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Agent de la CIA, Charleston Whitney Tucker, dite Charlie, a été choisie par Constance Payton, première présidente noire des Etats-Unis, pour devenir sa conseillère spéciale. Charleston est chargée de prévenir les attaques sur le sol américain et de cibler avec précision les menaces les plus critiques...

Charleston et son équipe livrent une véritable guerre des nerfs aux Russes pour s'approprier un sous-marin contenant des documents ultra-secrets. Constance Payton nomme un nouveau directeur à la tête de la CIA...

Charlie est confrontée à une mission à haut risque lorsque 21 jeunes filles originaires du Niger sont kidnappées par un groupe islamiste armé. Elle doit notamment faire en sorte de préserver les intérêts américains, tout en organisant la libération des jeunes filles...

Une épidémie de variole se répand au Panama. Charleston, en charge de ce dossier épineux qui touche l'opinion publique, met tout en oeuvre pour empêcher la propagation du virus. Une épidémie sur le territoire américain déclencherait en effet une véritable catastrophe sanitaire, difficile à enrayer...

Constance Payton demande des comptes à Nick Vera dans le dossier sensible de l'attaque d'un convoi. Cependant, Charlie se remémore l'événement. Les détails les plus insignifiants a priori semblent peu à peu prendre une grande importance pour le déroulement des investigations...

La Présidente Payton se rend au Qatar pour rencontrer le premier ministre afin de discuter des bases militaires allouées aux américains. La visite officielle est compliquée par la présence à l'ambassade américaine d'une personne se faisant passé pour un agent de la CIA. Lucas, Dash et Kurt, de leur côté, recherchent toujours Al Moosari, suspecté d'être en lien direct avec Omar Fatah. Pendant ce temps, Nick est interrogé avec violence par un homme masqué. Charlie prend des mesures désespérées et dangereuses pour se souvenir des événements...

L'effroi s'empare des autorités américaines lorsque 65 photographies représentant des monuments emblématiques du pays, toutes agrémentées du symbole d'Ar Rissalah, font surface. Cependant, un étudiant, qui profère des menaces à l'encontre des Etats-Unis, parvient à pénétrer dans le bureau ovale de la Maison Blanche. Un événement qui remet en question la sécurité de la présidence. De son côté, Charlie se trouve au Yémen, où elle tente désespérément de trouver son contact...

Jack Dawkins est kidnappé par les FARC - les forces révolutionnaires de Colombie - dans sa prison au Panama. Ils réclament une rançon pour sa libération et la Présidente est prête à tout pour le sauver. L'équipe s'emploi à déterminer où il se trouve. Constance et Marshall discutent de l'opportunité d'utiliser cet événement à des fins politiques. De son côté, Charlie revient à Langley pour coordonner l'opération Bellerophon. Quant à Maureen, elle éprouve des difficultés à assumer son nouveau rôle auprès de la Présidente Payton. Au Moyen-Orient, Nick et Al Moosari sont sur le point de rencontrer Fatah, mais ils doivent affronter un certain nombre d'épreuves avant d'y parvenir...

Alors que Raymond Navaro, le directeur de la CIA, est la cible d'un projet d'attentat terroriste, Charlie et les membres de son équipe tentent de prouver l'implication de Stacy Dover, une étudiante, dans la cellule terroriste Ar Rissalah...

La présidente Payton est de plus en plus critiquée sur sa gestion du terrorisme après l'attentat suicide commis par Stacy Dover. Charlie essaie tant bien que mal d'interroger les étudiants suspectés d'appartenir à la cellule terroriste pour savoir si d'autres bombes sont cachées mais aucun ne veut parler.

Les étudiants suspectés de terrorisme sont transférés dans une prison; durant le voyage, ils parviennent à se libérer et provoquent l'accident du car dans lequel ils se trouvaient. Six suspects sur sept trouvent la mort. C'est une course poursuite pour retrouver le seul survivant.

Au QG à Langley, Charlie et toute son équipe sont sur le qui-vive, Nick les a informé qu'il est avec Omar Fatah et Sheik Hakam; une opération commando est donc programmée pour tuer les deux terroristes tout en essayant de sauver Nick mais une terrible tempête se prépare à toucher les Philippines et pourrait compromettre l'opération...

Charlie, qui a démissionnée et qui se trouve en Afghanistan, contacte Maureen pour lui dire que Sheik Hakam était une invention d'Omar Fatah pour tromper les américains. A Washington, un nouvel attentat a lieu dans un centre commercial et la présidente Payton se retrouve en mauvaise posture...