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À Houston, une infirmière est abattue par un homme non identifié sur le parking de l'hôpital où elle travaille. Sept ans plus tard, une mystérieuse météorite s'écrase dans le désert du Nouveau Mexique. L'impact produit une onde de choc qui tue sur le coup 5 personnes : Vera , Erin, Peter, Raul et Joshua. Tous les cinq se réveillent avec des pouvoirs surnaturels : Raul peut lire dans les pensées, Erin a un pouvoir de guérison, Peter dispose d'une force surhumaine et Joshua reçoit des visions et comprend que l'Apocalypse est proche. Seule Vera ne connaît pas encore son pouvoir. Un homme inquiétant sort de la météorite et se rend chez Vera pour lui annoncer qu'il sait où est son fils.

Face à Rose, Vera ne réussit pas à la tuer malgré les efforts du Diable pour la pousser à agir. C'est à ce moment précis que Rose sort du coma. Erin et sa fille Amy ont déposé Raul, qui est blessé, à l'hôpital. L'infirmière, devant signaler toute blessure par balle, souhaite connaître leurs identités. Alors qu'Erin tente de partir en douce, Raul se réveille et l'en empêche. S'ensuit une chute dans laquelle Erin guérit la blessure de Raul et découvre son pouvoir. Tous trois s'enfuient alors pour échapper aux policiers et vont dans la chapelle de l'hôpital où ils y retrouvent Joshua, Peter, Rose et Vera. Rose leur annonce qu'ils sont les anges de l'Apocalypse « les Messagers » et qu'ils disposent de pouvoirs pour les aider dans leur mission commune : arrêter le Diable et empêcher l'Apocalypse !

Les six messagers apprennent qu'ils doivent retrouver les cavaliers de l'Apocalypse. Raul veut essayer de sauver son frère Cesar des mains d'El Jefe. Vera et Alan, qui se sont faits renvoyer, cherchent à avoir accès à un laboratoire pour analyser la pierre qu'ils ont récupérée mais elle est volée par un étrange homme barbu. Quand Vera se lance à sa poursuite, elle découvre son pouvoir : le voyage astral. Rose et Erin tentent de découvrir qui est le premier cavalier. D'après les visions de Joshua, deux personnes pourraient être le cavalier de la guerre : la Sénatrice Richards ou le Premier ministre Afghan. Le Diable aussi semble à la recherche du cavalier et tous les moyens sont bons pour leur mettre des bâtons dans les roues.

En prison, Peter reçoit la visite du diable qui se fait passer pour son avocat et tente de le pousser au suicide. Joshua a une nouvelle vision où il voit entre autre sa propre mort. Il rend visite à sa sœur qu'il n'a pas revue depuis de nombreuses années et lui demande de l'aide. Alan retrouve Vera et lui demande des explications sur ses nouveaux amis. Elle lui demande de ne pas poser de question et de l'aider à retrouver la personne qui a volé la pierre grâce à sa plaque d'immatriculation. Grâce à son don, elle découvre que le Premier ministre afghan, Nazari, est venu au sommet sur le climat dans le but de promouvoir la paix.

Erin emmène sa fille Amy à la bibliothèque pour fêter ses 7 ans et poursuivre en même temps ses recherches sur l'Apocalypse. Les messagers doivent trouver le cavalier suivant mais Joshua est privé de visions depuis une semaine. Raul le conduit dans le désert où il connait un shaman indien qui peut les aider. Peter revoit Eliza, une vieille dame qu'il a déjà rencontrée auparavant. Elle lui suggère de suivre les signes. Il veut la présenter à Erin mais Eliza a déjà disparu. L'ex-mari d'Erin profite de ces quelques secondes d'inattention pour enlever Amy. Erin demande au conteur de la bibliothèque de l'aider mais elle ignore qu'il s'agit du diable.

Les anges ont découvert un compte à rebours lancé par le groupe de hackers nommé Abaddon. Ils pensent qu'il est lié d'une façon ou d'une autre au cavalier suivant. Ils rencontrent Koa, un ange de l'Apocalypse. Koa est une arnaqueuse professionnelle qui recherche le responsable du piratage de son compte en banque. Si elle coopère avec le groupe, c'est uniquement pour se servir d'eux et atteindre son objectif.

Koa part de son côté à la recherche de Leland Schiller, le second cavalier. Elle tente de se faire passer pour sa mère pour le convaincre de rendre l'argent détourné mais il la démasque et la capture. Vera présente Alan aux Messagers. Ces derniers ne sont pas ravis de sa présence mais Vera sait qu'il leur sera d'une très grande utilité. Peter découvre, avec l'aide de Nadia, l'entrepôt où pourrait se cacher Leland. Rose découvre que ce dernier compte s'attaquer à tous les hôpitaux appartenant à la compagnie d'assurance Nero Health, celle-ci ayant participé au décès de sa mère en ne couvrant pas ses frais d'hospitalisation. Charlotte retrouve Joshua et lui demande son aide pour échapper à son beau-père et père de son enfant, qui la bat.

Les messagers ont célébré l'arrestation de Leland. Au réveil, ils ressentent « l'onde » leur indiquant que le second sceau a été brisé et s'aperçoivent que Leland a réussi à lancer une attaque chimique au siège de Nero Health, faisant de nombreuses victimes. Vera veut agir, mais tous les autres Messagers sont résignés à passer à autre chose. Raoul a appelé Gabriela afin qu'elle s'occupe de Naida, sa fille. Peter et Koa se rendent à l'adresse mentionnée sur le certificat de naissance du jeune homme, à la recherche de sa mère. Ils arrivent dans un ancien asile psychiatrique et apprennent tout de son histoire par le gardien. Vera révèle à Léo, son ancien petit ami, qu'il est le père de Michael et qu'il a disparu.

Pendant que Vera, Raul, Koa et Joshua sont partis chercher le dîner, Peter Erin et Nadia reçoivent la visite d'Eliza, une ancienne messagère qui cherche à les aider. Entre temps, le diable apparaît aux autres membres et les retient prisonniers. Il leur révèle que Rose n'est pas une messagère et qu'elle se sert d'eux depuis le début. Refusant de le croire et pensant que Rose est en danger, Joshua réussit à s'échapper pour aller la secourir. Mais il semblerait que le diable ait dit vrai cette fois-ci. Et les messagers risquent de payer cher le prix de leur confiance aveugle envers Rose.

Après avoir été ramené à la vie par le diable, Joshua reprend les choses en main. Les messagers partent en Californie pour arrêter le prochain cavalier qui semble être l'un des deux frères Plowman. Joshua tente de garder le groupe soudé mais certains évènements les poussent à se séparer. Vera trouve un indice qui peut la mener à son fils. Erin, Peter et Raul trouvent une ferme correspondant étrangement à celle décrite lors de la vision de Joshua. Les propriétaires sont sur le point de la vendre aux Plowman à cause de la sécheresse. Raul remarque que leur ouvrier empoisonne l'eau destinée à l'irrigation. Pendant ce temps, Vera et Alan trouvent la maison dans laquelle vivait Mickael mais malheureusement, la maison est vide et la famille semble être partie précipitamment.

Vera et Alan sont détenus par la sénatrice Richards dans une ancienne centrale électrique où l'équipe de scientifiques travaillent sur le projet Genesis. Jusqu'à présent, chaque tentative s'est soldée par un échec. Mais quand Vera se voit contrainte de s'y atteler, les résultats sont positifs. De leur côté, les messagers tentent d'en apprendre plus sur les frères Plowman. Erin réussit à se faire passer pour une journaliste et à obtenir une interview avec Mark Plowman. Celui-ci lui apprend qu'il existe une certaine rivalité entre lui et son frère Vincent n'est pas du genre à s'encombrer de bons sentiments quand il s'agit d'argent. Erin, Raul et Joshua en viennent donc à croire que c'est Vincent le quatrième cavalier. Mais le travail de sape de Rose a été efficace. Quand les deux frères commencent à se déchirer, les conséquences s'avèrent dramatiques car le quatrième cavalier prend tout le monde par surprise.

Une vision de Joshua met l'équipe sur la piste d'un nouveau messager : un journaliste africain du nom de Zahir, qui enquêtait sur les frères Plowman et leurs essais de « pluie enrichie » qui ont détruit son village. Joshua se rend sur la tombe d'un précédent messager, où il retrouve Eliza, qui lui explique qu'ils devront tuer l'antéchrist. Les autres tentent de libérer Zahir du complexe gouvernemental secret où il est enfermé. Ils parviennent à s'échapper, notamment grâce au pouvoir du nouveau venu qui possède « le contrôle de l'électricité ». Le diable essaie de faire parler Eliza, afin d'en apprendre plus sur l'antéchrist. Comme elle refuse de coopérer, il la fait assassiner par le couple Fairburn, les parents adoptifs de Mickael.

L'heure de la confrontation finale est arrivée entre les sept anges et les quatre cavaliers de l'apocalypse. Une vision de Joshua conduit les messagers à l'aéroport, où le diable donne à Véra une inquiétante nouvelle à propos de son fils Mickael. Une fois sur le site de lancement des drones, les messagers sont capturés par le cavalier de la guerre et ses hommes. Alors que les cavaliers s'apprêtent à briser le cinquième sceau, les messagers décident de se sacrifier pour les arrêter. Ils sont tous abattus mais Dieu intervient pour transformer la pluie maléfique en pluie miraculeuse, qui détruit les cavaliers et ressuscite les messagers. Alors que tous envisagent sereinement leur nouvelle vie, Joshua sent que leur mission n'est pas terminée. Véra lui avoue que le diable lui a dit que Mickael, son fils, est un archange. D'après Joshua, leur rôle serait à présent de le protéger contre l'antéchrist, qu'il soupçonne d'être Amy.