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Batman doit arrêter au plus vite deux super criminels, le Professeur Pyg et son acolyte Mr Crapaud. Les deux super vilains kidnappent toutes les personnes concernées par la création de Stagg Industries, dont Simon Stagg, Michael Holt et sans le vouloir Alfred qu'ils prennent pour Bruce Wayne. À la fin de cet épisode, Alfred blessé à une jambe, engage un nouveau garde du corps pour Bruce, Tatsu Yamashiro dont il a connu le père durant sa carrière d'espion.

une mystérieuse voleuse nommée Magpie qui a la capacité de sortir des griffes de ses ongles, de voler les souvenirs de ses victimes et est insensible à la douleur. Elle s'en prend à une psychiatre, Batman devra user de son intelligence pour vaincre cette ennemie redoutable.

Batman fait passer des épreuves à Tastu (qui deviendra Katana) pour prouver sa loyauté. Elle devra alors se battre au côté de Batman contre Anarky, un mystérieux pirate d'Internet qui semble presque invisible.

Lorsque la Ligue des Assassins prend pour cible le docteur Jason Burr, Bruce Wayne met ce dernier à l'abri dans son propre manoir, sous la protection de Tatsu.

Une collection de nouvelles statues surgit autour des Rues de Gotham. Batman et le lieutenant Gordon doivent travailler ensemble pour sauver des gens innocents pris au piège à l'intérieur avant que Notorious Humphrey Dumpler (Humpty Dumpty) ne les détruise.

Batman tente en vain de sauver Rex Mason de sa transformation en Metamorpho après qu'il a ingéré par erreur une dose élevée de produits chimiques toxiques.

La Ligue des Assassins sait où se trouve l'épée légendaire Soultaker, mais ne parvient pas à pousser Katana à la leur donner. Silver Monkey, assisté par Bethanie Ravencroft, estime que la seule chose à faire est de kidnapper Bruce Wayne afin de l'échanger contre l'arme. Mais Katana intervient et sauve son patron. Alfred provoque une diversion qui laisse à Bruce le temps d'enfiler son costume de super-héros pour aider son garde du corps dans son combat contre Silver Monkey...

Le lieutenant Gordon est sur le point de réunir assez de preuves pour envoyer Tobias Whale, un criminel notoire de Gotham City, en prison. Ayant vent de ses projets, Tobias enlève la fille de Gordon. Le policier demande de l'aide à Batman, qui découvre rapidement l'endroit où est détenue la jeune fille...

Lady Shiva cherche toujours à accéder au Cortex ionique. Elle envoie un de ses meilleurs agents, Cypher, chercher des informations directement dans l'esprit de Jason Burr. Batman et Katana doivent arrêter cet ennemi redoutable, un androïde capable de manipuler les esprits. Katana se fait capturer...

Anarky dérobe des biens de valeur à la Ligue des Assassins et accuse Batman du forfait. Parallèlement, il contacte le justicier de Gotham City et lui indique où trouver Lady Shiva. Batman se rend sur place avec Katana, même s'il sait que cela n'est qu'un piège. Au cours de l'affrontement qui suit, une toxine mutagène est libérée, mettant tout le monde en danger. Batman, Katana et Lady Shiva doivent s'échapper du bâtiment avant qu'il ne soit totalement scellé...

Le professeur Pyg et monsieur Toad sont de retour à Gotham, où ils se préparent à commettre des méfaits dans le monde de la haute couture. Ils laissent derrière eux des indices que Batman parvient à déchiffrer, dévoilant ainsi leur véritable objectif : faire exploser un yacht où se tient un défilé de mode...

A l'insu d'Alfred et de Katana, Batman se rend au pénitentiaire où est détenue Magpie. Il espère l'aider à retrouver la mémoire. C'est uniquement lorsqu'elle aperçoit Katana que Magpie commence à retrouver ses souvenirs. Elle éprouve alors le désir de tuer l'associée de Batman...

Jason Burr, qui est toujours sous l'influence de Cypher, vole le Cortex ionique pour le compte de la Ligue des Assassins pendant que Lady Shiva sort Ra's al Ghul de son animation suspendue. Batman, Katana et Alfred se retrouvent face à des adversaires redoutables et le sort de Gotham dépend de leur victoire sur la Ligue. La bataille tourne à l'avantage de Ra's al Ghul, qui capture Batman. Katana et Alfred se retrouvent seuls...

Batman forme une alliance de circonstance avec Silver Monkey pour échapper à la Ligue des Assassins. Pendant ce temps, Katana, Alfred, le lieutenant Gordon et Barbara s'organisent pour nettoyer Gotham des spectres et des criminels qui y rôdent depuis une coupure de courant organisée par Ra's al Ghul...

Ra's al Ghul réunit tous les super-vilains que Batman a vaincus, du professeur Pyg à Tobias Whale. Il leur propose de s'unir pour éliminer le justicier puis de se partager la ville. Batman, de son côté, cherche à trouver Ra's al Ghul pour sauver ses partenaires et la cité pendant que Gordon cherche à neutraliser le Cortex ionique...

Six mois après la panne d'électricité, le nouveau Harvey Dent essaie de mettre fin à la vie de Batman. Il se retrouve piégé dans une attaque portant atteinte à la vie du maire Grange. Batman prend une mesure radicale pour découvrir qui est responsable.

Batman et Katana s'associent à Rex Mason, aussi connu sous le nom « Le Golem de l'ancienne Gotham » pour qu'ils combattent une armée croissante de voyous blindés qui ont terrorisé plusieurs parties de l'ancienne ville de Gotham. En outre, ils esquivent aussi l'Unité Spéciale du Crime, une nouvelle organisation créée par Harvey Dent.

il capture Batman, Katana, Gordon, le maire Grange et Tobias Whale.

Pour suivre à la trace un voleur qui s'est emparé d'une pièce d'un dangereux logiciel, Batman se fait arrêter afin d'intégrer la prison Blackgate.

Batman et Katana rencontrent une créature étrange nommée Bat. Il est le résultat expérimental du professeur Pyg et de l'armée animale d'humains mutants de Mr. Crapaud.

Une amie de Bruce Wayne vient à lui pour obtenir son aide, alors que son père a été cloné par une mystérieuse organisation pour créer une armée de super chasseurs d'hommes.

Voulant se débarrasser de Batman, Harvey Dent s'allie avec Anarky, qui recrute un nouveau vilain pour prendre la place de Batman, Deathstroke.

Quand Batman et Katana sont pris en embuscade dans le métro de Gotham par Killer Croc, il est du devoir de Barbara Gordon de les sauver. Seulement, cette dernière a un rendez-vous.

Quand Bruce Wayne est « assassiné » par Batman, il se fait passer pour mort afin de commencer sa recherche sur « Le faux Batman », un imposteur.

Batman continue de travailler dans le secret, afin qu'il puisse trouver des réponses à ses questions, tandis que Harvey Dent récupère à l'hôpital de Gotham. En accusant Batman pour tout, il promulgue la loi martiale dans Gotham.

Quand Alfred est pris en otage par Deathstroke à l'intérieur de la Batcave, Batman doit lui faire face seul. Harvey Dent révèle alors sa vraie nature comme étant Double-Face.