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En 2011, des personnes dotés de pouvoirs psychokinétiques commencent à faire leurs apparitions, laissant mort et destruction derrière leurs passages. 1000 ans plus tard, les pouvoirs de la jeune Saki Watanabe s'éveille enfin. Dernière de ses camarades à s'être éveillée, elle les rejoint après avoir passer son rituel de passage. C'est alors que l'un d'eux se révèle avoir de plus faible pouvoirs que ses amis, et peu après, disparaît mystérieusement.

Saki et ses amis prennent part au tournoi traditionnel de balle par équipe où ils doivent contrôler de petites poupées à l'aide de leur pouvoir afin de placer une balle de marbre dans un trou dans un duel attaque/défense. Son équipe remporte les victoires successives pour enfin arrivé au match final. C'est alors que l'un des membres de l'équipe adverse enfreint les règles, terminant ainsi le duel sur un match nul. Après la compétition, l'élève ayant enfreint les règles n'est plus revu à l'école...

Durant leur colonie de vacances, nos amis se remémorent la légende d'un étrange animal connu sous le nom de "Pseudo Blanboeuf" (Minoshiro Modoki) qui apporte la mort à tous ceux se dressant sur son chemin. Désireux d'en apprendre d'avantage sur cet étrange animal, ils décident de se mettre en quête de l'un d'eux et de le capturer. Quelle ne fut pas leur surprise lorsque ce dernier commença à communiquer avec eux.

A la demande des enfants, le Pseudo-blanboeuf commence à leurs apprendre une tragique histoire datant de plus de mille ans avant le développement des pouvoirs psychokinetiques ainsi que certaines vérités sur leur société actuelle quand ils sont soudainement interrompus par un moine surgit de nul part. Ce dernier leur annonce qu'ils ont violer une règle essentielle et scelle leur pouvoir avant de les escorter jusqu'au temple afin qu'ils soient jugés.

La créature se suicide par explosion, tuant le moine par la même occasion. Sans défense face aux "Monstrats", nos amis prennent la fuite. Saki et Satoru finissent par se séparer du groupe et sont finalement capturés. Après s'être échappé de leur prison, les deux camarades sont secourus par Squealer, un Monstrat d'une autre tribu qui les amène auprès de sa reine. Le Monstrat leur demande alors de l'aide face à leurs rivaux qui menacent la survie de leur colonie. Saki et Satoru parviennent à cacher la vérité sur leur incapacité à utilisé leur pouvoir scellé et parviennent a profiter du chaos de l'invasion de la colonie pour s’enfuir.

Saki et Satoru semblent être pris au piège sans aucune chance de s'échapper. Saki en déduit qu'ils étaient tous hypnotisés à oublier leurs mantras, qui sont nécessaires pour utiliser leurs pouvoirs télépathiques. Elle utilise l'hypnose pour recouvrer ses pouvoirs en lui disant son mantra, qu'elle lui avait secrètement trompé dans leur enfance. Au lieu de fuir avec elle, Satoru décide de combattre les Rats Monster de la colonie de Ground Spider, aidé par Squealer et les survivants Robber Fly. Alors que le groupe survit à plusieurs embuscades ennemies, Satoru commence à montrer des signes de fatigue en surpassant ses capacités, mais malgré les protestations de Saki, il continue jusqu'à ce qu'ils rencontrent une armée massive de Monster Rats.

La colonie de Hornet géant arrive et anéantit les araignées terrestres. Satoru accepte d'accompagner Kiroumaru, le chef des Hornet géants, au nid des Araignées au sol, où ils sont attaqués par le commandant des Ground Spiders. Satoru soupçonne Kiroumaru d'avoir reçu l'ordre de le tuer, lui et Saki, et ils fuient à travers la forêt, guidés à travers un raccourci par Squealer. En arrivant à la rivière, ils sont réunis avec leurs amis. Alors qu'ils retournent en ville, ils rencontrent Kiroumaru, qui les aide en remorquant leurs canots derrière son navire. En partant, il demande qu'ils gardent son aide secrète, suggérant qu'il a peut-être défié les ordres de les tuer ou de les capturer. Saki restaure les pouvoirs télépathiques de Shun et propose d'aider les autres à restaurer les leurs.

Deux ans passent, et les enfants entrent dans l'adolescence. Saki trouve ses sentiments pour Shun non partagée quand il commence à sortir avec Satoru et qu'elle commence à sortir avec Maria. Peu de temps après, Shun se sépare de Satoru et commence à se distancer de tout le monde. Saki l'interroge sur la raison et apprend de lui que les adultes connaissent la vérité sur ce qui s'est passé il y a deux ans. Il l'avertit également de faire attention car le temps pour eux d'être punis pour leurs transgressions passées peut venir bientôt.

Shun cesse de venir à l'école, et ses amis du groupe 1 commencent à le chercher en secret. Saki et Satoru partent pour Pinewood, le village natal de Shun, pour ensuite le trouver isolé par les autorités et la maison de Shun détruite. Plus tard dans la nuit, Saki confronte ses parents à propos de ce qui est vraiment arrivé au village, mais on leur a interdit de lui dire la vérité. Peu après, Saki reçoit la visite de Maria, qui lui révèle qu'elle et Mamoru apprennent que plusieurs chats impurs (猫 浄 猫 fujō neko), utilisés pour éliminer les enfants gênants, sont maintenus à l'école, et que deux sont libérés pour traquer Shun. Saki s'enfuit pour l'avertir juste pour rencontrer l'un des chats impurs.

Protégée par un charme qu'elle a reçu de Shun, Saki parvient à vaincre le chat impur avant de le rencontrer. Shun lui révèle que tout son village a été détruit parce que ses pouvoirs sont devenus incontrôlables. Elle apprend également de lui que l'altération radicale de la faune et de la flore mondiale observée au cours des 1000 dernières années était due à l'énergie résiduelle qui provient des humains dont les pouvoirs ne sont pas totalement contrôlés. le refuge où il est gardé est bizarrement déformé et son animal de compagnie bulldog Subaru a muté dans une forme monstrueuse par la fuite de ses pouvoirs. Subaru est tué en protégeant Shun de l'autre chat impur, qui a été envoyé pour le tuer, et Shun le tue par la suite. Avec peu de temps avant qu'il ne soit tué par son propre pouvoir incontrôlé, Shun révèle à Saki qu'il l'a toujours aimée avant de la faire fuir vers la sécurité.

Dans le cadre de leur scolarité, chaque élève sera jumelé avec un partenaire du sexe opposé pour poursuivre sa formation. Le camarade de classe de Saki Ryou est intéressé à s'associer avec elle, mais comme Saki se rend compte qu'il n'est pas ce qu'elle croyait être, elle le rejette et s'associe avec Satoru à la place. Tout en parlant à leurs amis, Saki se rend compte que leurs souvenirs ont été modifiés afin qu'ils reconnaissent Ryou comme un membre régulier du groupe depuis l'enfance au lieu de Shun, dont ils n'arrivent pas à se souvenir. Mamoru se souvient de Reiko, qui a disparu peu de temps après que Saki a rejoint l'école, mais ne peut pas non plus se souvenir de son nom. Saki trouve un miroir dans une vieille caisse qui, une fois polie, révèle le nom Yoshimi.

Saki rencontre Asahina Tomiko, la présidente du comité d'éthique. Elle commence à lui raconter l'autre facette de l'histoire de la ville.

Quand Mamoru s'enfuit, ses amis font comme tout bon ami : ils tentent de le retrouver. Mais en cherchant, ils découvrent vite qu'ils ne sont pas les seuls à le traquer.

Saki et Satoru sont de retour au village, mais à son arrivée, Saki est conduite à une réunion avec le comité d'éducation. Son sort est désormais entre les mains des adultes qui connaissent tous ses secrets.

En cherchant Maria et Mamoru, Saki et Satoru rencontrent leur vieil ami Brille-Babil. Il les invite à la nouvelle colonie de Mouche Voleuse où les choses ont bien changé, mais où est la Reine ?

Maria est partie ; elle a laissé à Saki une lettre expliquant sa décision. Saki est confrontée à de terribles difficultés : la disparition de ses amis, la possibilité que sa mémoire soit à nouveau effacée, et les rats monstrueux pourraient finalement ne pas être du côté des dieux !

De nombreuses années ont passé ; Saki et Satoru ont grandi et ont évolué chacun de leur côté. Mais de récentes actions au sein de la communauté des rats monstrueux les ont réunis.

De nombreux événements agissent comme catalyseurs dans une guerre imminente.

À la recherche de survivants à l'hôpital, Saki et le groupe qu'elle et Satoru ont rejoint découvrent le secret de Yakomaru.

Quelqu'un ou quelque chose suit Saki et Satoru alors qu'ils descendent la rivière en discutant de ce qui s'est passé.

Tandis que Niimi reste sur place pour exécuter le dernier ordre de Tomiko, Saki et Sataru se dirigent vers le Temple de la Purification. Une fois sur place, ils découvrent la véritable ampleur du plan de Yakomaru.

Saki reçoit un cadeau de sa mère, suivi d'une dernière demande.

Kiroumaru a suggéré qu'ils se séparent pour distraire leurs poursuivants, mais ses intentions sont-elles nobles ?

Les choses deviennent de plus en plus compliquées après qu'Inui ait fait face au destin ultime! Kiroumaru est soupçonné d'être un traître et Saki a des doutes quant à l'idée de tuer l'ogre.

Après que tous les comptes ont été réglés, dix ans s'écoulent. Saki et Satoru espèrent un monde meilleur.