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Sur la route de Megalopolis, Tetsuro rencontre le Comte Mecha et assiste à la mort de sa mère. Ironiquement, il est sauvé par une femme qui ressemble étrangement à sa mère, et ils partent en voyage à bord du Galaxy Express 999. Il entame son périple vers la planète où il pourra recevoir un corps mécanique.

La capitale de Mars, Grande Syrtis. C'est une planète déserte où ne souffle que le vent rouge. Tetsuro est attaqué par Geronimo, qui a longtemps rêvé de monter à bord du 999, et son laissez-passer lui est volé. Finalement, il pointe son arme sur sa bien-aimée, Fleme.

Tetsuro est sauvé d'un fantôme par Claire, une serveuse qu'ils ont rencontrée. Mais ce faisant, Claire est pulvérisée en un million de morceaux. Après être finalement arrivés sur Titan, l'un des satellites de Saturne, ils sortent et Maetel est enlevée. Lorsque Tetsuro part la sauver, de manière étrange, une vieille femme lui donne un pistolet...

Le grand bandit Antares détourne le 999 et prend Tetsuro et le gang en otage alors qu'il les force à faire un arrêt imprévu chez lui. Il apprécie les humains Maetel et Tetsuro et les invite chez lui. Mais ce qui se cache là-bas, c'est...

Pluton, le lieu de repos pour les corps de ceux qui ont remplacé leurs corps humains par des corps mécaniques. Tetsuro est accueilli par le gardien du cimetière de glace, Shadow. Elle se transforme pour ressembler à la mère de Tetsuro et l'attire. Elle tente de le tuer, mais...

Tetsuro arrive au nid des Comètes, la Station Comète, et est choqué par son manque d'envergure verticale. Il est faussement accusé par un homme suspect alors qu'il tue le temps dans une librairie et est attaqué. Il se rend chez un médecin, mais au lieu de recevoir des soins médicaux, il essaie de forcer Tetsuro à acheter un corps mécanique !

Le 999 descend en spirale vers le fond de la gravité. Ils entrent dans le 333, qui s'était déjà écrasé là-dedans, pour découvrir que des centaines d'années semblent s'être écoulées ! La femme qui contrôle le passage du temps, une sorcière nommée Ryuz, prend un certain penchant pour Tetsuro et l'entraîne chez elle.

Ryuzu amène Tetsuro chez elle. Là, elle exige que Tetsuro reste avec elle, en lui montrant les squelettes de ceux qui lui ont refusé. Ryuzu propose à Tetsuro un corps mécanique, puis lui montre son magnifique corps de machine. Ryuzu raconte à Tetsuro son triste passé, comment elle a été émotionnellement manipulée pour obtenir ce corps par son amoureux, mais qu'elle a ensuite été cruellement abandonnée par lui lorsque d'autres ont copié son style.

Le 999 fait une halte sur la planète Trader, un carrefour pour différentes lignes ferroviaires majeures. Tetsuro rencontra une femme dans le besoin et décida de lui offrir un repas. Mais cela suscita la colère d'une foule de personnes également appauvries lorsqu'il ne put pas étendre sa générosité.

Hanako a amené Tetsuro toujours endormi sur une planète voisine appelée à juste titre Wildflower. Ils se sont rendus chez elle et ont été accueillis par sa mère vieillissante et son père malade. Sans que Tetsuro le sache (ou le consente), Hanako a simulé leur mariage imminent, pour lequel les parents d'Hanako étaient impatients de préparer un banquet.

Sur la planète sans forme, Nuruba, Tetsuro et Maetel sont attaqués par ses habitants pour leurs corps et leurs vêtements sont volés. Ils prévoient de se déguiser comme Tetsuro et Maetel et de monter à bord du 999. Un Tetsuro furieux se jette sur eux, mais...

Le 999 doit faire un arrêt d'urgence sur la Planète Fossilisée, un endroit pétrifié jusqu'aux rails. Tetsuro est curieux des fossiles et quitte le 999. Suspectant que Tetsuro a l'intention de voler les fossiles, un guerrier qui garde la Planète Fossilisée l'attaque...

Tetsuro sauve le guerrier fossilisé d'une bande de voleurs. Cependant, le guerrier s'enfuit avec le passeport de Tetsuro. Il tente de partir à bord du 999 avec le fossile de sa bien-aimée, Lidya. Juste au moment où Tetsuro le suit, le gaz pétrifiant réapparaît !

"La Mécanisation Parfaite", une planète où tous ses habitants ont adopté des corps mécaniques. Tous méprisent les êtres humains en chair et en os. Une femme médecin nommée Laala percute délibérément Tetsuro avec sa voiture. Elle tente de procéder à un échange de corps avec lui !

Sur la planète du "Chevalier Noir", Tetsuro est invité à vivre avec le Chevalier Noir. Lorsque Tetsuro refuse, le Chevalier lance frénétiquement sa lance sur lui ! Maetel se jette pour le sauver mais est touchée par la lance ! Tetsuro défie le Chevalier Noir pour se venger, mais...

Sur la planète où les habitants ont la capacité de briller, Tetsuro rencontre Fraiya, une aspirante réalisatrice d'animation en difficulté. Tetsuro se sent mal après qu'elle ait rejeté son offre de lui donner de l'argent. Cependant, elle l'invite dans sa chambre et lui demande d'acheter l'un de ses storyboards d'animation.

Sur une planète où toutes les créatures vivantes sont recouvertes d'une armure rigide, Maetel est frappée par un insecte blindé et est gravement blessée. Tetsuro quitte le train à la recherche d'un médecin, mais il n'y a que deux personnes sur toute la planète. En raison d'un malentendu, Tetsuro est attaqué par l'une d'entre elles, Nutal !

Dans la "Capitale de la Boue", une ville où la pluie ne cesse jamais, Tetsuro reçoit un appel téléphonique d'une femme et est traîné dans la boue. Là, il rencontre une pauvre femme nommée Maetel qui vit dans la boue. Elle invite Tetsuro à vivre avec elle. Cependant, il refuse, mais lorsqu'il tente de s'échapper de sa maison de boue...

Dans le "Royaume de l'Expiation", une ville célèbre pour son hygiène, le contrôleur est attaqué par un voleur lors de son jour de congé ! Tetsuro et Maetel le réconfortent. Cependant, la nouvelle de l'événement parvient au comité de la propreté contrarié. Ils tentent d'effacer toute trace de l'événement et commencent à poursuivre Tetsuro et le groupe.

Sur Professional, la planète des souvenirs, Tetsuro ignore les conseils de Maetel et établit un contact visuel avec un bourreau professionnel. Ils tentent de pendre Tetsuro ! Il est sauvé par un tireur professionnel, seulement pour être forcé à un duel de tir !

À l'intérieur de Ballera, tout est devenu creux. Tetsuro et Maetel nagent dans l'air quand ils sont attaqués par des cow-boys, ce qui provoque une grande agitation. Dans le Tombeau des Feuilles Mortes, ils rencontrent M. Moriki, un homme fait d'un buisson épineux. Mais soudain, un champignon électrique fait s'arrêter brusquement le 999 !

Le 999 est attaqué par le vaisseau pirate de la Reine Émeraude. Ils tentent de se défendre, mais réalisent rapidement que tout est vain, et sont forcés de s'arrêter sur la Planète des Pirates. Là, la pirate femelle, Émeraude, propose un duel. Maetel perd et ils partent pour se débarrasser de son corps ! Cependant, l'Émeraude qu'ils ont affrontée était en réalité un faux !

Ce monde a été divisé, en raison d'une querelle, en civilisation et société primordiale. Sur cette planète primitive, le gang est attaqué par les habitants et Maetel est nommée reine. La reine Maetel ordonne que Tetsuro soit jeté d'une falaise, mais tout cela fait partie du plan de Maetel...

La Planète du Voyage Dimensionnel parcourt la galaxie au gré de sa reine égocentrique, Egoterina. Le gang est attaqué par les hommes d'Egoterina, mais elle les apprécie et les invite à dîner. Cependant, la reine est, pour le moins, peu impressionnée par la manière de manger de Tetsuro...

Masspron, un monde couvert d'usines. L'hôtel où séjourne Tetsuro est réduit en cendres. Ironiquement, c'est causé délibérément par une jeune fille nommée Chromeria, qui mène une rébellion pour inciter les gens à apprendre à construire tout en embellissant la planète. Tetsuro parvient à la sauver de l'exécution, mais...

Horohoro, un vendeur d'œufs, perd un morceau de son corps à chaque trahison de sa bien-aimée. Il en est arrivé au point où sa poitrine est complètement creuse à l'exception de quelques os. Après avoir vendu des œufs à Tetsuro, il l'accuse d'un crime alors qu'il tente de tirer sur son ancienne amante et son nouvel homme.

Sur cette planète où la neige ne cesse jamais de tomber, Maetel et un Tetsuro errant rencontrent une jeune fille affamée nommée Yuki. Elle leur propose de les emmener chez elle après qu'ils lui ont offert un morceau de biscuit. Cependant, une fois là-bas, la mère de la fille tente d'ouvrir Tetsuro. Elle envisage de l'utiliser comme nourriture...

Tetsuro et le groupe atterrissent sur la planète Mirage, soi-disant inhabitée. Là, ils rencontrent le grand romancier Shosetsu Yoi. Bien qu'il ait renoncé à tous les attachements terrestres, il est attiré par Maetel. Il décide d'abandonner Tetsuro sur la planète et de partir à bord du 999.

Sur la planète Jungle, le groupe est capturé par le dirigeant alcoolique, Sakezan. Maetel est enchaînée et forcée de boire. Avec Liza, la reine, Tetsuro s'échappe de l'antre de Sakezan et laisse Maetel derrière lui. Cependant, il revient plus tard et affronte à nouveau Sakezan !

Le 999 fait une halte sur Filament, une planète remplie de gaz, en raison d'interférences de quelques fantômes. Là, Tetsuro est kidnappé par un duo de fantômes parent-enfant. Ils prévoient d'utiliser le corps de Tetsuro pour ressusciter le fantôme ! Mais une fois qu'ils réalisent qu'il est en mission pour obtenir un corps mécanique, ils...

Sur la planète Fury, où tout le monde est prompt à se battre, Tetsuro percute un vendeur de tofu alors qu'un assassin travaillant pour le duc Mech, un ami du comte Mecha, le prend pour cible. Tetsuro se sent mal pour le vendeur de tofu aimable et lui propose de lui donner quelques pièces d'or. Mais quand il s'apprête à partir...

Le gang rencontre le guerrier de l'espace Edmond à l'intérieur du 999. Sa ville natale, "Sweet, Sweet Planet", a la forme d'une pomme avec des morceaux mordus. Comme le sol a un goût très doux et délicieux, le gouvernement a vendu les terres et cela a pris une apparence très laide. Contrarié par cela, Edmond a tenté de combattre le gouvernement, mais...

Ulatres, une planète spécialisée dans les vis. Là-bas, une femme nommée Lasen s'attache à Tetsuro et l'emprisonne dans l'espoir qu'ils vivent ensemble. Tetsuro s'échappe et Lasen se lance à sa poursuite. Cependant, quand elle réalise que Tetsuro ne renoncera jamais, elle se remet en question profondément...

Plated City, une planète où les gens sont considérés comme pauvres s'ils ne sont pas plaqués d'or. Là, Maetel se fait voler sa valise par Wheel Lock, un jeune garçon qui veut être plaqué. Cependant, sa mère lui dit de ne pas le faire, alors il abandonne. Wheel Lock commence alors à leur parler de sa planète...

La mère de Wheel Lock est contre la tradition du placage et essaie de former une résistance. Comme dernier souhait, elle demande à Wheel Lock de poursuivre le combat contre le placage d'or. Tetsuro se rend au cœur de tout cela, une tour magnétisée et plaquée. Mais à l'intérieur l'attend...

Dans une colonie de fantômes où personne ne devrait vivre, Tetsuro et la bande rencontrent le Dr Cicropros et une légion de ses clones. Ayant échoué à construire la colonie dans le passé, Cicropros utilise ses clones pour voir si la colonie est sûre ou non.

Ils disent que la planète appelée la Maison de la Vie de Mii-kun est une planète remplie de fleurs et d'animaux où les âmes des animaux de compagnie bien-aimés des enfants sont amenées à se reposer. Tetsuro, croyant à tort que Maetel est attaquée, sort son arme sur les animaux, mais est arrêté par une femme mystérieuse.

La 999 est dans un état vraiment mauvais sur la Planète du Vieillard Lâche ! Et c'est l'œuvre du président lâche de la planète qui ne fait confiance à personne, Delmukade. Son motif est le corps de Tetsuro car il n'a pas le courage d'adopter un corps mécanique.

La valise contenant les laissez-passer de Tetsuro et Maetel est volée. Cependant, le voleur s'effondre en tentant de s'échapper. Il s'avère que les habitants de cette planète n'ont qu'un pour cent de la force physique d'un être humain normal. Même un coup de feu de leurs armes ne fait presque pas mal. Ils récupèrent facilement leur valise, mais les laissez-passer sont contrefaits !

Maetel est enlevée par le Chef dès leur arrivée au Complexe de Logements Sphériques, un complexe de maisons sphériques. Il n'y a pas d'hommes ici qui s'opposeront au Chef qui réside dans un château dans le ciel. En chemin pour la sauver, Tetsuro rencontre un homme qui ressemble exactement à une version plus âgée de lui-même, Tetsugoro Hoshino.

Au sein du château du Chef, Tetsuro apprend l'existence d'un genre de secret et voit Maetel être soumise au Chef. Il tente de la sauver mais est presque envoyé voler dans l'espace. Tetsugoro, furieux après avoir découvert que son ancienne amante a été tuée, place une bombe sur le château du Chef. Tetsuro doit sauver Maetel dans les cinq minutes avant que la bombe n'explose !

Alors qu'ils approchent de la station, le Visage des Souvenirs, une passagère nommée Femme cause une perturbation dans le train et fait dérailler le 999. Cependant, il semble qu'elle connaissait le Chef de train quand il était jeune. Comme pour provoquer délibérément le Chef de train, elle gifle Maetel. Le Chef de train en colère prend un dispositif de contrôle de la gravité qui a fait dérailler le train...

Tetsuro se fait voler son laissez-passer sur une planète où le vent ne cesse jamais de souffler. Tetsuro pense que le voleur est un jeune homme nommé Kira, mais Kira nie toute malveillance. Le lendemain, Kira apparaît devant Tetsuro, confus. Il dit qu'il voulait voler le laissez-passer pour pouvoir monter à bord du 999. Mais le père de Kira, qui devrait pleurer et s'excuser pour son fils, est en fait...

À Deadwood Mountain, un jeune homme nommé Prider est arrivé en train afin de gagner de l'argent pour sa petite amie Alice grâce à la musique. Tetsuro se sent mal pour sa petite amie, mais ne le dit pas. Il s'énerve contre Prider, qui ne cesse jamais de chanter. Pendant la dispute, Tetsuro se souvient comment il a obtenu son laissez-passer de Maetel. À ce moment-là, le 999 est pris en otage par un horrible duo mère-fille connu sous le nom de Valkyries.

Tetsuro, ayant été emmené à bord du vaisseau-mère des Valkyries, tente de s'échapper. Prider tente de défendre Tetsuro et est poignardé par les Valkyries. La mère Valkyrie, dont la colère vient du fait que sa fille a été tuée par un humain, se confronte à eux quatre.

Maetel, Nanmi et Tetsuro descendent sur un champ de bataille ancien. Des chars entièrement automatisés, qui s'activent lorsqu'ils détectent la présence de vie, ont été laissés là-bas. Après que Nanmi soit touchée, Maetel pointe soudain un pistolet sur Tetsuro. Que devait faire Maetel pour survivre à cette crise ?!

Sur une planète où la guerre est considérée comme une attraction touristique, le 999 s'arrête et les passagers dînent en regardant des personnes réellement en bataille. Tetsuro était en train de manger quand un soldat est tué et qu'un autre soldat, Zeda, voit Tetsuro et part après lui, pensant que Tetsuro a apprécié cela. Tetsuro prend son pistolet du 999 et travaille avec l'homme pour dissiper le malentendu.

Zeda est convaincu de rejoindre une milice rebelle par une soldate nommée Santana, et ils partent pour ne pas combattre en tant qu'attraction touristique, mais pour affronter le chef de la planète. Ils sont trahis par Brudas et l'ennemi reçoit leur plan de bataille. Tetsuro transmet cette information à Zeda, mais le gouvernement prépare une embuscade...

Tetsuro et le groupe se rendent sur une planète pleine de gens laborieux. Une planète qui, bien que pauvre, déborde de vitalité. Le mari et la femme qui dirigent l'auberge où ils séjournent sont également des travailleurs acharnés. Ils sont chaleureusement accueillis. Cependant, Tetsuro et Maetel perdent leurs laissez-passer et leurs bagages lorsqu'un typhon frappe. Tetsuro soupçonne le mari et la femme qui dirigent l'auberge, mais...

Une femme nommée Eroze qui contrôle les tunnels qui n'absorbent aucun son tente de détruire le 999. Pour sauver le 999 de la destruction, Tetsuro accompagne la femme. Nous découvrons ensuite qu'elle est en fait un androïde construit pour le plaisir de la méchanceté. Tetsuro est enragé qu'elle ait joué autant de mauvais tours, y compris la destruction du 999. Puis enfin...

Une planète au forme étrange, peuplée de formes de vie géantes, apparaît sur la trajectoire du 999. Bien qu'ils en aient l'envie, la planète manque de désir de bouger et le 999, incapable de s'échapper, s'enfonce dans la planète. Pour sauver le 999, l'Administration des Chemins de Fer Galactiques décide d'envoyer des ondes d'oscillation pour détruire la planète. Lorsque cela est censé se produire, une femme transparente atterrit dans un vaisseau spatial.

La femme transparente s'appelle Artemis. Elle vit sur la planète au forme étrange mais est partie pour obtenir un corps mécanique et souhaite maintenant y résider. Cependant, pour rembourser ses dettes, elle est forcée d'accomplir un travail éreintant. Finalement, elle est retournée se reposer auprès de sa mère. Tetsuro pleure sa mort...

Maetel ramène par erreur Manabu Sunayama, un garçon avec un laissez-passer pour le 999 qui ressemble exactement à Tetsuro, à l'hôtel. Sunyama et ses frères et sœurs se sont épuisés à la tâche pour obtenir un laissez-passer pour monter à bord du 999. Le frère aîné de Manabu a perdu la vie dans le processus. Mais, le laissez-passer s'avère être un faux, et...

Tetsuro et Maetel sont capturés par un groupe d'humanoïdes-insectes appelés Insectors qui règnent sur la planète. Ils prévoient de les faire bouillir pour les utiliser comme nourriture pour leurs enfants. Cependant, le point d'ébullition de l'eau sur la planète est bas en raison de l'environnement de la planète, donc ils s'enfuient indemnes. Cependant, les Insectors enveloppent le 999 dans un cocon. Ils prévoient d'utiliser le 999 et ses passagers comme nourriture pour leurs enfants en les envoyant sur une autre planète avec de la nourriture.

Tetsuro est incapable de tirer sur les bébés Insectors qui éclosent de leurs œufs. Le 999 décolle alors dans l'espace avec les bébés Insectors à bord. Les bébés mangent les sièges, les planchers et tout ce qui est en vue avec un appétit incroyable. Juste quand on pense que les humains sont en danger, cependant...

Sur la planète des dinosaures, un dinosaure nommé Tiny demande à Tetsuro de le laisser monter à bord du 999. Bien sûr, le 999 n'est pas construit pour des passagers de la taille d'un dinosaure, aussi "minuscule" soit-il. Cependant, les habitants craignent les personnes venant d'autres planètes et les attaquent et les capturent.

Tiny, apprenant les ennuis de Tetsuro par l'intermédiaire de sa petite amie Rayde, lui demande de lui transmettre un message. Rayde sauve Tetsuro à la place de Tiny et lui transmet le message. Le message de Tiny dit : "Tu es terriblement poli alors que nous sommes amis." Tetsuro, ne voulant pas ne plus jamais revoir Tiny, se met en route pour le revoir une fois de plus.

Sur une planète où il est dit qu'il y a des fantômes, Tetsuro rencontre un fantôme fait d'eau. Après avoir été sollicité par ce fantôme, Yayoi, Tetsuro creuse l'endroit sous un arbre. Maetel, inquiète pour Tetsuro, chasse le fantôme Yayoi. Mais à l'intérieur du paquet se trouve...

Le Miroir du Paresseux est une planète où tout a été rendu automatique et où les hommes n'ont rien à faire. Ils sont devenus obèses au point de faire littéralement exploser leurs maisons. Une femme nommée Sabrina réalise qu'elle ne veut plus être sur cette planète et demande à Tetsuro de l'aider à monter à bord du 999. Mais, les politiques des Chemins de fer Galactiques dictent qu'un laissez-passer est nécessaire pour monter à bord...

Ils arrivent sur la Planète du Futur, une planète où l'existence du 999 est tenue secrète. Là, le laissez-passer de Tetsuro est volé par un jeune garçon nommé Taro qui rêve de voyager dans l'espace. Tetsuro et Maetel cherchent un endroit où séjourner et finissent par se retrouver dans une auberge bon marché où ils rencontrent un aspirant dessinateur de bandes dessinées nommé Futoshi Adachi.

Sans même de quoi manger, Tetsuro commence à travailler. Mais, ils ne réémettront pas son laissez-passer, donc à moins qu'il ne le récupère, il ne pourra pas monter à bord du 999. Alors Tetsuro et Maetel décident d'attendre à la gare pour récupérer leurs laissez-passer. Là, Taro se présente, mais il n'est soudain plus sûr s'il veut vraiment monter à bord du 999...

Sous la loi du "Sommeil Parfait", il est interdit de sortir la nuit sur la planète Ville sans Nuit. Là, Tetsuro se dispute avec un groupe d'hommes espérant prendre en photo le gentil monstre Heron, et la police est appelée. Il est emmené par la police et il semble qu'il ne pourra pas revenir à temps pour monter à bord du 999. Puis, Heron réapparaît une fois de plus...

Tetsuro est sollicité par une femme pour tuer sa sœur Lelan qui tente de lancer un soleil artificiel sur la planète Dark-Dark, un endroit enveloppé dans l'obscurité de la nuit. Elle craint que s'ils ne savent pas ce qui se passera si le soleil artificiel est lancé et qu'il ne fait plus noir. Mais, Lelan enlève Maetel et met son plan en marche !

Sur la planète, le Mecca du Silence, où faire du bruit est contraire à la loi, Maetel essaie d'arrêter Tetsuro lorsqu'il va crier par la fenêtre du 999 mais échoue. Tetsuro est rapidement condamné à mort pour la simple raison d'avoir fait du bruit, mais il est sauvé par une femme nommée Sylvia. Il s'avère que son mari a également été tué. Cependant, ils commencent à poursuivre Tetsuro à nouveau...

Sur la planète de la Harpe de la Sorcière, un endroit où presque toute la nourriture est offerte en tribut à la reine et où les gens souffrent de pénurie alimentaire, ils rencontrent un jeune homme nommé Nichola qui est tué pour une infime quantité de nourriture. Enragés, Tetsuro et Maetel partent sur l'île de la reine pour mettre fin à ce système de tribut. Cependant, là-bas, ils font une découverte surprenante...

La planète Funéraire Brumeuse est une planète où tous ses habitants sont devenus des cyborgs, où tout le monde est immortel et où la mort est peu considérée. Ils ont commencé à pratiquer des funérailles pour qui bon leur semble, en faisant un passe-temps. Maetel et Tetsuro sont attaqués et enterrés vivants, mais ils sont sauvés par une femme nommée Machiru. Elle leur explique pourquoi la planète en est arrivée là, mais ensuite elle est sacrifiée pour ses propres funérailles !

Le moine spatial Dyruz voyage à travers la galaxie de planète en planète en sonnant sa cloche. Les vibrations de sa cloche déraillent le 999 et causent la chute en morceaux des dents de Tetsuro. À cause de cela, ils se rendent pour un traitement d'urgence sur l'Astéroïde de Traitement Médical d'Urgence. Là, ils rencontrent deux personnes. L'une d'elles, un jeune homme nommé Mikail, est gravement blessé et est prêt à abandonner la vie. Tetsuro et Dyruz rivalisent pour voir qui peut redonner espoir au jeune homme...

Sur la planète Curiosité, ils capturent des humains par curiosité et dissèquent leurs corps. Ils forcent le 999 à atterrir là-bas puis obligent Maetel à se déshabiller. Ensuite, ils ordonnent au Conducteur de disséquer Maetel. Mais, lorsque Tetsuro coupe la planète avec le couteau à la place...

La locomotive C62 du 999 quitte les voitures de passagers et part. Bien que ce soit un test pour voir comment Tetsuro passera le temps, Tetsuro joue joyeusement avec le Conducteur et Maetel et occupe le temps. Mais, il y a deux voleurs qui ont volé une bonne somme d'argent à bord, et...

Les habitants de la Capitale des Fleurs, qui déborde de fleurs en fleurs, portent tous une armure spéciale. C'est parce que les fleurs émettent toutes un pollen toxique. Mais quelqu'un doit brûler toutes les fleurs pour sauver les gens...

Sur Limbo, une planète sans herbe ni arbres, Tetsuro et Maetel rencontrent un homme vivant une vie difficile à labourer le sol dans de telles conditions difficiles, et son fils, Yosaku. Ils prévoient de labourer le sol jusqu'à ce que les récoltes soient mûres, mais un oiseau monstrueux les attaque. Pour le protéger, Tetsuro et Yosaku combattent l'oiseau...

La planète Kilimanjaro est une planète enneigée avec trois soleils brillants. Là-bas, Tetsuro et le gang sont capturés par une race de personnes aussi minces que du papier, les sauteurs fantômes. Ils sont fiers de leur technologie et prévoient de les utiliser comme spécimens dans une expérience scientifique...

Le gang parvient à s'échapper de prison et rencontre la reine sacrée des Sauteurs Fantômes. Elle explique que leur peuple a poussé la science trop loin, ce qui explique leur apparence actuelle. La Reine les aide à remettre les rails du 999 dans leur état d'origine. Elle décide de se rebeller contre ses propres sujets qui refusent de suivre ses conseils.

Le 999 atterrit sur une planète où chaque habitant est un mendiant. Mais il y a un couple marié, Rage et Pity, qui veulent que cela cesse. Ils montent à bord du 999 parce qu'ils en ont assez de tous les mendiants et veulent aller sur une autre planète où ils pourront vivre uniquement de leur propre pouvoir. Ils volent l'argent et les vêtements de Tetsuro et Maetel, mais...

"Ecoutez nos demandes ou nous vous ferons exploser !" Ce sont les mots qui sont venus d'une planète que même Maetel ne connaissait pas et qui ont forcé le 999 à effectuer un atterrissage non planifié. Les habitants de la planète vivent principalement sous l'eau. Celui qui a ordonné l'atterrissage était le président d'une race sous-marine qui avait émigré là-bas, Waterpress. Ces gens avaient pollué l'eau autant qu'ils le pouvaient et continuaient à lutter contre les autochtones de la planète, les Cheyenne Fish...

Le chef des Cheyenne Fish, Navarro, poursuit Water Press qui avait forcé le 999 à embarquer son peuple à bord. Il les poursuit dans une navette spatiale à l'ancienne pour continuer le combat. L'Administration envoie une voiture blindée pour secourir le 999 après avoir reçu un signal de détresse. Mais, avec Tetsuro et Maetel en otages, ils ne peuvent rien faire. De plus, ils permettent à Navarro d'entrer dans le train après avoir volé dans la navette à l'ancienne.

Le prochain arrêt est l'étang pluvieux. Ils y resteront pendant 64 heures et 23 minutes. Tetsuro et Maetel s'enregistrent à leur hôtel sur cette planète où la pluie ne s'arrête jamais. Mais, un homme qui était également dans le 999 fait beaucoup de bruit. Il passe la nuit à réciter des sutras et à déranger les autres passagers du 999 à l'hôtel. L'homme dit qu'il prie parce qu'il y a une sorcière sur cette planète qui mange les âmes des gens et qu'il ne veut pas que quelqu'un soit blessé. Maetel dit qu'elle a déjà entendu parler de cette sorcière...

La femme dit qu'elle est la plus belle femme de l'univers et qu'elle boit les flammes de vie des gens pour maintenir cette beauté éternelle. Son nom est Cueflame et elle est après la flamme de vie de Maetel. Travaillant sous ses ordres, il y a la vieille dame de l'hôtel et une jeune femme nommée Arc. Suivant les ordres de Cueflame, les deux vont retirer la flamme de vie de Maetel. Si elle boit la flamme de vie de Maetel, elle mourra. Alors, Tetsuro part la récupérer...

Sur la planète Heavy Meldar. Une fois qu'ils auront traversé ici, ils quitteront la juridiction de l'Administration de la Terre et entreront sous la juridiction d'Andromède. Juste avant l'arrivée, ils rencontrent un homme portant une cape. Ils n'ont pas bien vu son visage mais il transporte un pistolet cosmique de soldat spatial dont seuls quatre existent dans l'univers. À leur arrivée, Maetel dit qu'elle doit s'occuper de certaines affaires et part. Sentant que c'était étrange, Tetsuro va la chercher et entre dans un établissement de boisson...

Leryuz informe Tetsuro que Maetel est partie au Château du Temps pour affronter le pirate là-bas. Tetsuro demande aux personnes dans le bar où se trouve le Château du Temps, mais tout le monde craint le Capitaine Harlock, qui règne sur le Château du Temps, et refuse d'aider Tetsuro. Mais l'homme à la cape du train sauve Tetsuro de leur violence. Encouragé par les paroles de l'homme encapuchonné, un homme prête son auto-moto à Tetsuro pour se rendre au Château du Temps. Il part seul pour sauver Maetel du duel avec Harlock !

Tetsuro est envoyé dans le passé. Là-bas, malgré tous les efforts de Tetsuro, sa mère est tuée comme auparavant. Tetsuro réalise qu'il ne peut pas altérer le passé. Mais ensuite, grâce à la capacité de Leryuz à manipuler le temps, il est ramené au présent. Pendant ce temps, nous découvrons le genre d'homme horrible qu'est le faux Harlock dans son duel avec Maetel. Il se battait autrefois pour rétablir la paix dans la galaxie, tout comme Maetel. Mais, il a trahi son peuple, y compris Maetel, et a perturbé leur tentative de révolution.

La prochaine station est une plante appelée "Le Rêve du Papillon". Là, coexistent des gens gracieux avec des ailes de papillon et une classe inférieure discriminée sans ailes. Les personnes avec des ailes vivent de courtes vies qui s'épuisent lorsque la saison des vents froids arrive. Pour cette raison, ils essaient de vivre leurs jours en s'amusant autant que possible. Mais, une fille, Kureha, veut voir plus du monde pendant sa courte vie, alors elle entre dans les bois interdits. Là, elle rencontre un pauvre garçon sans ailes nommé Leaf.

Le 999 a atteint un système où une bataille a eu lieu entre deux planètes, Maya et Zaba. Pendant ce temps, l'une des planètes du système était sur le point d'exploser et a détruit les deux mondes. Deux Zabans, Seth et Rei, ont pris un vaisseau spatial pour coloniser une autre planète (planète n°3) dans le système. Le 999 a également été contraint d'atterrir sur la planète. Tetsuro et Maetel ont été attaqués par un homme-singe, qui a volé leurs laissez-passer. L'homme-singe s'est avéré être Mayan Rossa, arrivé il y a 3 mois avec sa compagne Luna, mais l'énergie de la planète a altéré leurs corps. Ils voulaient échanger les laissez-passer avec le vaisseau spatial Zaban, mais Rei les a pris en otage tandis que Seth rendait les laissez-passer à Tetsuro et Maetel.

Tetsuro trouve un message d'un explorateur perdu sur la planète d'un éléphant géant. L'équipage du 999 le recherche. Ils le trouvent mais il veut rester. Un combat éclate avec une créature contrôlée par la Reine de la planète.

Alors que le 999 approche de la planète de l'Amour Illusoire, Tetsuro perd Maetel de vue et rencontre Naya, une poétesse de rue obsédée par Lestel. Ce dernier aime en secret Pheras, mais celle-ci est éprise de Bina. Tetsuro aide Naya à retrouver Lestel. Pendant ce temps, Maetel le ramène à leur hôtel. Lorsque Pheras et Bina meurent dans un accident de voiture, il est révélé qu'ils étaient des cyborgs. Lestel décide de rejoindre la Légion, tandis que Naya attend son retour.

Le 999 a été interrompu par un OVNI près de la Planète des Parents Oubliés. Les habitants de cette planète ont abandonné leurs parents pour trouver de nouvelles vies. Tetsuro est confondu avec son fils disparu, Tetsuo, dont le père est devenu fou en l'attendant. Tetsuo est réduit en esclavage dans une usine, mais parvient à s'échapper. Un agent secret le retrouve et Tetsuro propose de prendre sa place pour soulager son père. Touchée par sa compassion, l'agent les libère tous les deux.

Le 999 est fouillé par les soldats britanniens sur la planète Don de Dieu. Tetsuro rencontre Nasuka, l'un des soldats, et ils découvrent que la planète est sur le point d'entrer dans une ère glaciaire, réveillant les Suraoids marins. Sur leur chemin de retour, ils trouvent Elza, la compagne de Nasuka, blessée. Ils sont découverts par d'autres soldats et Maetel les sauve. Nasuka et Elza partent chercher un endroit où vivre en paix.

Le 999 approche de la Planète des Carrefours du Destin, où la planète satellite bleue est sur le point de s'éteindre. Les habitants retournent à une société de survivants lorsque les ressources naturelles s'épuisent. Tetsuro rencontre Yaku, un chasseur faible qui expérimente de nouvelles armes. Après avoir sauvé Aya et Mu d'un tigre à dents de sabre, Yaku est satisfait que la connaissance l'emporte sur la force physique.

Le 999 arrive sur la Planète du Bourreau, où se rassemblent tous les hors-la-loi de l'Andromède. Tetsuro rencontre Mimoza, dont le père est tué lors d'un hold-up. Le shérif explique à Maetel et Tetsuro la querelle entre les gangs Blancs et Noirs pour le contrôle d'une mine d'or. Tetsuro rejoint le gang Noir pour se venger après que Maetel soit agressée. Les deux gangs s'entretuent lors d'une fusillade, mais Wester, blessé à mort, demande à Tetsuro de remettre ses gains au gang à Mimoza.

Maetel et Tetsuro arrivent à Snowica, où Tetsuro est averti de la légendaire Femme des Neiges, capable de tuer d'un simple regard. Ils rencontrent Tsuru, un cuisinier de ramen réputé, qui leur raconte l'histoire de Yuki, une femme qu'elle aimait. Pendant que Maetel est absente, Tetsuro se rend au magasin de Tsuru et rencontre la Femme des Neiges, mais il ne meurt pas après avoir croisé son regard. Ils sympathisent et la Femme des Neiges promet à Tetsuro de l'emmener dans un endroit où il peut obtenir un corps mécanique gratuitement. Pendant ce temps, Maetel cherche Tetsuro dans la neige.

Alors qu'elle recherche Tetsuro, Maetel rencontre un vendeur de corps mécaniques nommé Snowlock. En même temps, nous apprenons que la rumeur de "mort au premier regard" a été inventée par ce vendeur pour empêcher la Femme des Neiges de distribuer gratuitement des corps mécaniques. Cependant, elle prévoit de transformer Tetsuro en cyborg, puis de prendre son corps pour aller manger des ramen chauds. Tetsuro décide alors qu'il acceptera de préparer des ramen que même elle pourra manger et qui la réchaufferont jusqu'au fond du cœur.

Ici, sur la Planète de la Ceinture Arc-en-ciel, le gouverneur paranoïaque a forcé les gens à vivre dans une cité sous-marine en raison d'une guerre nucléaire qu'il a déclenchée. Mais cette cité est sur le point d'être détruite aussi ! Après une rencontre fortuite dans un hôtel dirigé par un gérant arrogant avec un jeune employé, Tetsuro est autorisé à rester dans son appartement. Il reçoit également un laissez-passer pour la capsule d'émigration. Il part s'échapper avec sa collègue, Kumiko, mais il est trahi...