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Le Sous-Marin Lanceur d'Engin "USS Colorado", alors qu'il vient de récupérer une équipe de Navy Seal avec un blessé, reçoit d'étrange manière l'ordre de lancer le feu nucléaire sur le Pakistan. Le capitaine Chaplin et son second Kendal demandent confirmation de ses ordres, ce qui vaut au Colorado d'être pris pour cible par des unités américaines, et d'être déclaré déserteur...

Les Marines du monde entier testent les défenses du Colorado, permettant à celui-ci de prouver sa supériorité matérielle, faisant ainsi le bonheur de Kylie Sinclair. Mais une intrusion de troupes d'élite étant possible sur l'autre versant de l'île, Kendall part pour les affronter à la tête d'une petite troupe. Pendant ce temps, L'Officier De Pont Grosser remet en cause l'autorité de Chaplin, et le Gouvernement américain essaie de retourner Christine, la femme se Kendall.

L’équipage du Colorado est à la recherche de ses trois marins portés disparus. Avec l’assistance de Sophie, Marcus rencontre Serrat qui lui demande d’aller chercher une livraison en pleine mer en échange de ses captifs.

Marcus et Sam sont désormais officiellement accusés de trahison par le gouvernement américain. Ils ont cependant un problème plus important, car la tension monte au sein de l’équipage et une mutinerie parait inévitable.

Curry arrive sur l’île pour négocier avec Chaplin un accord pour récupérer le sous-marin. Pendant ce temps, Grace prend les commandes du Colorado afin d’effectuer des réparations sur une balise radar.

Sam se réveille sur l’île qui semble avoir été désertée. 3 heures plus tôt, l’équipage se rend compte que quelque chose ne va pas et découvre qu’une drogue a été versée dans les réserves d’eau. Ils doivent alors prendre des mesures sans tarder pour protéger le sous-marin.

Après le vol de sa clé, Chaplin organise une fouille générale de l’équipage. Pendant ce temps, Sam interroge le dernier assaillant encore vivant pour savoir qui est le traitre. La pression monte du côté de Serrat qui tente de défendre sa position.

Après une soirée festive en compagnie des locaux pour célébrer Thanksgiving, un membre de l’équipage est accusé d’avoir violé une jeune femme. Chaplin impose alors un tribunal partagé pour canaliser les tensions sur l’île.

Les membres de l’équipage s’apprêtent à recevoir la visite de leurs familles, mais celles-ci sont prises en otages par des Pakistanais voulant forcer Chaplin à lancer une bombe sur l’Inde. Rapidement, un plan de sauvetage est mis en place, mais l’ennemi est intransigeant.

Sam et James quittent Sainte Marina pour tenter de sauver Christine. Sur l’île, une délégation diplomatique chinoise arrive avec une proposition d’alliance. Des problèmes à la prison poussent Chaplin dans une direction difficile.

La Chine a tenu parole et a envoyé un navire avec médicaments et nourriture mais le gouvernement américain envoi un destroyer pour intercepter le navire et l'empêcher d'arriver à destination.

Grace et Kylie travaillent ensemble pour faire tomber le président. Pour y parvenir, cette dernière s'apprête à utiliser contre lui les informations dont elle dispose sur le Pakistan. Sur l'île, une bataille d'alliances s'engage. Informé par l'amiral Shepard qu'un coup d'Etat pourrait avoir lieu prochainement, Marcus entrevoit enfin la possibilité d'un retour dans le Colorado. De son côté, Sam est déchiré entre sa loyauté envers Marcus et son envie de se joindre à la mutinerie dirigée par Prosser. Il tente d'obtenir quelques heures de plus avant que ses hommes n'attaquent le sous-marin. Mais Marcus a placé une taupe, Brannan, chez les mutins.

Un violent affrontement éclate à bord de l'USS Colorado, laissant le champ libre à un tiers pour prendre le contrôle du sous-marin et assujettir l'équipage à son plan. Marcus, qui a fait payer sa trahison à Sam en l'enfermant dans le bateau, est prêt à tout pour défendre le Colorado. Depuis l'île, Sophie est chargée de communiquer les informations à Washington. Kendal confie à la jeune femme une mission particulièrement délicate : exiger des autorités qu'elles lancent une attaque aérienne sur le navire, de façon à ce qu'il ne tombe pas entre de mauvaises mains. Alors que l'attaque est imminente, l'équipage cherche désespérément un moyen de survivre.