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Lucious, qui est maintenant un fugitif recherché, essaie d'échapper au gouvernement fédéral. Cookie reste occupée en se concentrant sur sa marque en dehors d'Empire, qui comprend désormais un talk-show et un centre communautaire. Andre, actuellement assis sur le trône d'Empire, est confronté à plusieurs personnes qui souhaitent désormais faire partie de la société et Hakeem se concentre sur le rôle principal du premier film d'Empire. Pendant ce temps, Becky et Giselle cherchent leur premier artiste pour leur label Bossy Media.

Pendant que Lucious est toujours en fuite, Cookie confronte Damon pour expliquer pourquoi il lui a menti. Andre, qui a lui-même subi un traumatisme personnel, est soudainement obligé de faire face à une complication familiale imprévue. Pendant ce temps, Becky et Giselle tentent d'obtenir leur pouvoir qu'elles ont besoin pour leur premier artiste de Bossy Media et Tiana tente d'aider Devon à trouver son son.

Alors que le plan de Lucious de fuir le gouvernement fédéral ne se déroule pas comme prévu, Cookie se retrouve dans une situation dangereuse avec Damon. Andre est hanté par un fantôme de son passé qu'il ne semble pas pouvoir ébranler et Tiana reçoit une réaction innatendue de la part de ses fans, au sujet d'un post publié sur les médias sociaux. Pendant ce temps, Becky enregistre son nouvel artiste, et est surprise par la visite inattendue d'un membre de la famille.

Une heureuse occasion familiale rassemble la famille Lyon, mais il devient évident que personne ne semble vouloir se regarder dans les yeux. Lucious, mécontent des progrès d'Empire et du film, entre en action et se confronte à des démons de son passé. Pendant ce temps, Cookie atteint un point de rupture et envisage de demander de l'aide. Quant à Andre, il encourage Tiana à dissiper la controverse qu'elle a créée pour la société.

Lucious, toujours obsédé par son passé, tente de réparer ses torts avec un vieil ami. Cookie se bat pour prendre le contrôle de la maison, mettant toute la famille au milieu, alors qu'Andre et Lucious se disputent un concours pour déterminer la direction que devrait prendre Empire. Pendant ce temps, Becky et Giselle sont en désaccord sur l’avenir de la musique de Bossy.

Candace et Carol emmènent Cookie lors d’un voyage entre filles à Miami pour s’amuser et essayer de lui faire oublier Lucious. Après une visite troublante avec Leah, Lucious fait face à une réflexion intérieure. Pendant ce temps, Andre prend une décision audacieuse à propos du prochain album de Treasure et Giselle va voir Tiana dans le dos de Becky pour trouver un nouveau public.

Après avoir réalisé que la musique était son véritable premier amour, Cookie entreprend des démarches pour revenir dans le monde de la musique et propose d'organiser un événement pour faire connaître Bossy Media. Au même moment, Lucious tente de reprendre le contrôle de Empire en tentant de saboter la vision d’André pour la société. Quant à Hakeem, il se sent également menacé par les liens étroits que DeVon entretient avec Prince et Bella.

De retour dans la musique, Cookie découvre un artiste au talent brut que Lucious a renvoyé il y a des années. Pendant ce temps, Lucious passe une journée en ville avec Yana et est surpris de découvrir qu’ils ont beaucoup plus en commun qu’il ne le pensait. De plus, André met tout en œuvre pour convaincre un artiste réticent de signer avec Empire, pendant que Tracy trouve des preuves de l'incrimination de Lucious. De son côté, Giselle rencontre un vieil ami qui pourrait aider Bossy Media dans ses problèmes financiers.

Hakeem s'inquiète des modifications apportées par Lucious au script du film, obligeant Lucious et Cookie à se réunir pour raconter les événements qui ont conduit à l'évolution d'Empire. Andre s’adresse à Kelly Patel pour l’aider à acquérir un intérêt majoritaire dans la société, alors que Teri se méfie de plus en plus du rôle d’André dans la signature de Prophet the Poet. Pendant ce temps, Bossy Media envisage de recruter un partenaire pour les aider dans leurs problèmes financiers et Philly Street confronte Lucious au sujet des informations qu'il a reçues de White Tracy.

Cookie devient frustré par Lucious, qui a du mal à accepter que leur relation soit terminée. Lorsqu'elles se voient exclues des candidatures aux ASA (American Sounds Awards), les filles de Bossy Media choisissent Melody pour performer aux ASA, ce qui amène Tiana à remettre en question toutes ses décisions au cours des derniers mois. Pendant ce temps, Teri affronte Andre au sujet de ses mensonges, et une confrontation émotionnelle se termine par une explosion… ou deux.

Le monde des Lyon est bouleversé à cause d'une perte qui oblige l'un des membres de la famille à faire face à un traumatisme non résolu du passé. Pendant ce temps, Andre prend une décision importante concernant sa santé, sa famille et sa carrière et Devon confronte Tiana à propos de sa relation avec Hakeem. Et, une révélation choquante sur l'avenir des Lyon est révélée.

Lucious essaye de faire signer Yana dans son label mais ils reçoivent de mauvaises nouvelles de la part des dirigeants d'Empire. Pendant ce temps, Cookie continue à essayer de se remémorer un secret oublié qu'elle a depuis plusieurs années. Lala, se sentant négligée par les chefs de Bossy Media, prend des initiatives risquées. André, lui, souffre de baisse de tension et d'absence de bon sens, ce qui pousse Jeff à avoir plus de contrôle sur lui.

Cookie continue de garder ce secret auprès de ses sœurs mais Lucious cherche à l'aider pour aller de l'avant. Lorsque Treasure ne peut pas se produire au prochain concert, Becky suggère à Yana de prendre sa place. Pendant ce temps, Giselle n'arrive plus à cacher sa famille à Julian, Maya envisage sa propre carrière et les dernières actions d'André mettent Quincy dans une mauvaise situation.

Pendant le road-trip, Cookie, Candace et Carol se remémorent leur passé douloureux principalement sur leur enfance qui dévoilent des secrets familiaux déchirants. Lucious continue d'aider Yana à se faire connaître. Pendant ce temps, Maya élabore un plan pour que le film d'Empire "La Naissance d'un Empire" génère plus de buzz et Teri est de plus en plus effrayée par ce que devient André.

Le mariage d'André et Teri approche à grand pas mais le mauvais côté d'André apparaît de plus en plus, ce qui effraie de plus en plus la mariée. Cookie fait de remarquables découvertes en fouillant dans les comptes de Bossy Media, ce qui provoque une confrontation rude avec Giselle. En même temps, Yana retombe amoureuse de Lucious et Maya jette son dévolu sur Hakeem.

Après la dépression nerveuse d'André, Cookie et Lucious l'installent dans le même hospice que Leah et la culpabilité gagne Cookie quand elle se demande ce qu'il se serait passé si elle ne serait jamais partie en prison. Pendant ce temps, Becky n'arrive pas à trouver un juste milieu entre ces relations personnelles et professionnelles et Hakeem et Maya se retrouvent dans une situation loin d'être idéale après une nuit d'ivresse à Vegas.

Lucious continue de diriger Empire et découvre certains des faux pas d'André et Kelly Patel. Pendant ce temps, Cookie tente de relancer le BossyFest mais rencontre des obstacles majeurs de la part des ASA. De plus, le partenariat improbable de Hakeem et Maya s'avère bénéfique et Becky fête son anniversaire.

Alors qu'elle organise le lancement du Bossyfest et qu'elle lutte pour reprendre le contrôle d'Empire, Cookie réfléchit à sa vie et à la femme qu'elle est devenue. Lucious trouve impossible de nier ses sentiments pour Cookie, tout en continuant à soutenir Yana et son ascension vers la célébrité. Lorsque les Lyon sont confrontés à leur plus grande menace, Lucious se prépare pour la bataille de sa vie et se rend compte qu'au final, c'est la famille qui compte le plus.