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Mandchourie, octobre 1941. L'armée du Kanto inspecte un train, à la recherche d'un scientifique nommé Takamura et de sa mystérieuse boite noire. Soudain, le ciel s'illumine. Des créatures étranges apparaissent et se lancent à l'assaut du train, massacrant aussi bien les soldats que les civils. Taishi, le fils du professeur Takamura, profite de la confusion pour quitter le train avec la boite. Mais il est bientôt rattrapé, et ne doit son salut qu'a l'intervention d'une troisième force...

Décembre 1941. L'armée du Kanto, après avoir volé le module, fait route vers sa base secrète. Elle compte complèter le Kishin quatre et étendre ainsi sa domination mondiale. Mais l'activation du module provoque l'apparition des extra-terrestres. C'est cette opportunité qu'attendait la Kishin Corps pour attaquer. Taishi, soudainement plongé dans cette confusion, recherche toujours le module de son père.

Les Kishin Corps ont retrouvé la trace du module, camouflé dans un train de l'armée du Kanto, et préparent une embuscade. Cette dernière tourne mal quand survient une attaque aérienne imprévue...

Juillet 1943, Shinkai transfère sa division en Europe et arrange une alliance entre les nazis et les extra-terrestres. Pendant que la force de défense active prépare une évasion du territoire américain, les nazis commencent a attaquer ! Taishi, à la recherche du module disparu, tombe sur de vielles connaissances. Le conflit avec l'armée du Kanto et les extra-terrestres n'est pas loin...

Avril 1945. La Kishin Corp est en mauvaise posture : Alors qu'elle achève la construction de Kishin 4, le module est toujours entre les mains de Shinkaï... Les extraterrestres et les nazis ont commencé la production du Panzer Knight, et les Etats-Unis projettent de lancer la première bombe atomique sur l'usine

Le début de la bataille finale. Le super canon nazi fait sauter le Kishin express ! Le combat contre le Panzer Knight commence alors que le B29 transportant "Glamour Girl" approche rapidement... mais où est Taichi ?

La bataille finale! Tous les corps de Kishin se battent contre le super-puissant Panzer Knight.