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Alors qu'Ichigo Momomiya est à son premier rendez-vous avec Masaya Aoyama, elle est baignée dans une étrange lumière et se voit fusionner avec un chat. Par la suite, elle commence à afficher des comportements semblables à ceux d’un chat. Le lendemain, Ichigo suit Masaya dans un parc, où une étrange créature ressemblant à une méduse s'empare du corps d'un rat, le transformant en monstre. Ryou Shirogane sauve Ichigo et lui offre un pendentif lui permettant de se transformer en Mew Ichigo. Grâce à ses nouveaux pouvoirs, elle vainc le monstre et le transforme en rat normal. Par la suite, Ryou refuse d'expliquer ce qui vient de se passer, alors Keiichiro Akasaka, nouvellement arrivé, propose de le faire à la place.

Mark invite Zoey pour aller voir une exposition sur les animaux en voie de disparition. Sans le savoir, Zoey est surveillée par Elliot et Wesley. Mark est attaqué par un prédasite, Zoey doit l'affronter. Elliot lui donne une pierre de puissance et elle se transforme. À la fin de ce combat, Elliot et Wesley lui font découvrir son lieu de travail, le Café Mew Mew.

Elliot et Wesley montrent à Zoey la vérité sur le projet Mew Mew. Elle apprend qu'elle doit chercher ses autres coéquipières de combat avec l'aide d'un petit robot Mini-Mew. Zoey rencontre Corina, fille issue d'une famille riche. Le chien de Corina se transforme en prédasite. Zoey découvre que Corina est une de ses coéquipières car elle porte la marque. Corina finit par se transformer en Mew Mew.

Au Café Mew Mew, un groupe de filles sont amies avec Bridget. Ces filles demandent à Bridget d'aller au collège pour voir un fantôme qui serait dans la piscine. Corina veut mener cette enquête et demande à Zoey de l'accompagner mais elle a peur des fantômes. Elles découvrent que le fantôme est Bridget, leur troisième coéquipière. Mais un extraterrestre vient embrasser Zoey : qui est-il ?

Mark invite Zoey à aller dans un parc d'attraction. Mais Dren va encore faire des siennes en attaquant Zoey et décide de l'anéantir.

Zoey échappe à un accident en retombant sur ses pieds. Repérée par toute l'école, les membres de gymnastique de l'école souhaitent l'avoir avec eux.

Une pianiste espagnole, Maria Riviera, se présente au Café Mew Mew. Elle organisera un bal et jouera du piano. Pendant ce temps, Dren décide de semer la zizanie ...

En se reposant au parc, Zoey fait la rencontre de Kikki, une jeune fille qui se comporte comme un singe. Dren veut s'emparer de l'esprit de Kikki, mais Zoey veut l'en empêcher...

Bridget reçoit une invitation pour aller dans un spa à la montagne. Mais en arrivant, les Mew Mew découvrent que ceci n'est pas un spa. Elles font la connaissance de Marco, garçon ressemblant à Mark, qui s'oppose aux constructions de la nature.

Zoey rencontre Sergio, le frère de Corina. Pourtant, ces deux derniers sont distants. Zoey, Kikki et Bridget veulent inviter Sergio lors de la prochaine représentation de Corina pour pouvoir les réconcilier.

Les Mew Mew pensent avoir trouvé la 5e coéquipière qui est Estelle Renée Roberts, célèbre mannequin connue dans le monde entier. Mais ça ne va pas être facile de la convaincre de les rejoindre.

Les Mew Mew doivent convaincre Estelle de les rejoindre. Dren veut qu'elle choisisse le camp des cyniclons. Tout va se compliquer lorsque Dren téléporte Kikki, Corina et Bridget dans une autre dimension. Zoey doit convaincre Estelle et sauver ses amies. Y arrivera-t-elle ?

Zoey craint que Mark puisse découvrir son secret. Le jour du tournoi de Kendo de Mark, Dren l'attaque avec une de ses créatures gluantes ... Zoey pourra-t-elle le sauver tout en évitant que Mark découvre qu'elle est une Mew Mew ?

En allant se promener, Zoey rencontre Chrys, l'ancienne petite-amie de Wesley qui est passionnée de papillons. Les Mew Mew vont essayer de les remettre ensemble.

Lors d'un combat, une étrange créature avale Mini-Mew. Les Mew Mew partent à sa recherche ...

À la bibliothèque, Bridget a eu le coup de foudre pour un garçon. Ses amies lui suggèrent de lui révéler ses sentiments.

C'est les vacances, mais Zoey doit travailler au café Mew Mew. Malgré tout, elle prévoit une sortie avec Mark. Ce serait trop bête de tomber malade...

Un mystérieux individu se faisant appelé le Chevalier Bleu vole au secours de Zoey...

Elliot et Wesley emmènent les Mew Mew à la mer, mais les Cyniclons ont décidé de s'inviter...

Alors qu'elle travaille au café Mew Mew, Kikki perd soudain connaissance. Affolés, tous se précipitent pour savoir ce qui s'est passé...

Corina est en proie à quelques doutes, elle en arrive à remettre en question sa présence au sein de l'équipe des Mew Mew...

Nous sommes à la veille de la rentrée et Zoey vient de se rendre compte qu'elle a oublié de faire ses devoirs de vacances...

Deux camarades de classe de Zoey sont tombées sous le charme d'Elliot et Wesley. Elles demandent à Zoey de les aider à les approcher...

Estelle s'apprête à défiler pour un grand joaillier. Pendant ce temps, Elliot et Wesley tentent d'en savoir plus sur la pierre Arc-en-Ciel...

Entre les cours et son travail au café, Zoey n'a plus le temps de voir Mark et la fatigue s'accumule...

Les Cyniclons tentent de mettre la main sur le Cristal d'Eau Bleue, qui leur permettrait de s'emparer de la planète Terre...

Des heures en retard, Ichigo arrive au lieu de rendez-vous. Au début, elle pense que Masaya est parti, mais il apparaît près d'elle et lui dit qu'il l'attendait et qu'il l'aime. Les oreilles de chat d'Ichigo sortent, mais elle les cache avec un mouchoir et lui dit qu'elle l'aime aussi. Le lendemain, alors que Masaya visite le café, les extraterrestres attaquent à la recherche du miaulement aquatique. Ryou donne à Masaya un somnifère pour l'assommer afin que les filles puissent se battre. Kish parvient à récupérer la canne, mais Keiichiro dit que la canne n'a plus de miaulement aqua de toute façon. Après le départ des extraterrestres, tout le monde commence à nettoyer le café. Dehors, Ichigo se penche sur Masaya endormi et pense à l'embrasser. Elle s'excite et au lieu de voir ses oreilles et sa queue sortir, elle se transforme en un petit chat noir.

Après s'être soudainement transformée en chat, Zoey ne sait pas comment elle va pouvoir redevenir humaine...

Zoey découvre un nouveau côté de son ADN félin lorsqu'elle aide deux chats amoureux...

Dren pense que l'Eau Bleue se cache dans la boule de cristal d'une amie de Zoey, qui est diseuse de bonne aventure...

Le père de Zoey défie Mark lors d'un match de kendo...

Lors d'une réception organisée par sa famille, Corina retrouve son éternelle rivale...

Un homme vient réclamer la main de Kikki après un combat qu'il a remporté...

Lors d'une vente de charité, Bridget vent les poupées qu'elle a fabriquées. Pendant ce temps, Dren prépare son nouveau plan...

Renée rencontre une fille qui est fan d'elle. Dren tente de récupérer son pendentif car il pense qu'il contient l'Eau Bleue...

Alors que Zoey se transforme complètement en chat, le passé d'Elliot est dévoilé...

Sous les conseils de Renee, Zoey célèbre Noël en compagnie de Mark...

Après que Mark ait été frappé par un fragment de l'Eau Bleue, il tombe dans le coma...

Alors que c'est le jour de l'an, Zoey est endormie par un Prédasite et les autres sont enfermées dans son rêve...

Lors de son jour de congé, Kikki découvre un plan machiavélique menaçant le Dôme de Tokyo...

Au milieu de l'océan, un très puissant Prédasite commence à polluer l'océan. Bridget et Elliot doivent rapidement le trouver...

Renée se voit offrir un rôle dans un film d'Hollywood...

Après la trahison de Renée, les Mew Mew sont désemparées...

La ville est engloutie dans une forêt. Les Mew Mew suspectent la dernière Eau Bleue de se cacher dans un arbre, mais elles ne sont pas les seules...

Lors d'un combat, le Chevalier Bleu révèle sa véritable identité...

Une nouvelle Eau Bleue est localisée...

Les Cyniclons mettent leur nouveau plan à exécution : détruire le Chevalier Bleu...

Les Cyniclons parviennent à capturer le Chevalier Bleu et les Mew Mew afin d'éliminer Mark...

L'esprit de Mark est en danger ! De plus, les anciens Prédasites sont relâchés sur la ville...

Mark est devenu le Seigneur Bleu et parvient facilement à battre quatre des Mew Mew. Il ne reste que Zoey...

Alors que Zoey part à la recherche du Seigneur Bleu, les autres combattent le Prédasite qui a été fossilisé avant la mort des parents d'Elliot...

Pendant que Zoey combat le Seigneur Bleu, Mark tente également de se battre contre lui de l'intérieur...