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Shuu Ouma est un jeune lycéen qui n'arrive pas à trouver sa place dans la société. En rentrant de l'école, il tombe nez-à-nez avec Inori, une chanteuse célèbre qui s'avère aussi appartenir à un groupe terroriste : les Croque-morts. Blessée, elle lui confie la mission de délivrer un petit robot à un certain Gai puis est arrêtée. Alors qu'elle est interrogée pour vol d'un génome secret même pour les plus hauts personnages de l'État, Shuu retrouve Gai, leader du groupe rebelle et combattant de talent...

Shuu a réveillé le pouvoir du Void Genome, mais c'est à Gai que celui-ci devait revenir. Désemparé et mêlé à un combat qui n'était pas le sien, Shuu va doit faire un choix : rejoindra-t-il les Croque-morts et leurs forces ou continuera-t-il à ignorer les problèmes de ceux qui l'entourent ? Le destin va lui demander une réponse très rapidement...

La classe de Shuu accueille une nouvelle élève : Inori Yuzuriha ! La même jeune fille qui a entraîné Shuu dans la lutte contre le GHQ. L'arrivée de la chanteuse met l'école en ébullition et Shuu regrette plus que jamais sa vie paisible d'il n'y a pas si longtemps. Un malheur n'arrivant jamais seul, Inori et lui ont été vus par un de ses camarades de classe lors de l'attaque de Roppongi. S'il ne veut pas finir à l'ombre, retrouver ce témoin devient primordial...

Yahiro trahit Shuu et le livre aux Anticorps du GHQ. Le commandant Segai explique à Shuu le rôle de bienfaiteur du GHQ dans la crise mondiale de ces dix dernières années. Ainsi, il espère retourner le lycéen contre les Croque-morts. Au même moment, les rebelles annoncent qu'ils comptent faire s'évader le responsable d'un attentat gardé dans la même institution que Shuu...

Shuu s'est décidé à accompagner les Croque-morts mais pas à les rejoindre. Il se demande encore s'il les dénoncera au GHQ avec le transmetteur que le commandant Segai lui a remis. Pour les Croque-morts, la victoire de la veille ne sonne pas l'heure de la fête mais celle du prochain plan au cours duquel Shuu se révélera être la pièce maîtresse. Gai confie à la pilote d'Endlave Ayase l'entraînement du lycéen afin que celui-ci puisse participer activement...

Le drame frappe de nouveau les Croque-morts et leur combat. Le GHQ vient d'employer sa toute dernière technologie, la constellation de satellite équipée de lasers, pour décimer les renforts que ceux-ci avaient trouvé en dehors du Japon. L'opération destinée à neutraliser le Leucocyte semble vouée à l'échec mais Gai s'adapte une fois de plus. Alors que Shuu était prêt à participer, les risques qu'entraîne la nouvelle stratégie le font à nouveau douter...

Shuu retourne au lycée après avoir vécu parmi les Croque-morts. Si certaines rumeurs circulent, il s'aperçoit vite que ses amis sont plus curieux du fonctionnement du GHQ que d'un quelconque crime. Mais les Croque-morts n'ont pourtant pas de temps à perdre. Leur lutte se poursuit et il leur faut de nouvelles voies d'accès pour s'approvisionner. Gai embarque Shuu sur un yacht privé à la recherche d'un bienfaiteur mais le GHQ l'apprend : le bateau est en danger et par la même occasion, la mère de Shuu...

Le club d'audiovisuel part en voyage ! Shuu, Inori, Hare, Sôta et Kanon prennent du bon temps dans une villa prêtée par un parent de Shuu. Mais ce week-end innocent cache cette fois encore une mission bien orchestrée par Gai et Shuu va devoir utiliser un de ses amis pour accomplir son devoir. Pourtant, le devoir n'est pas tout, la plage et l'été réveille les passions des adolescents, Shuu gardera-t-il la tête froide ?

Shuu retrouve par hasard Yahiro. Celui-ci est en cavale depuis le jour où Shuu a fait évader Kenji Kidou du centre de quarantaine. Les Anticorps en ont après son frère et il demande de l'aide à celui qu'il a trahi auparavant. Shuu accepte de l'aider mais les choses se compliquent quand le commandant Segai et Daryl retrouvent leur trace.

La mort de Jun, le petit frère de Yahiro, a traumatisé Shuu. Il refuse de se battre à nouveau aux côtés de Gai et d'Inori et ne veut plus entendre parler du Void. C'est la déception chez les Croque-morts qui ne peuvent pas abandonner leur combat contre le GHQ pour autant. Shuu essaie de retrouver une vie ordinaire au lycée mais c'est sans compter avec les Anticorps et leurs plans pour le Japon...

Les Anticorps ont lâché le virus Apocalypse sur le Japon et font porter le chapeau à Gai et ses Croque-morts. Sans les pouvoirs de Shuu, ils n'ont aucune chance de tenir tête ouvertement à l'armée d'occupation. Et pourtant, personne n'abandonne. Gai et Inori continuent leur avancée pendant que Shuu repense à ce qu'il aurait été sans leur rencontre. Va-t-il y trouver une nouvelle source de détermination ?

Le mystérieux Yuu vient enlever Inori et met Gai hors combat. Sur les ordres du leader des Croque-morts, Shuu le poursuit et atterrit dans un espace coupé du monde. Il y retrouve une connaissance depuis longtemps disparue et découvre la terrible vérité derrière le Lost Christmas.

Mana a été libérée, Gai est mort. Mais la vie ne s'arrête pas pour autant pour le reste de Tokyo. Suite à la nouvelle vague d'Apocalypse libérée sur le centre de Tokyo, le GHQ décide de placer la zone en quarantaine. Shû et ses amis essaient d'organiser la vie sur le campus de leur lycée. Pour remonter le moral des réfugiés mais aussi de ses amis, Sôta propose d'organiser la fête de l'école normalement.

Keido annonce l'absence de tout survivant à Tokyo, complètement bouclée. Pour calmer la foule étudiante, Shu décide d'agir.

L'ordre est rétabli parmi les étudiants avec Shu comme nouveau président du conseil, mais des problèmes l'attendent. Une tragédie fait changer Shu de perspective.

Argo infiltre Tokyo, qui fait toujours l'objet de mesures de confinement, pour sauver Arisa. Que va-t-il trouver ? La vérité exposée bouleverse Shu.

Arisa découvre comment faire tomber Shu et sa tyrannie. Elle est forcée de garder le silence, mais des rumeurs continuent à se répandre. Shu fait appel au plan d'exode.

Shu est puni pour ses nombreux péchés. Soudain, Gai, passé pour mort, apparaît devant lui, changé, et plonge Shu dans les profondeurs du désespoir.

Après des difficultés, Inori pardonne enfin Shu. Shu affronte Gai seul, exposant tout, et son pouvoir miraculeux tisse un nouveau destin.

25 décembre 2039. Le monde tel qu'il existait n'est plus et un nouveau naît. La quatrième apocalypse est déclarée au monde entier, et Shu affronte son ennemi fatal.

Un combat commence avec pour issue le sort de l'humanité. Alors que d'immenses pouvoirs s'affrontent, Shu envahit le siège du GHQ où Gai l'attend, afin de sauver Inori.

Mana se prépare à déclencher la quatrième apocalypse afin de répandre le virus à travers le monde. L'épidémie sera-t-elle stoppée à temps ?