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En 2002, une éruption volcanique donne naissance à une nouvelle île : Heisei. Deux reporters, Iwakura et Asayomi, trouvent un jeune garçon sur cette île. Le docteur Yokoyama, qui est à la tête de l’Agence pour l’Environnement de la Planète, découvre que ce jeune garcon est vierge de tout souvenir. Une mystérieuse organisation tente alors d’approcher le jeune garçon.

Un homme du nom de Rush rencontre le jeune garcon “sans mémoire”. Ce dernier tombe des nues quand Rush lui apprend qu’il s’appelle Mars et qu’il a été envoyé par des extra-terrestres pour détruire la Terre. Mars rêve alors d’une séduisante jeune femme. Son réveil a activé un Gardien géant, Titan, qui doit détruire la planète.

Titan est anéanti par l’armée. Mais cet incident a réveillé un autre Gardien : Gaia. Mars ne veut pas ordonner à Gaia de détruire la Terre car il souhaite que l’humanité soit une espèce pacifique. Rush donne alors dix jours à Mars pour changer d’avis. Comme Mars ne veut pas exécuter sa mission, 6 géants s’éveillent pour détruire la Terre à sa place.

Une série d’événements extraordinaires entraîne la destruction de monuments historiques tel que le Sphinx. L’armée enquête et Mars part pour l’Egypte. Hopper, l'un des six géants, veille sur le Sphinx et veut tuer Mars.

Le journaliste Iwakura se rend à Heisei pour enquêter sur le passé de Mars mais un tremblement de terre le précipite dans un gouffre. Il y découvre une chambre secrète et un ordinateur de dernière génération. Mars, de retour d’Egypte, est attaqué par un autre géant.

Le troisième Gardien, Sensor Hunter, engage une rude bataille contre Mars. Quant à Iwakura, il découvre des choses incroyables concernant Mars et les six géants grâce à l’ordinateur qu'il a découvert.

Le corps de Mars, blessé lors de la bataille précédente, commence à se décomposer. Gaia, le seul géant qui sache quelque chose du passé de Mars, soigne ses blessures. C’est alors que le quatrième géant attaque Mars.

Mars, gravement blessé et fatigué par tous ces combats, entend alors une douce voix féminine : “Je vais te rendre tes souvenirs, Mars”. C'est ainsi qu'il apprend que les Dieux de la Voie Lactée l’ont envoyé sur Terre pour détruire cette planète avant que les hommes ne commettent l’irréparable.

Uraeus, l'un des 6 géants, attaque le laboratoire de l’île d’Heisei où Mars panse ses blessures afin de se débarrasser à jamais du jeune garçon.

Le dispositif de protection du laboratoire est activé et Mars est placé dans un abri. Uraeus attaque alors Tokyo pour faire sortir Mars de sa cachette.

Mars, après avoir vaincu Uraeus, doit immédiatement affronter un autre géant. Le système de contrôle permet à Mars de se cacher sous Terre. Mais Rush envoie le dernier géant, Rah, pour tuer Mars.

Mars neutralise l’énergie de Rah avec l’aide de Gaia, mais ne parvient pas à trouver de solution pour sauver la planète. Iwakura communique alors à Mars les informations qu’il a trouvées dans le laboratoire secret. Parmi ces informations, il y a un indice qui permet de sauver la Terre.

Rush reprend le contrôle de Rah et tente désespérément d’éliminer Mars. L’issue de cette bataille décidera du destin de la planète Terre.