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Duke est maintenant une bombe à retardement, mais il lutte pour contenir les troubles en lui. Pendant ce temps, Nathan fait face à sa plus grande peur. En effet, Audrey, celle qu'il a désespérément tenté de sauver, peut être disparue à jamais.

Nathan et Duke essayent de surmonter la perte d’Audrey et Jennifer pendant que Dwight, en tant que shérif de Haven, essaye de protéger la ville de Mara.

Nathan retient prisonnier Mara dans une cache où il essaye de faire ressortir la personnalité d’Audrey. Duke et Dwight doivent lutter contre de nouveaux problèmes en ville. Duke a du mal à surmonter la mort de Jennifer.

Alors que Duke vient de vaincre l'affection due à son déni de la mort de Jennifer, Mara en active une autre, celle des Scoville, qui le fait parler d'une manière surréaliste. Dwight est persuadé que Mara peut soigner les affections. Il lui fait passer un interrogatoire et la garde enchaînée dans une cabane. Elle prétend effectivement avoir ce pouvoir mais, lorsqu'on lui amène un affecté, elle ne fait que le transformer. Les faisceaux de lumière qu'elle émettait sont devenus des micro-ondes, donc une arme invisible. Nathan prend conscience que l'affection des Scoville est liée au sentiment de culpabilité...

Vince et Dave partent en Caroline du Nord pour en apprendre plus sur le secret du passé de Dave. Mais cette recherche créé un nouvel incident à Haven : les gens changent de corps...

Jeffrey Doohan s'échappe du centre psychiatrique de Haven et ne cesse de déclencher le phénomène de l'interversion des corps. Duke et Nathan, qui en sont victimes, sont décidés à piéger Mara pour faire revenir Audrey. Sachant que celle-ci était déterminée à mettre fin aux phénomènes, ils emmènent Mara sur une enquête au centre psychiatrique et espèrent la pousser à bout. Vince et Dave, eux aussi victimes de l'affection des Doohan, se rendent à Manteo pour en savoir plus sur le lieu où Dave aurait été adopté. Ils interrogent Allison Doohan sur son époux Skip et son beau-frère Jeffrey, les affectés qui provoquent de nouvelles interversions...

La fête du retour d'Audrey tourne court lorsqu'un évènement surnaturel fait disparaître Nathan dans un monde fantômatique. Forcée de résoudre seule le problème, Audrey doit coopérer avec le garde qui pense qu'elle est toujours Mara...

Ne pouvant pas résoudre seule son enquête, Audrey recrute un vieil ami pour communiquer avec Nathan. De retour en Caroline du Nord, Vince et Dave essayent de s’échapper de l’hôpital avant que les tests ne puissent dévoiler l’origine surnaturelle de Dave.

Audrey et une douzaine de citoyens d’Haven vont être affectées par un mal mystérieux. Les symptômes vont exposer Haven et ses secrets.

La santé d’Audrey se détériore, Nathan essaye donc de trouver un remède avant qu’il ne soit trop tard. Dwight a du mal à contenir la contagion.

Le médecin de Haven est chargé de trouver un remède à ce mal mystérieux. Les symptômes d’Audrey s’aggravent et Nathan s’inquiète de plus en plus pour sa santé.

Charlotte est en train de développer un remède mais peut-être pas assez vite pour sauver Duke qui est au plus mal.

Les vraies intentions de Mara sont rendues publiques.

Duke a libéré les affections qui l'habitaient. Alors qu'elles se répandent et affectent les habitants de Haven, Dwight et Nathan n'ont d'autre choix que de dévoiler leur existence. De son côté, Charlotte ne sait pas comment les guérir.

Haven, toujours prisonnière du mur de brume, fait face à un nouveau phénomène. Quiconque se trouve dans l'obscurité complète meurt, alors que la ville est aux prises avec de fréquentes pannes électriques.

Nathan est de retour à l'école, sans Kira. Tony monte les habitants de Haven contre lui, exigeant une sanction impartiale de la part de Dwight. Pendant ce temps, Audrey cherche à découvrir qui a provoqué le phénomène d'obscurité.

Audrey et Grayson sont prisonniers du monde imaginaire créé par le Marchand de sable. Celui-ci, qui tient à garder Audrey prisonnière, a effacé sa mémoire et altéré son identité, afin de la convaincre de l'épouser.

Audrey, Nathan, Dwight et Charlotte font face à leur mort quand un nouveau phénomène de carte de Tarot frappe Haven.

Nathan reçoit une mystérieuse aide de l'au-delà tandis que Duke a une vision terrifiante du futur de Haven.

Nathan et Vince voyagent dans le temps jusqu'en 1983 pour découvrir comment le Croatoan a pu arriver jusqu'à Haven. Duke est appréhendé par un ennemi mystérieux.

Dans le néant, Nathan rencontre un vieil ennemi. Audrey et Duke font face à une vendetta. Dwight et Vince luttent pour libérer Dave de l'emprise du Croatoan.

Audrey et Duke tentent de sauver Nathan du néant pendant que Dave lui-même lutte pour se défaire de l'emprise mortelle du Croatoan.

Audrey et Nathan tentent de reprendre le contrôle du poste de police tandis qu'un mystérieux tueur laisse de nombreux morts dans son sillage.

Nathan et Dwight tentent de sauver Audrey mais Duke, sous l'influence du Croatoan, se met en travers de leur chemin. Vince envisage un sacrifice.

Nathan Duke, Audrey et les autres unissent leurs forces pour reconstruire la Grange, malgré de nombreux obstacles. De son côté, Dwight reçoit un cadeau inattendu tandis que plus tard, Nathan fait face à un dilemme.

Nathan lutte pour retourner à Haven et Dwight doit faire un choix quant à son futur. Audrey envisage une solution lourde de conséquences mais qui pourrait faire disparaître définitivement le Croatoan et les perturbations qu'il a engendrées.