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Après la dissolution de Mystères Associés, Crystal Cove est attaquée par un homme-bébé appelé Crybaby Clown. Le successeur du Maire Fred Jones Sr., Janet Nettles, est approchée par un mystérieux personnage qui lui donne des fichiers sur Mystères Associés tout en précisant qu'elle doit obtenir leur retour.

Alors que Fred tente de retrouver l'amour de Daphné, une nouvelle venue arrive dans l'équipe: Miss Eau de Boudin. Ils devront affronter une sorcière venue de Russie avec sa maison sur pattes qui terrorise la ville.

Le clown est de retour et cherche à se venger ! Pour cette raison, il kidnappe de nombreux résidents de la ville : un thérapeute, un coiffeur et un chirurgien esthétique. Bien sûr, Scooby et les autres s'attaquent immédiatement à cette affaire et tentent de retrouver les personnes disparues.

Dreamweaver ressuscite et lave le cerveau d'un ancien groupe de joueurs de Cryptes et Créatures (y compris le shérif Bronson Stone) en saisissant leur esprit pendant qu'ils dorment!

Une créature appelée La Hodag of Horror attaque Crystal Cove. En même temps, Brad Chiles et Judy Reeves (les vrais parents de Fred) ont soudainement réapparu.

La peinture d'un artiste vient à la vie et attaque les mécènes du musée. Le gang est invité à résoudre le mystère de sorte que le Musée d'art puisse être sauvé.

Une goule interdit l'accès à son cimetière.

Gary et Ethan sont attaqués par la sombre Lilith sur le mont Diablo et perdent le ballon fétiche de l’équipe de foot.

Jebediah Grim, un monstre pèlerin traque, attaque et juge certaines femmes de Crystal Cove au hotspot de l'amant, Chemin des amoureux.

Notre équipe se rend dans une bibliothèque étrange où des monstres effrayants apparaissent et disparaissent dans chaque pièce.

Un robot style IIIème Reich attaque Cassidy Williams et détruit sa station de radio. L'enquête les mène à une cité engloutie.

Une créature ressemblant à un ours attaque le maire Nettles et le shérif Stone dans les bois de Crystal Cove, près de Destroido. Ils se tournent vers le gang pour demander de l'aide, expliquant que la créature s'appelle l'Epouvantail et qu'elle rôde près de la compagnie Destroido depuis des semaines. La bande découvre que la société Destroido a laissé du lithium toxique se répandre dans les bois, ce qui a entraîné la mutation des plantes et des créatures qui y vivent, dont l'Epouvantail. Pendant ce temps, M. E et le professeur Périclès ont recruté Brad et Judy pour les aider à trouver les morceaux du disque planisphérique de la bande, et ont eu recours à des mesures drastiques pour écarter la bande de leur chemin.

Un adolescent qui vandalise un quartier est attaqué par une créature qui se fait appeler "Krampus", et ses cheveux deviennent blancs comme neige sous l'effet de la peur. Trois autres enfants sont attaqués alors que la bande rencontre le maire Nettles et le shérif Stone à la patinoire et à la salle de jeux. Réalisant que Krampus s'en prend aux "mauvais garçons", comme l'adolescent susmentionné, la bande se tourne vers Mary-Ann Gleardon, emprisonnée, pour lui demander de l'aide, mais Krampus l'attaque et l'enlève de la prison. À la fin, il est révélé que le gang a enrôlé les forces de Hot Dog Water, Jason Wyatt, Mary-Ann Gleardon, l'ancien maire Fred Jones Sr. et Charlie le Robot (de l'exposition du Musée Hanté) dans un plan élaboré pour voler les morceaux du Disque Planisphérique du Mystery Incorporated original. Après que le gang ait réassemblé le disque, les yeux du Crystal Coffin s'illuminent et il murmure "Nibiru".

L'usine de Monsieur E est la cible d'un mystérieux dragon télécommandé par l'infâme Zin. Celui-ci est à la poursuite de la pile Quest X, qui est censée produire une énergie illimitée, mais elle a été dissimulée dans un endroit surprenant...

Les répétitions de la Crystal Cove Haunted Historical Society sont interrompues par une momie fantôme. Mystery Inc. est appelé et devient à la fois la troupe et l'équipe de la production de la pièce.

Le shérif Stone est persuadé que les extraterrestres ont envahi la Terre et qu'ils s'apprêtent à lui dérober son cerveau. Il demande aux membres de «Mystères Associés» de le protéger contre cette menace. D'autres indices semblent révéler la présence d'extraterrestres : un agroglyphe, d'étranges lumières flottantes, une panne subite de...

Afin de trouver la cachette du disque planisphérique, le professeur Pericles modifie génétiquement des veaux en les croisant avec des abeilles et des piranhas.

Une musique envoûtante se répand sur Crystal Cove. Les habitants sont pris d'une frénésie de danse et ne peuvent plus s'arrêter. Y aurait-il un rapport avec ce groupe de musique «Ska» disparu il y a trente ans dans un accident d'avion ? Et que penser de ces signes inquiétants d'activités nocturnes dans le cimetière de Crystal Cove ?...

Alors que Francilee relance son émission de cuisine, elle est attaquée par un monstre qui s'en prend à toute nourriture à base de gluten. Le docteur Spartan, qui est devant sa télé, reconnaît le démon et décide de se rendre à Crystal Cove afin de l'empêcher de nuire...

Un bandit sévit sur les routes de Crystal Cove : il vole les gens et charme les femmes, qui comme hypnotisées, le suive dans son repaire. De son côté, Scooby-Doo fait de plus en plus de rêves étranges concernant Nibiru. Mais il se joint à l'équipe pour enquêter sur le mystérieux criminel...

Comme le gang enquête sur une maison hantée, un homme ressemblant à Fred attire Fred à travers un miroir et l'emmène dans un monde où le disque planisphérique a détruit tout Crystal Cove.

Après avoir été hypnotisé pour entrer dans le monde du rêve, le gang est poursuivi par le Monstre.

Le gang, accompagné de la mère de Velma, va au Yucatan dans une tentative pour chercher le cœur de la Jaguar après que le vieil ami d'Angie, le professeur Enrique Andelusossa, est «consommé par la jungle" près du temple des Chasseurs.

Toute la ville de Crystal Cove est kidnappée et forcée à creuser sous la ville pour retrouver la porte menant au sarcophage.

L'équipe originelle de Mystères Associés touche au but. Mais pour arriver à leur fin, ils ont besoin de leurs successeurs. Se servant de miss Eau de Boudin comme otage, le professeur Périclès parvient à forcer Scooby Doo et ses amis à l'aider...

Le dénouement est proche. L'entité maléfique qui se terre sous Crystal Cove est sortie de son sarcophage et menace de tout dévorer. Scooby va se dévouer pour mettre en échec les projets malfaisants du monstre...