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Depuis qu'Albator a pris le commandement de l'Atlantis et s'est opposé aux Humanoïdes, sa tête est mise à prix. Un jeune garçon, qui veut nourrir sa famille, va tenter de le tuer pendant que son vaisseau sera ravitaillé

Une pièce importante de l'Atlantis est tombée en panne. Alfred suggère de faire une pause sur la planète Parta où il connaît un mécanicien qui pourra la réparer. Mais Parta est depuis longtemps sous l'emprise des Humanoïdes.

L'Atlantis reçoit un appel de détresse d'un vaisseau attaqué par des pillards. Mais les seuls rescapés trouvés à bord sont un médecin et une petite fille à la recherche de son père.

Tous les habitants de la planète P-3 ont été massacrés par les Humanoïdes. Albator pense que les gens de la Station d'Information de l'Espace connaissent les raisons de ce massacre. Il tente alors de repérer leur emplacement.

Albator et son équipe croisent un étrange vaisseau abandonné, vieux de plusieurs dizaines d'années. Ils y trouvent une femme cyborg qu'ils décident de prendre à bord de l'Atlantis.

Les Humanoïdes ont mis au point un nouveau vaisseau de guerre qu'ils lancent à la poursuite de l'Atlantis. Ce dernier subit alors de graves dommages et doit absolument s'arrêter quelque part pour effectuer d'urgentes réparations.

Albator et Alfred retrouvent la trace de celle que l'on surnomme la Femme-Pirate. Lorsqu'ils apprennent qu'elle a été capturée par les Humanoïdes, ils n'hésitent pas à venir à son secours, même s'ils savent qu'un piège les y attend.

Peu après une escale de ravitaillement, une explosion survient dans les réservoirs d'eau de l'Atlantis. Albator et son équipage sont contraints de s'arrêter sur la Planète de Fer.

Un espion s'est glissé à bord de l'Atlantis, multipliant les sabotages. Pourtant, aucun individu n'est repéré. Peu après, c'est Nausicaä qui disparaît. La tension monte car tout le monde en vient à suspecter l'autre.

C'est Noël ! Tandis que la petite Lydia espère que son père lui apportera un cadeau, les Humanoïdes passent à l'offensive. Ils ont, pour cela, entièrement automatisé l'Ombre de la Mort, l'ancien vaisseau d'Albator.

Albator et ses amis espèrent fêter tranquillement la nouvelle année sur Azila, une des rares planètes encore neutres. Mais les Humanoïdes font pression sur le gouvernement pour qu'il ne reste pas.

Le professeur Zon a mis au point son plus bel appareil de combat. C'est seul aux commandes, et sans l'aide des Humanoïdes, qu'il lance un défi un défi à Albator. Mais ce dernier refuse.

Pendant la surveillance de garde, Mima est traumatisée par l'apparition d'un étrange vaisseau lumineux. non loin de là, Monsieur Zon est récupéré par les Humanoïdes qui sont très mécontents de son échec.

Alors que les Humanoïdes s'apprêtent à lancer une nouvelle attaque contre Albator, leur flotte est instantanément anéantie par une boule lumineuse. De son côté, Monsieur Zon demande qu'on lui confie une armada entière sous ses ordres.

Pris dans un piège tendu par Monsieur Zon et les Humanoïdes, Albator et son équipage doivent se dissimuler dans les profondeurs d'une mer composée d'acide . Mais ils sont très vite repérés et menacés par des torpilles.

La petite Lydia s'est prise d'affection pour un petit chat trouvé sur une planète. Elle l'amène secrètement à bord de l'Atlantis sans se douter que l'animal sert d'espion aux Humanoïdes.

À la suite d'un accident, Alfred, Joe, Lydia et le docteur ne peuvent plus quitter la planète Mitra et rejoindre l'Atlantis. De plus, ils sont très vite repérés par les Humanoïdes qui veulent en profiter pour les éliminer.

En voulant délivrer deux terriens sur le point d'être exécutés, Emeraldas tombe dans le piège tendu par les Humanoïdes. Albator et son équipage s'empresse de venir à son secours lorsqu'ils apprennent sa capture.

Pour éliminer Albator, Monsieur Zon utilise une drôle de planète artificielle gérée par un ordinateur fou. En effet, tous les vaisseaux l'approchant sont irrémédiablement attirés et finissent par s'écraser.

En voulant sauver Emeraldas, Alfred a attrapé le mal de l'espace. Pour évaluer l'ampleur de la maladie, le docteur a besoin d'un médicament, le Vitaphormol. Albator se propose d'aller en chercher dans une base Humanoïde. Mais Nausicäa s'y rend à sa place

Grâce aux précieuses informations données par Nausicaä, Albator sait dans quelle direction se trouve la planète qu'il recherche. Il arrive à présent aux limites encore inexplorées du cosmos. L'Atlantis se retrouve immobilisé dans un cimetière de l'espace et Alfred voyant sa fin venir , quitte le vaisseau pour rejoindre l'épave de l'ombre de la mort sur la planète Taroton afin de transférer son âme dans l'ordinateur central de l'Atlantis pour qu'il puisse franchir le brouillard de la mort .

L'Atlantis a franchi le Brouillard de la Mort. Nos amis approchent bientôt de leur but, une planète idéale où règnerait la paix. Mais le professeur Zon et les Humanoïdes ne sont pas très loin.