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Après la mort de Valentin, les créatures du monde obscur et les shadowhunters essayent de revenir à une "vie" normale. Clary lutte à garder son secret, par rapport à l'ange Raziel et est récompensé d'avoir tué Valentin Morgnstein pendant que Alec pousse Jace à confesser le secret que Clary et lui cachent. Jace à des visions de Jonathan qui lui dit de tuer Clary, Luke doit utiliser un "amour dur" pour cacher son secret à Ollie qui est sur le point de trouver des réponses à ses interrogations. Magnus cache ses vrais sentiments, à propose de sa nouvelle position dans la communauté des sorciers, à Alec qu'il a perdu sa position suite après s'être allié à la Reine des Fées. Pendant ce temps, Lilith met en place un plan à New-York pour ressusciter son fils Jonathan alors que Simon passe du temps à la cour des lumières avec la Reine des Fées après avoir passer un accord, cette dernière le marque d'une marque sur son front et le relache.

La magie des Sorciers est corrompu par une présence demoniaque; Izzy et Luke enquêtent sur la récente série de possessions.

Les Chasseurs d'Ombres essaient de traquer une nouvelle menace; Jace est convaincu que Jonathan est de retour et qu'il est derrière les attaques contre les humains. Alec décide d'organiser un dîner de famille chez Magnus après une visite surprise de Maryse. Simon cherche à comprendre ce que lui a fait la reine lors de son séjour au royaume des Fées.

L'inquiétude de Jace grandit à propos de son état mental, il se tourne vers Luke pour obtenir des informations sur sa famille. Clara et Izzy se lancent à la poursuite d'un vampire malintentionné et Simon est à la recherche d'un appartement.

Simon est poursuivi par quelqu'un et Jace enquête pour savoir de qui il s'agit; pendant ce temps, Clary se tourne vers Luke pour trouver un moyen d'aider Jace. Alec s'inquiète pour le futur de sa relation après en avoir appris davantage sur le passé romantique de Magnus.

Clary fait équipe avec Magnus pour enquêter sur une récente attaque de démon. Simon est surpris par la visite de quelqu'un qu'il n'aurait jamais cru revoir et qui ne semble pas vouloir repartir. Pendant ce temps, Izzy s'inquiète du dîner avec sa famille et un invité spécial; et Luke tend la main à Maryse.

Alors que l'identité de la "Chouette" à été révélé, Alec, Isabelle et Clary se rendent à Alicante pour trouver un moyen de la stopper. Luke et Simon font équipe pour retrouver la dernière victime de Lilith. Maia réfléchit à son passé.

Magnus, Alec et Isabelle essayent de communiquer avec Jace qui est piégé à l'intérieur de la "Chouette", mais aussi puissant que Magnus soit, peut-il aider les Lightwood à sauver leur frère de sa prison démoniaque? Maia et Jordan rejoignent Simon à la recherche de Lilith, tandis que Luke essaie de trouver un moyen pour atteindre Clary.

Clary fait face à un vieil ennemi dans le but de trouver des réponses au sujet du plan de Lilith. Alec et Magnus se tournent vers Lorenzo Rey pour obtenir de l'aide, tandis que Lilith trouve un nouvel allié. Luke doit choisir entre sa meute et sa famille, alors que Simon est obligé de faire face à son passé.

L'équipe se démène pour trouver un moyen de stopper le plan de Lilith. Mais face à leur plus gros adversaire, leurs chances ne sont pas bonnes. Pendant ce temps, Simon fait un choix déchirant avec l'aide d'Isabelle et Magnus renoue avec une personne puissante de son passé.

Luke a de gros doutes sur le sort réservé à Clary. Izzy apprend quelque chose de perturbant à propos de l'Enclave. Simon essaie de retirer la marque sur son front.

Les Shadowhunters suivent Clary et Jonathan à Paris. Magnus se fait difficilement à sa nouvelle vie sans magie. Simon poursuit ses efforts pour retirer la marque.

Les souvenirs de l'emprise de Lilith sur lui hantent Jace. Clary en apprend plus sur la rune qui la lie à Jonathan. Luke donne des conseils à Maia.

Le rendez-vous de Jace et Clary, interrompu par Jonathan, finit mal. Magnus fait une tentative désespérée pour récupérer sa magie. Luke est soupçonné de meurtre.

Les Shadowhunters sont à la recherche des tueurs de vampires. La rune commence à assombrir l'humeur de Clary. Magnus est reçu avec froideur à l'Institut.

N'ayant pas réussi à retirer la rune, les Shadowhunters tentent une nouvelle approche. Depuis sa transfusion magique, Magnus souffre d'effets secondaires.

Izzy et Simon commencent une mission dangereuse qui révèle la corruption au sein de l'Enclave. Clary et Jonathan se rappellent de sombres souvenirs d'enfance.

Le soir d'Halloween, la sœur de Simon entretient une vieille tradition. Clary souffre d'être séparée de Jace. Alec doit prendre une décision importante concernant Magnus.

Rongée par la rune, Clary fuit avec Jonathan jusqu'à un club de Créatures obscures où ils espèrent obtenir l'Étoile du matin. Izzy essaie de reforger Glorieuse.

Jonathan passe un accord avec les Fées et révèle sa vraie apparence, tandis que les Shadowhunters, voulant à tout prix l'arrêter, se jettent dans le combat à Alicante.

Ayant découvert une rune qui donne accès à Edom, les Shadowhunters espèrent retrouver Magnus et le libérer avec l'aide de leurs alliés du Monde Obscur.

De retour sur Terre, les alliés affrontent une Lilith plus puissante que jamais. Jonathan prépare une série d'attaques démoniaques sur les Instituts de Shadowhunters.