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La Cérémonie qui s'apprête à unir Flynn Carson et Eve Baird pour l'éternité se déroule sans encombre lorsqu'une alarme les informe qu'une des pierres angulaires de la Grande Bibliothèque d'Alexandrie a été volée.

Un ami de Stone est victime d'un mauvais coup du sort qui le conduit à l'hôpital, tandis que les Bibliothécaires enquêtent sur un casino et un champ de course qui portent malheur à ceux qui y jouent.

Eve Baird et Flynn Carson partent en vacances avec Jenkins. Ezekiel en profite pour faire venir sa mère Lenore, dans la bibliothèque. Voleuse impénitente, Lenore dérobe le Globe Lumineux et l'emporte en Australie, obligeant les bibliothécaires à emprunter le traîneau du Père Noël pour aller le récupérer. Ils vont trouver sur leur chemin un redoutable adversaire, le saint patron des voleurs, ennemi juré du père Noël et déterminé à détruire le traîneau.

Lors de la projection du film «Qui a perdu, cherché et retrouvé» dans le cadre d'une rétrospective d'un certain James Desmond Wheeler, Flynn et Baird se retrouvent prisonniers d'un film noir que Baird connaît par coeur, dans les rôles du détective privé Mac Doyle et de son assistante Kitty Dupree. Ils tentent de rejouer le film, espérant retrouver le monde réel. Dans l'histoire, les deux héros sont chargés par une certaine Madeline Kincaid de retrouver un bien que le gangster Tony Shazzola lui a subtilisé. Baird explique à Flynn qu'il s'agit d'un collier de rubis. Mais une fois le dénouement arrivé, Flynn et Baird reviennent au point de départ.

Les habitants d'une petite ville deviennent très âgés du jour au lendemain. L'équipe de Flynn Carson vient mener l'enquête et rencontre sur place un autre bibliothécaire flamboyant venu du siècle dernier, Darrington Dare. Leur ennemi commun est un puissant magicien qui est fermement décidé à détruire la bibliothèque

Baird retrouve Nicole Noone et tente de la convaincre de revenir à la Bibliothèque. Nicole, elle, cherche à empêcher les hommes d’un dénommé Pavel de piller ses tombes dans lesquelles elle a caché des objets menant à l’aiguille de Kochtcheï l’Immortel, arme qui a le pouvoir de tuer un immortel. Mais elle arrive trop tard : ses adversaires ont déjà en leur possession la clé qui mène au précieux objet.

Dépitée par le départ de Flynn, Baird décide de s’investir dans une mission pour oublier et entraîne les Bibliothécaires restants dans un camp pour renforcer la cohésion d’équipe que leur a indiqué la Gazette. Cassandra qui n’a jamais fait de camp d’été quand elle était enfant, est ravie et décide de jouer des tours à Ezekiel. Arrivés sur place, l’équipe apprend que des disparitions inexpliquées se sont produites dans le camp. Baird repère une équipe rivale qui lui semble étrange et pénètre dans leur bungalow pour en apprendre plus.

Très choquée après avoir frôlé la mort, Cassandra décide de vivre une vie normale et sans danger. Elle part en congé à Havenport, une ville idéale où aucun accident ne se produit jamais. Le jeune Freddy la met en garde sur certains phénomènes anormaux, mais Cassandra préfère ignorer cette mise en garde pour profiter de sa nouvelle vie. Jusqu’au jour où l’apparente tranquillité de Havenport commence à se fissurer..

Nos héros sont envoyés dans la ville de Discorde. Ils découvrent que la ville a été rebaptisée suite à une rivalité célèbre entre deux frères. Leur mère avait brisé un médaillon contenant leurs photographies. Une partie du médaillon avait été perdue mais vient d’être retrouvée. Les Bibliothécaires ne parviennent pas à voler les médaillons à temps. Lorsque les deux moitiés du médaillon sont recollées, les fantômes des deux frères ennemis et leurs soldats apparaissent et prennent possession des habitants. Baird parvient à briser le bijou et tout revient à la normale.

Jenkins se réveille un matin dans la peau de Jeff, presque trentenaire qui vit encore chez sa mère. Cherchant à comprendre ce qui lui arrive, il découvre que Jeff avait une fascination particulière pour lui et que ses amis ont donné à leurs personnages de jeu le nom des Bibliothécaires. Pendant ce temps, Jeff, qui a revêtu l’apparence de Jenkins, a pris sa place dans la Bibliothèque ; son comportement ne manque pas d’intriguer les Bibliothécaires...

La Bibliothèque est sur le point de se détacher du monde réel. Elle prend les traits de Jenkins et soumet les trois Bibliothécaires à une épreuve dans laquelle ils sont confrontés à leur pire cauchemar. Eve Baird assiste impuissante à un combat mortel entre ses trois protégés, mais une ruse lui permet de mettre fin à l’épreuve et de faire revenir Jenkins dans son propre corps. Alors que les Bibliothécaires se croient de nouveau à l’abri, une terrible vengeance vient s’exercer contre eux, brisant la confiance qui les unit.

Baird se retrouve dans un monde grisâtre contrôlé par un organisme appelé la Compagnie où les rêves et les idées sont interdits, et où la nourriture est sans saveur et les couleurs inexistantes. Au travers d’un écran de télévision, Flynn parvient à lui faire parvenir un message enregistré. Nicole l’a kidnappé et veut anéantir la Bibliothèque. Pour sauver le monde tel qu’ils le connaissent, Baird doit à tout prix garder la Bibliothèque en mémoire, seul moyen d’assurer sa survie.