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La jeune Ayane mène une double vie : étudiante sombre et taciturne au lycée et redoutable mercenaire pour le compte d’AEGIS. Afin de lutter contre la menace grandissante des envahisseurs, elle recrute Miyu, une camarade de classe qui possède elle aussi une Gate. Mais le tandem peine à trouver son équilibre : Ayane refuse d’utiliser sa Gate et Miyu subit les sarcasmes de sa coéquipière. Pendant ce temps, la mystérieuse Ghost Girl tisse dans l’ombre les prémisses d’un complot démoniaque dans lequel Ayane est directement visée.…

Suite à une terrible révélation sur l’origine des envahisseurs, Miyu refuse de se battre contre ceux-ci. Satoka, une nouvelle recrue, prend quant à elle, un plaisir certain à chasser l’ennemi. Pendant ce temps, les envahisseurs multiplient leurs attaques et Ayane tombe dans le coma. Les Gate Keepers pourront-ils défendre les humains contre la mystérieuse Ghost Girl ?