient qu'il a bien reçu sa candidature et que, pour entrer dans l'organisation, le docteur doit faire ses preuves. Il décide alors de voler du Wonderflonium, élément nécessaire à la réalisation d'un Freeze Ray, littéralement "rayon gelant". Lors de l'opération, Penny, une jeune femme que le docteur a rencontrée à la laverie et dont il est amoureux, lui adresse la parole pour la première fois. Déchiré entre l'envie de faire connaissance avec Penny et le bon déroulement de son vol, il continue l'opération. Alors qu'il a pris le contrôle du véhicule, le Capitaine Hammer arrive et met hors service le dispositif de contrôle. Malheureusement, la camionette devient incontrôlable et fonce vers Penny. Capitaine Hammer arrive à temps pour pousser Penny dans les poubelles quand le Dr Horrible arrive à stopper le véhicule. Il se fait alors attraper par Hammer. Mais alors que celui-ci est distrait par Penny, Horrible s'empare du Wonderflonium et s'enfuit, laissant Penny et son ennemi flirter.

Dr. Horrible essaie désespérément d'attirer l'attention de Penny, mais malheureusement il semble que cette dernière soit folle amoureuse de Capitaine Marteau. Dans le même temps, Capitaine Marteau révèle sa vraie nature. Il semble qui ne soit enclin à faire le bien uniquement si cela sert sa propre personne. Dès lors, Dr. Horrible décide qu'il est temps de se débarrasser de Capitaine Marteau une bonne fois pour toute.

Bad Horse précise que si Dr Horrible veut rejoindre la ligue, il devra assassiner quelqu'un et maintenant que Capitaine Hammer sort avec Penny, le timing pour son assassinat semble parfait.