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Les Get Backers sont embauchés pour enquêter sur les mystérieux voles de bijou qui ont lieu aux sources chaudes. En suivant leur enquête (ou poussé par leur voyeurisme?!) Ban et Ginji recontre Jubei et Kazuki venu aux sources chaudes afin de guérir les yeux de Jubei.

Le superviseur Hizukawa demande aux Get Backers de récupérer sa mallette qui a été dérobée par un petit groupe de lycéenne. Ban et Ginji vont rapidement retrouver la trace d'une lycéenne qui a des informations, mais cette lycéenne ne compte pas leur donner ses informations gratuitement. Elle va faire vivre un vrai calvaire à Ginji et Ban qui devront obéir à toute ses volontés. Ils vont faire appel à Hazuki, Shido et Himiko pour qu'ils leur viennent en aide et ainsi avoir les informations de la lycéenne.

A la suite d'un accident Takarama Yuuji à perdu la mémoire. Les Get Backers vont donc l'aider à retrouver son passé, mais au fil de l'enquête, ils vont se rendre compte sa femme lui cache la vérité sur son passé.

Les Get Backers refusent un travail proposé par Hevn puisqu'ils trouvent que sa commission est trop importante. Arrive alors Clayman au Honky Tonk qui leur propose un travail, récupérer les bras perdus de La Venus de Milo qui sont en transitent sur un bateau. Quant à Hevn, elle engage d'autre personne pour son travail, elle fait donc appel à Emishi et Shido, hors, il se trouve que le travail de Clayman et celui de Hevn soit très proche, les Get Backers vont donc être confronté à Emishi et Shido. Dans un même temps, Miroku Natsuhiko qui travail pour Miss Hella doit protéger les bras perdues de la Vénus de Milo jusqu'à la vente aux enchères organisé par Mr. Liu, un chef de la mafia.

Miroku Yukihiko "charme" Ginji alors que Ban tente de rejoindre le bateau puisqu'il s'était fait jeter par Miroku Natsuhiko. En ce qui concerne Shido et Emishi, ils arrivent sur le paquebot et ils sont confrontés à un bel accueil. Au milieu de tout ça, Jackal qui travail pour Miss Hella rode sur le navire.

La bateau arrive sur l'île où la vente aux enchères est organisée. Ban se trouve face à Shido et Emishi mais il s'effondre de fatigue, Shido décide de lui venir en aide. On apprend que Miss Hera est l'ex petite-amie d'une connaissance de Ban et Ginji, Kait, un artiste peintre et sculpteur. Suite à une discussion entre Ban et Shido, l'objectif de Shido et Emishi devient plus clair, ils sont chargés de récupérer la réplique de la statue de la Vénus de Milo qui contient de l'Aphrodite, une drogue très puissante. Ban, Shido et Emishi décident donc de faire équipe, ils récupéreront les bras et la réplique de la Vénus de Milo. Ginji, prisonnié des Miroku arrive à s'enfuir, mais il a tous ses os déboités, ils parvient difficilement à rejoindre Ban mais il porte un émetteur qui va trahir sa position.

Ginji, Ban, Shido et Emishi unissent leurs forces pour vaincre leurs adversaires. Un combat faire rage entre Ban et Jackal. Emishi et Shido sont confrontés aux membres du Clan Go. Tandis que Ginji est doit se battre contre les frères Miroku.

Grâce au Jyagan de Ban, les bras et la copie de la Venus de Milo ont été récupéré. Mais, la petite équipe va avoir un petit souci sur le chemin du retour.

L'alliance entre Ban et Ginji semble rompu. Ban est embauché comme protecteur du diamant "Étoile Aztèque" tandis que Ginji est chargé de récupérer ce diamant.

Yumiko, la fille de Imai Shigeyuki a eu un grave accident. Seule une opération peut la sauver, le problème, ce qu'elle possède un groupe sanguin très rare, hors, le sang qui servirait à son opération a été volé par des professionnels. Les Get Backers sont donc engagé pour retrouver le sang, mais le livreur n'est être que Dr. Jackal.

Mr et Mme Nagano se sont fait voler leur enfant, le ravisseur n'est autre que le père de Mr Nagano, le directeur du groupe financier Kiyokawa. Pour cette mission, Himiko vient en aide aux Get Backers.

Une vieille femme vient voir les Get Backers afin qu'ils retrouvent un souvenir de son mari. Malheureusement, Ban et Gingi sont déjà sur une affaire. Natsumi décide donc de prendre l'affaire en main pour aider la vieille femme avec l'aide d'Emishi.

Madoka tient absolument à ce que Shido assiste à son récital. Shido fait donc la promesse de venir la voir avec Hevn mais il va tomber sur une vieille connaissance, Kirihito, l'ancien chef de la mafia chinoise qui ne veut qu'une seule chose, sa mort!

Ginji est rendu à l'hôpital à cause d'un bête accident, tous les gens qui le connaissent viennent lui rendre visite.

Ban, Ginji et Natsumi sont invités dans la villa de Madoka. Près de là, des singes sèment la panique, seul Shido peut enrailler la menace.

Un groupe de terroriste a dérobé un alliage révolutionnaire (l'alliage à mémoire de forme) au gouvernement. Hevn propose aux au Get Backers de récupérer cet alliage mais décide au dernier moment de les empêcher de le faire et préfère retrouver cet alliage elle-même car il est le fruit de 5 années de travail de Eiji, son amour d'autrefois.

Il fut un temps où Paul était récupérateur au sein des "Snatcheurs" avec Azuma et Sakai jusqu'au jour où Sakai trahit l'équipe. Aujourd'hui, Azuma et Paul ont décidé de se venger.

Le Château de l'Infini est de nouveau en danger avec le retour de Kurusu Masaki, un ancien membre des Volts qui a décidé de défier l'autorité de Makubex. Kurusu enlève Makubex, Kaoru, une de ses alliés s'en prend à Sakura qui court ensuite demander de l'aide à Ginji, pendant ce temps, Emishi et Jubei tentent de retrouver Makubex. Lorsque Ginji apprend la nouvelle, il ne peut s'empêcher d'aller sur les lieux avec l'aide de Ban, Himiko, Kazuki et Shido. Pendant ce temps, Emishi est confronté à Kano, un autre allié de Kurusu. Pour finir, un autre allié de Kurusu, Toshiki recrute Ren pour faire la surveillance.

L'équipe (Ginji, Ban, Himiko, Shido, Kazuki, Jubei et Emishi) continue sa traversé du Château de l'Infini afin de comprendre ce qui se trame véritablement. Ils vont chacun leur tour être confronté à leurs adversaires dans des espaces virtuels, Himiko contre Kaoru, Jubei et Kazuki contre Kano et ensuite Toshiki, et enfin, Shido se voit face à Kurusu mais un revenant vient déranger le combat, Teshimine.

Le combat entre Himiko et Kaoru est très serré mais Himiko sort victorieuse en mettant sa vie en péril. Mido est toujours face à Fudo, son adversaire depuis très longtemps. Makubex, toujours prisonnié, arrive à envoyer des informations à Sakura où il donne sa position, il ne reste plus qu'à faire parvenir l'information au Get Backers, seulement, le réseau de Château de l'Infini a été verrouillé. Hevn fait alors appel à Dr Jackal pour qu'il transmette l'information au Get Backers.

Ginji rencontre Kagenuma Sarai, un homme qui prétend tout connaitre sur le château de l'infini. Toujours perdu dans la Château de l'Infini, il finit par croiser Jackal. Ensemble, ils rejoignent la pharmacie où se regroupent les autres. Grâce au donnée de Makubex rapporter par Jackal, l'équipe (Jubei, Kazuki, Ginji, Ban, et Jackal) décident de rejoindre le Beltline. Pour finir, Ginji tombe nez à nez avec Masaki.

Avec l'aide Makubex, Jubei, Kazuki, Ban et Jackal retrouve Ginji qui est face à Masaki. Ginji est très affaibli à cause de Masaki, mais grâce au Château de l'infini, il retrouve rapidement ses forces. Kagenuma Sarai guide Ban et Ginji vers l'endroit qui répondra à toutes leurs questions. Jubei rebrousse chemin pour affronter Toshiki, Kazuki préfère le suivre.

Jackal choisit de rejoindre le camp à Masaki pour enfin faire un vrai combat contre Ban et Ginji. Les Get Backers se font conduire par Kagenuma vers Masaki. Masaki explique son rôle au Château de l'Infini à Ginji et pendant ce temps un combat entre Ban et Jackal fait rage. Quant au règlement de compte entre Jubei et Toshiki, il continu jusqu'au moment où Kazuki vient les séparer et Kazuki demande de l'aide à Ren.

Un combat entre Masaki et Ginji à lieu mais Ginji finis par utiliser ses compétences de l'empereur du Tonnerre pour vaincre son adversaire. Masaki lui explique alors tout à propos de Château de l'Infini, Brain Trust, Makubex et la place qu'il a dans tout ça. Kano découvre que Ren les a trahit mais Emishi et Shido arrivent au bout moment pour la secourir. Makubex, décide de détruire ses données afin de rétablir l'ordre au Château de l'Infini mais Ginji fait imploser tout le système électrique pour empêcher Makubex de se suicider. Grâce à la sauvegarde faite par Gen, Paul, Sakura et Ren, ils réinstallent le Château de l'Infini et ainsi éliminer la domination infligé par Brain Trust.