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Un agent de Mission Impossible est mort en essayant d'arrêter le prince Selimun, trafiquant de drogue pour le compte de l'organisation du Serpent d'Or. Barney, le père de Grant s'infiltre dans l'organisation mais il est capturé par Selimun...

Barney, affaibli par les tortures, tombe à la mer lors de sa fuite du repère du Serpent d'Or. L'équipe, pressée par le temps, ne peut le secourir. La dirigeante de l'organisation, Drago Conrad, croyant enfin être en possession de la drogue, se débarrasse du prince Selimun. L'équipe va tout faire pour l'obliger à révéler le cartel.

Le prince Arkadi conduit lentement son pays vers la démocratie, grâce à l'influence d'une princesse américaine. Jim et ses amis devront déjouer l'attentat préparé par Caron, leader du groupe extrémiste, en identifiant et neutralisant Coyotte, l'assassin chargé d'éliminer la princesse.

Le père Vallis est l'unique personne connaissant la cachette d'une relique sacrée, la Croix de St. Barnafas. Cette croix est la preuve des atrocités que Savitch, le ministre de la Défense, a exercées. L'équipe de Mission Impossible doit délivrer le père Vallis retenu prisonnier par Savitch et retrouver cette relique.

Jim et son équipe doivent empêcher le général Vang Kai, chef d'Etat du Kangji, d'effacer la capitale de la carte au moyen d'un dispositif nucléaire. Celui-ci entend désigner les Etats-Unis comme coupables pour ensuite prendre le pouvoir.

Le général Eli Szabo, à la tête de l'armée d'un petit pays d'Europe centrale, la Sardevia, a l'ambition d'étendre son pouvoir. Il projette d'envahir le pays voisin, riche en ressources pétrolières. L'équipe doit intervenir pour éviter que la région entière ne devienne un champ de bataille.

Un membre de l'équipe de Mission Impossible disparaît peu avant la mise en orbite du premier satellite commercial autour de la Terre. Un coup monté semble probable et l'équipe doit surveiller le site de lancement de très près.

L'équipe tente d'infiltrer la réunion secrète de plusieurs groupes néo-nazis, rassemblés pour procéder à la nomination d'un nouveau dirigeant unique qui renforcerait la cause nazie. Il est aussi question d'une nouvelle arme spéciale, présentée au cours de l'assemblée.

Dans le seul but d'augmenter ses profits, un trafiquant d'armes irlandais n'hésite pas à attiser les tensions entre les deux factions opposées de l'IRA. L'équipe de Jim Phelps doit faire entendre raison aux deux parties, afin qu'elles s'allient contre ce trafiquant peu scrupuleux.

L'équipe de Jim doit retrouver un tableau, le trésor national d'un pays, dérobé lors d'une exposition aux Etats-Unis. Le vol aurait été commandité par un ministre de ce pays qui désire faire accuser le gouvernement américain de la disparition du tableau et le rendre redevable.

Le terroriste Joussef K, originaire d'Orambach, prévoit de lâcher un virus mortel sur les champs de blé américains. L'équipe de Jim doit stopper la production de ce virus et détruire la cellule terroriste.

Après la découverte de plusieurs cadavres, tous membres d'une tribu primitive en voie d'extinction, l'équipe de Jim se rend sur place et découvre une mine d'or exploitée sur le territoire de l'ethnie. Ils vont essayer d'y pénétrer par tous les moyens...

De nombreuses figures politiques sont assassinées, chacune tuée par leur plus proche conseiller. Mais les mobiles ne sont jamais révélés puisque les coupables se donnent la mort immédiatement après leurs crimes. L'équipe de Mission Impossible doit trouver la cause de ces meurtres parfaits.

McClintock, un ancien membre du Congrès, a construit une ville de cow-boys au Nevada. Il est soupçonné de fournir des armes à des terroristes, et serait aussi le responsable de la disparition d'un agent du FBI.

L'équipe de Mission Impossible est envoyée à Bogota pour démanteler un cartel de drogue. Mais Shannon perd la mémoire dans un accident d'avion et s'éprend du neveu du dirigeant de l'organisation.

Quand plusieurs leaders progressistes égyptiens sont tués, l'équipe de Mission Impossible est envoyée au musée du Caire pour arrêter les actions du chef du département des études antiques. Il s'avère que celui-ci a ranimé le culte de Seth en procédant à des cérémonies sacrificielles.