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Eikichi Onizuka (AKIRA), professeur de lycée, est envoyé dans son ancienne école, Shounan, qui a été rachetée par l'Académie Meishuu. Il retrouve son ancien professeur Fuji, et apprécie son ancienne école, mais la directrice Sakurai lui dit qu'elle veut qu'il se déchaîne. Il semble que ses mots aient une signification particulière...

Taichi Usami, élève de la classe 2-A, a été diagnostiqué comme souffrant de TDAH. Son père décide de le transférer dans une école dotée d'un programme de soutien aux élèves handicapés, contre l'avis de sa mère. L'école dispose d'un dortoir et Taichi devra vivre loin de sa famille. Onizuka s'y oppose, mais Taichi, choqué, commence à attaquer ses camarades de classe, et son père devient encore plus déterminé à le transférer.

Satsuki Yurihara, de la classe 2-A, rencontre sur la plage un jeune homme séduisant, Nori, et tombe amoureuse. Elle rompt immédiatement avec son petit ami Tokuyama, un camarade de classe, et c'est à Onizuka qu'il revient de le calmer.

Kiritani était l'as de l'équipe de basket-ball, comme Serizawa, mais il a soudain décidé de quitter l'équipe et de fréquenter un groupe de voyous. Il ne s'entend plus avec ses anciens camarades de classe. Onizuka parle à son père pour savoir pourquoi, mais il apprend que Kiritani a été arrêté.

Le festival de théâtre, où les classes s'affrontent pour présenter la meilleure pièce, approche. Honami lui raconte ce qui s'est passé l'année dernière, et il apprend que Tsugumi et Nozomi, du club de théâtre, ont pris la tête de la classe ces dernières années. Lorsque Tomomi et Kanako découvrent des photos d'elles qui ont été tirées avec un fusil à air comprimé, elles accusent Numajiri, qui aime l'armée, et détruisent son fusil à air comprimé par une ruse cruelle. Numajiri décide de se venger.

Les vidéos d'une mystérieuse chanteuse sont de plus en plus populaires. La classe s'enthousiasme lorsqu'elle se rend compte qu'il s'agit de sa camarade Hiiragi. Hiiragi est l'aînée d'une fratrie de quatre enfants qui ont perdu leur père à un jeune âge. Elle s'occupe des enfants pendant que sa mère travaille. Elle tente de passer une audition pour devenir chanteuse professionnelle, mais sa mère s'y oppose.

La classe commence à tourner autour d'Onizuka et Honami est contrariée de ne pas se rapprocher des élèves. Elle trouve Kazuki assis au bord de la plage, et lorsqu'elle lui parle, il lui apprend que sa petite amie Ayuna est enceinte.

Serizawa, l'as du basket-ball, se rend chez le médecin pour un méchant mal de tête et découvre qu'il souffre d'un hématome sous-dural chronique. On lui dit qu'il s'en sortira s'il fait attention, mais au lieu de cela, il se précipite pour retourner jouer au basket.

Onizuka se rend compte que Meiri agit bizarrement et demande à Honami pourquoi elle ne vient jamais en classe. Il y a un an, elle a eu une relation amoureuse avec son ancien professeur. Elle a été violemment malmenée à cause de cet incident et a cessé de venir en classe.

Le directeur Sakurai emmène Ayuna à l'hôpital pour des douleurs d'estomac. Elle a caché à tout le monde, y compris à son petit ami, qu'elle est toujours enceinte. Pendant ce temps, Honami apprend que son frère, Sawamura, était le meilleur ami d'Onizuka il y a 10 ans, avant qu'il ne meure.

Ayuna décide d'avoir un enfant, et Onizuka et Honami décident de la soutenir. Mais Oomae dit que si elle a le bébé, cela nuira à la réputation de l'école et menace de l'expulser. Ayuna répond qu'elle protégera la vie qu'elle porte jusqu'au bout et qu'elle quittera l'école pour élever l'enfant. Lorsque le directeur Sakurai entend cela, il a une idée...