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Au XVIe siècle, les Médicis, maîtres incontestés de la Toscane, influencent toutes les cours d'Europe, grâce à une habile politique matrimoniale. Tandis que Catherine de Médicis épouse le futur roi de France Henri II, Cosme Ier devient duc de Florence en 1537. La puissance du clan est à son zénith. Mais ses membres, assoiffés de pouvoir, se perdent en querelles impitoyables. La crypte de l'église San Lorenzo accueille quarante-neuf de leurs tombes, dont plusieurs anonymes. Qui sont ces Médicis tombés dans l'oubli ou que l'on a voulu effacer de l'histoire familiale ?

Le duc François Ier règne désormais d'une main de fer sur Florence. En 1578, Jeanne d'Autriche, qu'il a épousée à contrecœur pour sceller l'alliance des Médicis et des Habsbourg, meurt en couches. Il brave le scandale et se marie avec sa maîtresse, la Vénitienne Bianca Cappello. En 1587, tous deux décèdent à quelques heures d'intervalle et l'ambitieux Ferdinand devient grand-duc de Toscane. Les rapports d'autopsie évoquent la malaria. Mais il peut s'agir d'un empoisonnement. Pour résoudre l'énigme, les chercheurs suivent deux pistes : l'analyse toxicologique des poils de barbe retrouvés dans le sarcophage de François, et la recherche du corps de Bianca, introuvable depuis plus de quatre siècles.