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Un an après qu'un mystérieux phénomène ait fait disparaître Charles Xavier et Jean Grey, les X-Men sont dispersés à travers le pays. Alors que la propagande anti-mutante devient de plus en plus oppressante, Wolverine doit trouver un moyen de secourir une famille de civils qui lui a sauvé la vie…

Le sénateur Kelly engage le programme de contrôle des mutants alors que la Confrérie tente habilement d'enrôler Malicia. Wolverine et un petit groupe de X-Men doivent alors essayer de sauver le politicien, menacé par les terroristes…

Emma Frost, une mystérieuse mutante, vient offrir son aide à Logan et ses amis pour retrouver Charles Xavier. Ses pouvoirs mènent l'équipe sur Genosha, nouvelle île utopique pour les mutants dirigée par leur ancien ennemi Magneto…

Xavier informe Logan que le continent Africain est sur le point de connaître un cataclysme. Toutes les évidences semblent indiquer que Tornade en serait la cause…

Un mystérieux commanditaire passe un accord avec la Guilde des Voleurs afin de dérober un collier inhibiteur de pouvoirs détenu par les X-Men. Wolverine doit alors se lancer seul à la recherche de l'objet volé et d'un membre de la Guilde, un certain Gambit…

Un groupe de mutants clandestins prend place à bord d'un cargo à destination de Genosha. Maltraités par l'équipage, les réfugiés trouvent rapidement l'aide d'un mystérieux mutant aux pouvoirs de téléportation. Mais la situation s'envenime lorsque plusieurs guerriers prennent d'assaut le bateau…

Nick Fury force Wolverine à lui prêter main forte pour arrêter Hulk, alors en liberté à la frontière Canadienne. Mais la présence du géant vert pourrait ne pas être totalement hasardeuse…

Un puissant mais incontrôlable mutant nommé Nitro se livre lui-même au MRD pour éviter de mettre des innocents en danger. Mais la Confrérie des Mutants voit en lui la nouvelle arme qui leur permettrait de mettre à mal les forces du gouvernement…

Plongé au coeur d'un futur apocalyptique dirigé par les Sentinelles, le professeur Xavier est capturé et privé de Cerebro, son seul moyen de communication avec les X-Men du passé. Aidé par Bishop, Marrow, Domino et leurs compagnons, Charles doit trouver un moyen de récupérer l'appareil à n'importe quel prix…

Diablo et ses protégés arrivent enfin à Genosha, où ils sont accueillis par un Magneto enjoué. Lui promettant le sanctuaire, l'ancien ennemi des X-Men compte bien faire de Diablo un nouvel allié. Mais tout n'est pas si parfait à Genosha…

Tourmenté par des souvenirs lointains, Logan demande l'aide d'Emma Frost pour en découvrir plus sur son passé. Alors qu'il part à la recherche de son histoire, les dirigeants du projet “Arme X” observent sa progression avec attention…

Ne pouvant supporter l'idée que Jean est peut-être toujours en vie quelque part, Cyclope se lance dans une quête personnelle qui le conduira jusqu'au repaire de Sinistre…

Tildie Soames, a mutant whose nightmares become a reality, joins the Brotherhood. Meanwhile, Magento uses his Acolytes to break certain mutants out of prison.

Wolverine reçoit un appel téléphonique lui annonçant que Christy Nord est en danger. Il part la rejoindre mais il arrive trop tard. Elle a été enlevée par l'Arme X, l'organisation qui avait fait disparaître son père et qui employait Logan avant qu'il ne perde la mémoire...

Nightcrawler and Scarlet Witch fight Wolverine who is being controlled by Mojo.

In the future, Professor X and his X-Men find a lonely mutant named Polaris.

Lorsque Logan rentre à l'institut, tous les mutants ont disparu à l'exception de Malicia. C'est Kenichiro Harada, le samouraï d'argent, qui se cache derrière cet enlèvement...

When the M.R.D. creates mutant hunting Sentinels, the X-Men and the Brotherhood team up to take down them, and Master Mold, down.

The M.R.D. takes things too far when Angel's wings are severly damaged. Offering his help, Mister Sinister transforms Angel into Archangel.

When Cyclops' visions of Jean Grey get in the way of a battle against Juggernaut, Emma Frost offers to erase all of his memories of Jean. When he accepts, Emma delves in his mind and is shocked by what she sees.

In the future, Marrow has developed a strong friendship with the re-programmed sentinel.

Genosha ferme ses frontières. Le Sénateur Kelly est persuadé que Magnéto prépare un coup. Il envoie un espion au coeur de la Cité Mutante, en la personne de Gambit...

Emma is able to locate the missing Jean Grey after Jean, who is stricken with amnesia, uses her powers in a local hospital. Unfortunately, the event doesn't go unnoticed by Sinister who sends Archangel to retrieve her. Can Emma and Scott get to her on time?

Jean Grey a été enlevé, mais alors que les X-Men commencent la recherche, un nouveau problème se pose. Magneto a forcé la main du sénateur Kelly à lancer une attaque sentinelle sur Genosha afin qu'il puisse riposter et commencer la guerre! Pendant ce temps, dans le futur, Mastermold a capturé Xavier et le force à révéler les emplacements des mutants partout dans le monde!

Les sentinelles commencent leur attaque contre Genosha, provoquant des dissensions dans les rangs lorsque Scarlet Witch prend une décision importante quant à son côté. De plus, les véritables intentions du Cercle Intérieur avec le Phénix sont révélées, ce qui a amené Emma Frost à remettre en question sa loyauté. Pendant ce temps, à l'avenir, les futurs X-Men forment leur plan pour éliminer Mastermold.

Le cercle intérieur parvient à tirer le phénix de Jean Grey, mais il s'avère plus puissant que quiconque aurait pu l'imaginer. Maintenant, Cyclope, Emma Frost et le reste des X-Men doivent trouver un moyen de l'arrêter avant qu'il ne détruise le monde! De plus, les futurs X-Men commencent leur assaut sur Mastermold et les Sentinelles!