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Les tortues enquêtent sur une mystérieuse secte qui se réunit dans les égoûts. Tiger Claw a décidé de ressusciter Super Shredder.

Tiger Claw ordonne à Kavaxas de ramener Rahzar à la vie, ce qu’il parvient à faire. Il lui dit de reproduire ce prodige avec Shredder. Mais il lui manque un élément essentiel, le Kuro Kabuto.

Kavaxas a besoin du coeur de Shredder pour le ressusciter. C’est Don Vizioso qui s’en est emparé et qui le conserve dans une fiole. Les tortues et Tiger Claw vont tout faire pour le lui reprendre.

Shredder prend le pouvoir et détruit le sceau. Kavaxas est libre, il ouvre le portail du Royame des Ténèbres et les revenants déferlent sur Terre.

Un vaisseau se dirige vers la Terre. Le lieutenant Iguissg’ba et le commandant Gazéwroka ont reçu l’ordre de prendre en chasse un mercenaire en cavale, K’Vathrak, qui n’est autre que le Tritonateur.

Mikey a pris une décharge électrique fatale. Dregg débarque sur la planète avec son vaisseau, les Tortues tentent par tous les moyens de sauver le monde.

Les Tortues débarquent dans un monde féodal peuplé d’animaux anthropomorphes. Le seul moyen de retourner dans leur dimension est d’échapper à Maître Jei, un loup maléfique qui les a attirés là.

Après avoir échappé aux soldats de Sumo Kuma, les Tortues doivent affronter les Tanukis, des créatures versatiles, et Joroguma, la terrible femme-araignée.

Il reste quelques étapes aux Tortues, à Usagi et à Kintaro, avant de rallier le temple-palais du Bouddha Céleste. Mais prudence, l’emprise de Jei n’est jamais loin.

Maître Splinter réunit ses quatre fils, pas encore adolescents, et leur raconte en détail la genèse de leur histoire, et leurs débuts dans les rues hostiles de New York.

Une bombe de mutagène a ravagé la Terre. Dans ce futur post-apocalyptique, Raph et Donnie affrontent le Clan des Blaireaux Maraudeurs du Bitume et se lient d’amitié avec une petite suricate, Mira.

Dans un futur post-apocalyptique, Donnie le robot, Raph et Mira partent à la recherche du Grand Booyakasha qui peut déchiffrer la carte qui mène à Oasis.

Raph met le cap sur Oasis, poursuivi par Maximus Kong. Le combat s’engage.

Panique le soir d’Halloween : New York est envahi de vrais zombies, vampires et loups-garous. April et Casey sont contaminés.

Les tortues veulent tuer Dracula avant que Savanti ne s’en empare. Mais Raph est transformé en vampire et Savanti s’enfuit, emportant avec lui la momie, un loup-garou (le père d’Esméralda), Raph et Dracula.

Les tortues ninja partent en Allemagne en 1818 pour tenter d’arrêter Savanti Roméro, qui veut engager Frankenstein dans son armée. Ils échouent mais grace à Reinette les tortues retournent dans le futur pour une dernière tentative.

La ville de New York est envahie par des monstres en tous genres. Les Tortues, aidées de Reinette, tentent de déjouer le plan de Savanti Romero et de Dracula.

Les tortues pensent être parvenues à vaincre leurs anciens ennemis, mais elles vont vite s’apercevoir qu’un nouveau mal est à l’oeuvre.

A la recherche du Kuro Kabuto, Karai se prétend héritière légitime du Clan des Foot quand elle tombe nez à nez avec un vieux rival...

L'animosité de Donatello envers Don Vizioso met la mission des Tortues en péril...