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En l'an 1600 de notre ère, durant la bataille de Sekigahara, deux combattants s'affrontent. Le premier se nomme Kyoshiro Mibu et le second Kyo aux yeux de démon. Leur duel est interrompu par un certain Yukimura Sanada suivi de peu par la chute d'une météorite. Quatre ans plus tard, un jeune pharmacien nommé Kyoshiro Mibu croise la route de la chasseuse de prime Yuya Shiina, qui le capture en utilisant ses charmes. Mais ils sont attaqués par un homme qui en veut à Kyoshiro. Le combat s'engage mais Kyoshiro ne se défend pas, jusqu'à ce qu'il change de comportement, ses yeux devenant rouges et sa voix devenant différente c'est alors que Yukimura, qui observait en silence le combat s'approcha, lui lança un long sabre et l'appela Kyo aux yeux de démon.

L'homme qui les attaque s'appelle Jimon, c'était un combattant durant la bataille de Sekigahara, qui vit depuis ce jour avec l'espoir de battre Kyo qui lui avait fait peur pour la première fois de sa vie. Il était proche du point de chute la météorite et depuis ce jour est devenu un Kenyo. Malgré la force de ce dernier, Kyo, à l'aide du Tenrô, un des sabres que Muramasa a forgés, le terrasse. Il apprend par la suite à Yuya que Kyoshiro l'a enfermé dans son propre corps. Kyoshiro reprend le contrôle et s'inquiète pour Yuya mais Kyo ne l'a pas touchée. Malgré le danger que représente Kyo, Yuya reste avec Kyoshiro dans l'optique de toucher le million de ryo accordé pour la capture de Kyo. Sur le chemin ils arrivent dans un village caché.

Kyoshiro décide de fuir le village tandis que Yuya refuse tant que le trésor n'est pas sien. Deux membres des tricolores, Scorpion noir et Tigre rouge, leur barrent le chemin, et leur retraite est coupée par une partie des villageois manipulés par les tricolores. Kyoshiro faisant semblant d'être Kyo s'enfuit et Scorpion noir se transforme en Kenyo pour le combat. Mais Tigre rouge le tue aussitôt, soigne Kyoshiro et rentre au village. Peu après, Corbeau blanc et le chef des Tricolores, Kido Genma, arrivent au village pour tuer l'assassin aux mille victimes. Afin de réveiller Kyo, qui est encore endormi dans Kyoshiro, Izumo No Okuni lui parle de Sakuya. Ce simple nom lui permet d'apparaître et de se battre contre Corbeau blanc qui se transforme lui aussi en Kenyo. Ce dernier crée un monde parallèle ou il pensait contrôler et battre Kyo or celui-ci copie ses techniques et défait ainsi Corbeau blanc. Genma se transforme alors lui aussi mais est défait par Okuni et ses fils de combat. L'épisode s'achève sur une révélation, le gentil et inoffensif Kyoshiro est l'homme qui a vaincu Kyo.

Okuni révèle à Kyo qu'"Il" est toujours en vie et qu'"Il" recherche le corps de Kyo sans préciser qui est ce "Il". Kyo comprend et se met en colère. Pendant ce temps, à Edo, un grand tournoi de samouraïs est organisé par le shogun Ieyasu Tokugawa et le gagnant se verra remettre en main propre par le shogun, le trésor des Tokugawa, la lance Hokurakushimon. Cette idée ne convient pas à Hanzo, le fidèle ninja d'Iga qui n'est pas d'accord avec cette idée car en ces temps troublés, il craint pour la vie de son maître et envoie ses troupes recueillir des informations sur les futurs participants. Afin de récupérer le trésor, Yukimura vient trouver Kyo et en échange de sa participation au tournoi, il lui révèlera où trouver la chose qu'il recherche tant. Plus tard dans la nuit, Yuya remercie Kyo pour ce qu'il fait pour elle. Ce comportement étrange éveille ses soupçons et il découvre qu'elle est manipulée par Mahiro, et cette dernière ordonne à Yuya de tirer sur lui ce qu'elle est obligée de faire.

Le premier tir rate Kyo, qui arrête le second avec la garde de son sabre. Il libère alors Yuya de l'emprise de Mahiro qui en profite pour l'attaquer mais se faisant dominer, s'enfuit et retourne faire son rapport auprès de Genza, son supérieur chez les Tokugawa. Celui-ci lance alors une attaque avec sa garde personnelle de kenyos contre Tigre rouge, Yuya, Kyo et Yukimura, seuls ces deux derniers se battent et les anéantissent. Poursuivant leur chef, Kyo se fait attaquer par Mahiro dans une toile d'araignée géante mais au moment où celle-ci fonce sur Kyo, d'autres kenyos envoyés par Ganza explosent à leur proximité. Ganza en profite pour prendre sa forme de Kenyo et utilise sur Mahiro une technique pratiquée quelques années auparavant sur la sœur de celle-ci chez Muramasa. Mahiro avait en fait rejoint Ganza pour se venger de Kyo qu'elle croyait responsable de la mort de sa sœur alors qu' elle avait été tuée par son propre futur maître. Kyo, cette fois ci, réussit à battre son ennemi sans tuer Mahiro. Au réveil de cette dernière, Tigre rouge est à son chevet. Elle se met à genoux devant lui, et nous apprend que Tigre rouge n'est en fait qu'Hidetada Tokugawa, le fils hériter du shogun et il lui ordonne arrêter toute attaque contre Kyo et sa bande.

Finalement Kyo accepte la proposition de Yukimura. En route Pour Edo, le petit groupe s'arrête lorsque le Tenrô commence à trembler suivi de peu de l'apparition de Miguera. Celui-ci lui annonce avant de partir qu'afin de préserver la paix il tuera Kyo. Quelques jours plus tard, le tournoi commence. Les qualifications se font avec des armes en bois et avec pour règle principale, l'interdit de tuer son adversaire. Kyo, las de la faiblesse des participants, demande qu'il soit attaqué par eux tous en même temps et les envoie au tapis sans problème. Tigre rouge parvient lui aussi au tour suivant et peut enfin assouvir son rêve : combattre Kyo en duel.

Le duel Kyo – Tigre rouge commence. Ce dernier utilise sa technique spéciale de clones mais Kyo réussit à différencier le vrai et en profite pour contre-attaquer en lui faisant un « mirage rouge » mais Tigre rouge arrive tout de même à en sortir en commettant une faute qui le disqualifie du tournoi. Vient le tour des demi-finales opposant Yukimura qui s'est déguisé en jeune femme puisque toujours officiellement considéré comme régicide, à son frère, Nobuyuki Sanada, portant un masque d'animal. Les règles ont changé et il y a maintenant possibilité de blesser et de tuer l'adversaire. Pendant le combat, les deux frères racontent les raisons pour lesquelles ils sont devenus frères ennemis et qu'ils ne peuvent plus faire autre chose que de s'entretuer.

Le combat fratricide continue, Yukimura bien que techniquement dépassé profitera d'une erreur de son frère pour le blesser mais avant la fin du combat, les hommes de Ieyasu interviennent et armés de mousquets ils encerclent l'arène de combat les mettant en joue. Le shogun ne voulait pas de vainqueur mais juste rassembler tous les criminels afin de les éliminer tous en même temps mais Kyo et Miguera avaient deviné le plan et les ont massacrés avant qu'ils ne puissent se transformer en Kenyo. La recherche de la lance muramasa conduit le groupe dans les souterrains du château du shogun, Miguera montre ce qu'il cachait depuis le début sous son manteau. Son muramasa Hajyao. Grâce à lui il parvient à ouvrir les scellés de la lance maléfique. Santera manipulait en fait Ieyasu depuis quelque temps afin de voler le trésor pour le compte de ce fameux « Il ». Elle le transformait peu à peu en Kenyo mais gardant toute sa puissance et sa force, le seul moyen de le tuer est que Tigre rouge, maintenant découvert comme Hidetada le second fils du shogun, manipule la lance et tue son propre père.

L'eau se déverse dans les sous-sols du château d'Edo. Ayant réussi à s'échapper, Kyo et Yukimura décident de régler leurs comptes, jouant avec leurs vies comme avec leurs sabres... Mais Miguera finit par s'interposer. Il cherche à rendre au monde son aspect d'origine, et propose une alliance entre les différents porteurs de Muramasa. Mais Kyo ne veut qu'une seule chose : tuer Kyoshiro et reprendre le titre du guerrier absolu. En entendant cela, Yukimura décide finalement de dévoiler le lieu où est enfermé le corps de Kyo. Alors qu'ils s'apprêtent à partir, Yuya fait la rencontre d'un jeune homme aveugle, un certain Akira...

Kyo, Yuya, Benitora et Okuni se dirigent vers l'océan d'arbres, à la recherche du corps de Kyo. Yuya reste préoccupée par ce que dit Akira... Le fait qu'il connaissait effectivement un homme portant une cicatrice en forme de croix dans le dos, mais aussi que Kyo le connaissait, plus que quiconque. Il lui faut suivre Kyo pour retrouver l'assassin de son frère. Dès leur arrivée à l'auberge, Kubira, l'un des douze généraux sacrés, lance une offensive contre Kyo, conformément aux souhaits de "La Personne". Au cours du combat, Yuya remarque la cicatrice qui couvre le dos de Kyo. Peut-être est-ce lui le meurtrier de son frère ? Ne l'appelle-t-on pas l'homme aux mille cadavres ?

L'école Shin-Kage-Ryu tire son nom des idéogrammes "divinité" et "ombre". Le maître de cette école décida de quitter le service des Tokugawa pour aller enseigner, quelque part au fond de la montagne. Il est dit que le secret de sa technique transcendait autrefois la force des Tokugawa. Benitora alla trouver ce maître, bien décidé à maîtriser ce secret. Mais le maître fut traîtreusement assassiné par l'un de ses propres disciples... Benitora, venu se recueillir devant sa tombe, tombe dans le piège que lui tendait Gihyo, son ancien frère d'armes. C'est lui le meurtrier de son maître et il semble désormais au service de "La Personne". Il se fait à présent appeler Mekira, l'un des douze généraux sacrés !

Il s'avère que le village des samouraïs est terrorisé par une bande de tueurs à gages. L'un d'entre eux défie Kyoshiro, pensant qu'il s'agit de Demon Eyes Kyo.

Sasuke rencontre Kotaro, un compagnon avec lequel il a grandi dans la Mer des Arbres, qui est maintenant l'un des Douze Généraux Divins, Moguro, et les deux s'affrontent dans les bois. D'autre part, Ghost Eye et son équipe rencontrent également Vaikara et Andiro, qui font partie des Douze Généraux Divins. La fusion de la musculature et de la beauté des arts martiaux de Vipassana blesse Madoka, tandis qu'Andiro s'en prend à la Vierge de la Nuit qui ne cesse de l'attaquer...

Lorsque Yumiya est prise en otage, Tigre Rouge quitte l'équipe pour la sauver. Tout le monde est surpris par la froideur de l'épée de Ghost Eye, mais après s'être dispersés, ils se rendent compte que Mad a quelque chose d'autre en tête. Bien que Yukimura voie à travers le cœur de Mad, il a des choses plus importantes à faire, et se rend avec Sasuke là où vivent les habitants de la Mer des Arbres, et rencontre par coïncidence Miguelo...

Ghost Eye Madoka et Oda Nobunaga rencontrent enfin le roi et s'engagent dans un combat à mort. Berserk, déjà gravement blessé, n'a pas pu utiliser toute sa puissance par crainte du danger que représentait la jeune fille prise en otage, Yuki. Nobunaga doit battre en retraite car son corps n'a pas été complètement réanimé. Red Tiger rencontre Miyero et se précipite à son secours...

Ghost Eyes se précipite à la rescousse de Red Tiger, qui se bat avec Nobunaga, et sauve la jeune fille d'Indrakuni, qui a failli être tuée par Nobunaga parce qu'elle protégeait Red Tiger. Lorsque Nobunaga utilise le Heavenly Demon Wrecking Hand, Imoi Kyoshiro apparaît. Non seulement il fabrique le Kouryuu Dragon, qui est encore plus puissant que Mad, mais il est aussi d'un calme inhabituel...

Kyoshiro se réveille, et le groupe a l'intention d'interroger Chodorow sur la raison pour laquelle le clan Nonsense a convoqué Nobunaga. D'autre part, Yuko, qui a été gelée par la glace vive, rencontre Sakuya, une prophète du destin, et apprend d'elle de nombreuses histoires sur l'autre côté de l'histoire. Sakuya demande à Yumi de retourner auprès de Madoka pour l'aider et la sauver de la glace...

Akira dit qu'il a tué Yukari et récupéré le corps de Madoka. Mais il ne s'attendait pas à ce que Yuko s'échappe du piège et retrouve Mad et les autres. Aguni ne s'attendait pas à ce que Mad la sauve, et elle apprend que Mad a changé à cause de Yuko. Frenzy veut se rendre seul à Akira pour récupérer son corps, mais tout le monde décide de l'accompagner, désireux de travailler ensemble pour atteindre leur objectif.

Mad et son groupe parviennent à atteindre la maison de Muramasa, mais ils assistent à l'enlèvement de la fille Sakuya par Sako Sesshi. Mad et Muramasa rencontrent Tatsuhiko dans la forêt, qui a été envoyé par les anciens du clan Imoi pour tuer Muramasa. De leur côté, Tigre Rouge, Makoto et Sasuke rencontrent également un démon envoyé par le clan Imoi pour les contrecarrer...

Le dragon augmenté de Mad est en fait brisé par le dragon à sept sceaux de Hotaru, qui brise l'eau, et Muramasa utilise donc un vrai dragon augmenté pour combattre Tatsuhiko. La fille Aguo découvre enfin où Maître Akira cache le corps de Mad, mais rencontre Firefly, une machine à tuer flamboyante du clan Nonshi. Miyero et Aguo ont été grièvement blessés en s'emparant du corps de Mad...

Yukimura décide de rejoindre le clan Imoi, une décision qui met Sasuke en colère et lui donne envie de le tuer, mais Saizou pense que Yukimura doit avoir une raison. Après avoir enseigné à Madoka tous les secrets de l'épée meurtrière Mokumei Kamikaze Stream, Mura s'évanouit comme une fumée, laissant des instructions à Yuki pour qu'elle parte avec Madoka vers le mystérieux château du clan Imoi afin de récupérer le corps...

Maître Yukimura suit Izumo Aguni jusqu'au château de l'absurde, où il est confronté à la provocation de Tatsuhiko et rencontre Sakuya. Saizou se précipite alors à la rescousse de Yukimura, mais il est précipité dans une profonde vallée. Sakuya et son équipe rencontrent un adversaire de taille en la personne de Sako Sakushi, qui n'arrive pas à vaincre leur capacité de composition instantanée...

Mad est repoussé par Hotaru, qui utilise la magie des flammes, et la fille Sakuya trouve le corps de Mad, avec l'intention de le détruire, mais elle en est empêchée par Tatsuhara et Zhaoduluo, et est emprisonnée dans un donjon. La fille Sakuya raconte à la fille Aguni l'enchevêtrement haineux entre Kyoshiro et la Ghost Eye Blade...

Yukimura trahit ses amis et rejoint le clan Mibu, et réveille le dernier Murimasa. Kyo le retrouve et commence à se battre, mais peut-il tuer un ami ?

La bataille finale entre Oda Nobunaga et Demon Eyes Kyo.

Kyo et Kyoshiro se synchronisent pour pouvoir battre Nobunaga qui a pris le corps de Kyo. Les cinq Muramasa se rassemblent pour ne plus former qu'une seule arme si puissante que cela entraîne une déchirure dans l'espace-temps. Le combat se tient alors sur la tour de Tōkyō dans notre ère. Ils battent Nobunaga et Kyo récupère son corps. Le groupe se réunit une dernière fois dans la maison de Muramasa avant de se séparer. Yukimura, Sasuke, Saizo et Makora partent pour Kudoyama pour préparer leur ascension au pouvoir. Luciole et Akira décident de voyager à travers le Japon ensemble. Tigre rouge est prêt à endosser son rôle de Shogun. Sakuya et Shinrei décident de rassembler les survivants des Mibu pour mener une existence paisible ensemble. Quand Yuya va voir Kyo et Kyoshiro elle découvre qu'ils sont partis se battre. Elle court les rejoindre mais Miguera l'arrête en demandant s'y elle aura le courage de choisir entre les deux. Yuya lui répond qu'elle est prête à aimer celui qui survivra le combat et de le pardonner du meurtre de l'autre car pour elle perdre Kyo où Kyoshiro est tout aussi douloureux. Okuni ne peut qu'admirer tristement sa détermination et elle part aussi. Quand Yuya arrive sur le lieu du combat on voit un corps tomber et le survivant lui sourit mais on ne sait pas qui a gagné. La prochaine image se passe dix ans plus tard. Yukimura est en train de d'assiéger les Tokugawa et Tigre rouge décide d'aller se battre. Il demande à Mahiro de se mettre à l'abri et il entend la voix de Yuya en train de vendre des médicaments. Yukimura entend aussi cette voix. La dernière image est celle du couple heureux de Yuya et de Kyo ou Kyoshiro. Remarque: Muramasa avait dit à Yuya que Kyo aurait un jour le sourire et que c'est elle qui serait là pour le voir. Dix ans après on voit près d'un ruisseau l'homme mystérieux qui sourit donc comme c'est un événement qui marque une partie importante de la fin de cet épisode on peut penser