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Suite au départ de ses parents à l’étranger pour des raisons professionnelles, Narukami Yuu, un jeune citadin, se voit dans l'obligation d’emménager chez son oncle à la campagne. Par le plus malheureux des hasards, le cadavre d’une animatrice est retrouvé à proximité de son nouveau lycée, le jour même de sa rentrée. Yuu prend alors connaissance d’une rumeur étrange qui circule parmi les lycéens...

En retrouvant ses esprits, Satonaka s’aperçoit que les Shadows ont disparu. Hanamura lui explique que Narukami les a vaincus. Satonaka décide alors de quitter ce dangereux endroit au plus vite. Accompagnée de Hanamura et Narukami, elle part à la recherche de Kuma qui finit par les renvoyer chez eux. Une nouvelle des plus mauvaises les attend cependant dans leur monde...

Alors qu’elle arrive au lycée, Chie s’inquiète de l’absence de Yukiko dans sa classe et du fait qu’elle n’a pas répondu à ses nombreux messages. Yukiko rassure cependant Chie par téléphone en lui apprenant que l’auberge familiale est débordée. L’apaisement de Chie ne va pourtant être que de courte durée...

Forte de son nouveau pouvoir, Chie est bien décidée à sauver son amie Yukiko. Elle retourne donc dans le monde de Kuma accompagnée de Yuu et de Yousuke. Là, ils découvrent le double de leur amie en train de se livrer au numéro qu’ils avaient aperçu sur la Midnight Channel...

Surprise de voir que Yuu est bien plus endurant qu’il n’en a l’air, Chie lui propose de s’inscrire au club de basket du lycée qui manque cruellement de membres. Il y rencontre Ai Ebihara, une jolie fille excentrique mais en manque d’amour, qui va lui causer bien des problèmes...

Alors que Yuu et ses amis mènent leur enquête pour trouver qui est le coupable des crimes et enlèvements s’étant produits récemment, ils découvrent que la prochaine victime pourrait fort bien être Kanji Tatsumi, un bagarreur notoire. La joyeuse troupe décide donc de le prendre en filature dans l’espoir que le coupable entre en contact avec lui...

Suite à son passage sur Midnight Channel, Kanji a disparu. Yuu et ses amis tentent de le retrouver dans le monde de Kuma, mais ce dernier leur demande un objet appartenant à Kanji pour sentir son odeur et le repérer. Le groupe de lycéens s’exécute et finit ainsi par retrouver la trace de Kanji par l’intermédiaire de son double aux allures plutôt déconcertantes...

Après bien des drames, Yuu et ses amis se préparent à passer de bons moments lors d’un camping scolaire. Suite à un « incident » culinaire inattendu, Yuu et Yousuke se rendent au stand infirmerie du camp et y rencontrent Naoki Konishi, le frère de la défunte Saki. Le lycéen semble leur en vouloir particulièrement...

Au sommet de sa gloire, une jeune idole du nom de Rise Kujikawa décide de faire une pause indéterminée dans sa carrière et de partir se reposer dans le magasin de tofu familial de la petite ville d'Inaba. Après l’avoir rencontrée par hasard à Junes, Yuu croit la reconnaître sur la Midnight Channel. Ses amis et lui décident alors de la surveiller afin de la protéger d’un éventuel enlèvement...

En voyant le show osé du double de Rise sur Midnight Channel, Yuu et ses amis comprennent que la jeune fille s’est fait enlever en dépit de leur surveillance. Inquiets, ils se rendent tous dans le monde de la télé pour retrouver leur amie avec l’aide d’un Kuma des plus déprimés. Une autre surprise de taille les attend cependant...

Un nouveau meurtre inattendu va remettre en question toutes les hypothèses de Yuu et ses amis. Accablés par cette révélation, ces derniers décident de vérifier un certain point auprès de Kuma. Un élément inattendu va cependant bouleverser l’enquête...

Démasqué par la police, le coupable des crimes d’Inaba s’est réfugié dans la Midnight Channel. Yuu et ses amis décident aussitôt de partir à sa recherche pour le capturer. Yuu ne se doute cependant pas qu’une épreuve difficile l’attend...

C’est les vacances d’été mais Yuu semble mystérieusement débordé ces derniers temps. Inquiète, Nanako décide d’enquêter sur ses occupations, à la manière de son idole, Loveline...

Après bien des mystères, la lumière est enfin faite sur les vacances d’été éreintantes de Yuu. Suite à sa rencontre avec le renard que Nanako avait protégé de la pluie, il se retrouve projeté dans une succession interminable d’événements, difficiles à soutenir financièrement...

Les vacances d’été sont terminées, c’est la rentrée des classes pour Yuu. Par chance, c’est également la période du voyage scolaire tant attendu par les élèves de seconde et de première du lycée Yasogami. Yuu et tous ses amis comptent bien en profiter...

Naoto, still unconvinced that the murder case is closed, agrees to appear on TV. He is kidnapped soon after, and with no real information to go by, finding him in TV World is proving difficult. Meanwhile, Naoto's shadow has finally appeared.

As the girls avoid Shadow Naoto's aging beam, the boys try to think of a way to save Naoto, with Yosuke still under the effects of the beam, just as the girls use Teddie as a shield when Shadow Naoto attacks them, again, aging him as well. Shadow Naoto threatens to continue the experiment on Naoto when Kanji has Take-Mikazuchi attack to distract her, letting Yu use Izanagi to respond. Using Himiko, Rise directs Yu to change Personas, cycling through Arahabaki, Abaddon, and Mot, until Yu, too, is hit by the aging beam.

At the Dojima househould, Dojima has made coffee for the family, something he has done since before his wife passed away, when he suddenly gets a call from Adachi that there has been an accident. He leaves them, even though Nanako has just asked him to read her a bedtime story. In the patrol car, Adachi comments on how the accident was at the Samegawa flood plains, the and the case is similar to that of Dojima's wife's death. The next day, Yu accidentally cuts himself while preparing lunch, and while looking for a bandage he comes across a photo Dojima, Nanako, and her mother. Nanako says that Dojima hid all the photos of her mother after she passed away and wonders if she can keep the photo; Yu promises to ask Dojima if she can.

The school holds its cultural festival and Yu meets Ayane Matsunaga of the Yasogami High School brass band.

At the end of the cultural festival, everyone is cleaning up the classroom, planning something to do for the night, when Nanako and Dojima arrive, who reveals he is going out of town and needs Yu to look after Nanako. Nanako says she can take care of herself, but Yukiko feels bad for her and invites her and Yu to come to her family's inn. The rest of the group, however, takes it as an open invitation for all of them to spend the night at the inn, but Yukiko does not stop them. When they arrive later, Yukiko, and Aika who has taken up a part time job at the end, welcomes them and takes them to their rooms.

Naoto tells Yu that she cannot find out anything about the sender of the "Stop helping people" letter, but she knows that it was personally delivered so the sender knows who they are. Later, Naoto worries that she is more focused on solving the case than she is worried about Yu's safety like the rest of his friends. Yu arrives at home just as a delivery truck leaves, and as he and Nanako have dinner, a news piece about a local politician's visit to Nanako's school airs, with a mention of a student who impressed him. When Nanako feels sick, Yu puts her to bed, and promises her that they will build snowmen together before he goes back home. A week later, Yu sees an unknown figure on the Midnight Channel, and asks everyone to watch it the next night. Nanako seems to want to give something to Yu, but her illness interrupts her plans to give it to him.

The Investigation Team stages a rescue of Nanako from Taro Namatame in the TV world.

The team grieves after the apparent death of Nanako, while Dojima storms off to Namatame's room to confront him, but is stopped because of his injuries. After hearing a crash from Namatame's room, the group enters to find the man, seemingly attempting to escape through a window. Namatame's Shadow then appears on the Midnight Channel on the room's TV, boasting that it will never cease its desire to "save" people. Enraged, and faced with the possibility of Namatame being released through lack of solid evidence, the team considers what to do, with Naoto suggesting that he would likely meet his doom if thrown in the TV. Yosuke and Kanji agree with this, while Chie, Yukiko, and Rise attempt to change their minds. Yu begins to drag a helpless Namatame toward the TV and begins to push him in, but then changes his mind, much to Yosuke's chagrin. Yu proclaims he is not convinced that they have the full story, and he only wants to know the full truth.

Teddie is in the Velvet Room where he reveals that he has discovered he is only a Shadow, but one that has acquired human emotions. He asks Yu to say goodbye to Nanako for him when he goes to Heaven, but Yu speaks to him and tells him Nanako is alive and well. At the Aiya diner, Naoto realizes the culprit must be someone close to them and thinks to bring it up to the group, but Yu plans on going to the hospital. Yosuke accompanies him, but first tells Yu that he is upset that he is both jealous and proud of how Yu has made friends, despite being from the city like him and getting his Persona. He then says the only way he will feel better is if they become equals if they had a fight, to let out all of their pent up emotions. At the diner, Naoto has just revealed her suspect to the others, and Yukiko remembers seeing him at the inn while Mayumi Yamano was staying there, and Chie determines that he would have also spoken to Saki Konishi.

Yu and his friends confront the true culprit behind the Midnight Channel events and uncover the truth behind the mysteries surrounding Inaba.