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Raki rencontre Claire, la Claymore chargée d'éradiquer le Yoma qui décime son village et qui a tué ses parents.

Claire, accompagnée de Raki qu'elle a pris sous son aile en tant que cuisinier, reçoit un écrit noir. Elle se rend donc à Shire pour honorer la demande d'une Claymore en passe de se transformer en Yoma.

Claire, en compagnie de Raki, doit infiltrer une ville sainte où sévit un Yoma mais dans laquelle les êtres surnaturels comme elle sont interdits.

Claire est grièvement blessée par le Yoma. Malgré tout, elle met au point un plan pour le démasquer avec l'aide du Père Vincent et des gardes de la cathédrale.

Teresa, une Claymore, se retrouve à s'occuper d'une fillette violentée par un Yoma et qui la suit avec obstination après avoir éradiqué ce dernier lors d'une mission.

Pour protéger Claire, Teresa commet l'irréparable pour une Claymore et trahit son organisation.

Après avoir échappé à son exécution pour avoir tué des humains, Teresa fuit avec Claire. Mais l'organisation envoie les quatre meilleures Claymore sur sa piste pour que soit accomplie la sentence.

Teresa affronte Noel, Sophia, Priscilla et Irene. Elle réussit à les battre et s'enfuit à nouveau. Mais Priscilla, la plus jeune et la plus puissante des Claymore sur sa trace, perd le contrôle et se transforme peu à peu en Yoma.

Rubel envoie Claire participer à une chasse au Dévoreur affamé. Il lui apprend que contrairement à ce que pense le commun des mortels, il s'agit d'éliminer un Éveillé, nom donné aux Claymores qui se sont transformés en Yoma.

Miria, Helen, Deneve et Claire, la plus faible du groupe, affrontent l'Éveillé. Pour leur plus grande surprise, il s'agit d'un mâle alors que les Claymores ne sont supposés être que de sexe féminin.

Miria fait part à Deneve, Helen et Claire de ses soupçons qu'elle nourrit contre l'organisation ainsi que les vrais raisons de cette chasse à l'Éveillé.

Claire est à nouveau envoyée dans une chasse à l'Éveillé. À sa grande consternation, elle se retrouve à faire équipe avec Ophelia dont Miria lui a dit de se méfier.

Claire doit se séparer de Raki pour affronter Ophelia. Alors que l'issue du combat semble jouée, Claire est sauvée in extremis par une vieille connaissance qu'elle croyait morte.

Irene entraine Claire puis lui fait un cadeau avant de la renvoyer. Mais Claire croise à nouveau de le chemin d'Ophelia qui s'est éveillée.

Claire est sur la piste de Raki depuis plus de trois mois. Elle arrive dans une ville où elle apprend que se trouve un groupe de Claymores qui mènent une chasse à l'Éveillé.

Claire est partie à la rescousse des Claymores capturées par l'Éveillé. Mais elle se heurte au Yoma chargé de protéger son antre. Alors que le combat tourne à son désavantage, elle est sauvée de justesse par Galatea que l'organisation a mandé pour la retrouver.

Suivant les instructions de Galatea qui se charge de Dauf, Claire part à la recherche de Jean pour la libérer avant qu'elle ne s'éveille complètement ou l'éliminer s'il est trop tard.

Ruben et Rafaela localisent Jean et Claire. Il leur fait savoir qu'elles sont envoyées dans les Terres nordiques d'Alphonse à Pieta pour une immense Chasse contre plusieurs Éveillés.

Les 24 Claymore dépêchées à Pietra affrontent deux Éveillés mâles. Pendant ce temps, Raki, qui se trouve également dans le Nord, fait une étrange rencontre en sauvant une jeune fille du nom de Priscilla.

Les Claymore récupèrent de leur combats dont elles sont sorties victorieuses. Flora soumet Claire à un interrogatoire sur l'origine de son bras droit. Raki se dirige vers Pieta dans l'espoir de retrouver Claire. Il demande à Isley, l'homme qui accompagne Priscilla et dont il ignore l'identité, de l'entrainer au maniement de l'épée.

Isley envoie son bras droit Ligardes et tous ses Éveillés à Pieta afin d'éliminer les Claymore qui se remettent à peine de leurs combats précédents. Raki découvre la véritable nature de Priscilla.

Ligardes intervient dans le combat pour éliminer les capitaines des différents groupes qu'il a identifiés. Claire s'oppose à lui alors qu'il ne lui reste plus que Miria à abattre.

Claire s'éveille progressivement pour acquérir la puissance nécessaire pour battre Ligardes. Raki arrive finalement à Pieta mais reste pétrifié lorsqu'il constate l'éveil de Claire.

Claire a vaincu Ligardes mais elle a dépassé sa limite et n'arrive pas à faire marche arrière. Elle demande à Helen de l'abattre avant qu'il ne soit trop tard. Dans le même temps, l'éveil de Claire provoque un déblocage des souvenirs de Priscilla qui s'éveille à son tour…

Claire affronte Priscilla sous les yeux d'Isley. Miria, Helen et Deneve se sont lancées sur ses traces, suivies de près par Raki et Jean.

Claire et Priscilla se sont complètement éveillées et se lancent dans un combat à mort. Miria, Deneve, Helen, Jean et Raki observent impuissants ce combat titanesque également suivi par Isley.