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Au début du 21ème siècle, la montée des eaux repousse l'humanité à l'intérieur des terres. Alors que l'homme aurait pu se déployer sur les mers plus vastes que jamais, une mystérieuse flotte, la flotte de la Brume, fait son apparition et empêche quiconque de s'aventurer sur l'océan. Très vite, la Brume empêche les continents de communiquer entre eux en détruisant tous les moyens de communication. Les armes humaines sont inefficaces contre cette menace. La seule chance de l'humanité est un navire de la flotte de la Brume passé du côté des humains, l'I-401, et son commandant, le jeune Gunzô Chihaya.

Gunzô et son équipage cherchent à rejoindre le port de Yokosuka. Mais le croiseur lourd Takao se dresse en travers de leur route. Impossible d'atteindre le port sans se battre ou sans devoir tenter de le semer. La tempête qui fait rage au-dessus d'eux devrait les camoufler, mais tout ne se passe pas comme prévu. Takao semble avoir plus d'un tour dans son sac.

Le 401 rentre à Yokosuka, la ville natale de Gunzô. Malgré son indépendance, le sous-marin a toujours besoin de se ravitailler. Mais alors que la procédure de maintenance se déroule normalement, l'armée de terre investit la base de la marine et invite l'équipage du 401 a un dîner inattendu.

Le retour au bercail de l'équipage du 401 est de courte durée. À peine posent-ils pied à terre que deux cuirassés de la flotte de la Brume, Haruna et Kirishima, lancent un assaut sur la ville de Yokosuka. Hors de question de les laisser faire, mais les forces humaines sont bien incapables d'entraver leur progression. C'est encore une fois au 401 de tenter le tout pour le tout alors que les chances sont contre lui !

Haruna et Kirishima ont survécu à leur défaite contre l'équipage de Gunzô, mais elles ne sont pas encore en état de retrouver la mer et le reste de la flotte de la Brume. Elles se retrouvent actuellement dans une résidence étrangement vide, habitée uniquement par la petite Makie et ses femmes de chambre. Pourquoi cette petite fille vit-elle seule ? Haruna et Kirishima ne vont pas tarder à le comprendre.

L'humanité a développé une torpille capable de contrer la Brume. Mais le génie derrière cette nouvelle arme, Makie, est désormais en contact avec Haruna et Kirishima, les deux cuirassés défaits par Gunzô. Plutôt que de voir leurs secrets tomber aux mains de l'ennemi, l'armée décide d'éliminer la petite fille...

Après une série de combats éprouvants contre certains des navires les plus puissants de la Brume, le 401 et son équipage vont profiter d'un repos bien mérité dans leur base d'Iwo Jima. Mais une surprise les attend à leur arrivée au dock. Quelqu'un s'est invité en leur absence...

Kongô a décidé de prendre les choses en main. Elle emmène Maya et une partie de sa flotte à l'assaut de la base de Gunzô sur l'île d'Iwo Jima. Toutefois, plutôt que de se lancer tête baissée dans la bataille, Gunzô garde espoir que les humains et la Brume puissent un jour se comprendre. Il invite donc Kongô à discuter sur la terre ferme. C'est ainsi l'occasion pour lui d'en apprendre plus sur la nature de la Brume.

Le dialogue avec Kongô n'a pas porté les fruits espérés par Gunzô et l'affrontement semble inévitable. Alors que le port d'attache d'Iona est cerné par la flotte de la Brume, les différents navires encore capables de se battre vont se serrer les coudes pour faire face au terrible navire amiral et à la joyeuse Maya. Gunzô et son équipage vont-ils pouvoir sauvegarder le dernier espoir de l'humanité ?

Alors qu'il avait brillamment échappé à Kongô grâce aux talents de stratège de Gunzô et les ressources cachées d'Iona, le sous-marin est pris en embuscade par deux autres membres de la Brume : 400 et 402. Iona est à bout de forces, incapable de réparer ou de rejoindre le reste de leur groupe. Leur seul espoir est que Takao et l'équipage du Blue Steel les retrouvent avant qu'il soit trop tard.

Après le terrible coup porté à Iona par 400 et 402, deux autres sous-marins de la Brume, Takao s'est sacrifiée pour remettre le 401 en état. Le navire de Gunzô peut alors reprendre sa course vers le continent américain. Mais les deux "sœurs" d'Iona ne sont pas du genre à laisser une proie leur filer entre les doigts. Elles se lancent donc à la poursuite du Blue Steel qui n'a plus d'autre choix que de leur faire face. L'équipage de Gunzô fera-t-il le poids maintenant que le conflit est direct ?

Kongô a décidé de mettre un terme à ce qu'elle appelle les "anomalies". Dévastant tout sur son passage, elle est bien décidée à anéantir Iona et les autres membres renégats de la Brume. Malgré les assauts déchaînés de Kongô, Iona ne peut se résigner à l'abandonner. Elle sait qu'elle peut la sauver et se résout à partir seule l'affronter. De cette rencontre dépend le sort du monde et de l'humanité.