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Sur l'île de Seiran, des jeunes filles douées de pouvoirs spéciaux, les Progress, font face à une attaque d'Ouroboros. Liées à leur Alpha Driver, elles se lancent à l'assaut de cet ennemi qui veut provoquer le World End, la collision funeste des cinq mondes qui composent l'univers.

Une base d'Ouroboros a été détectée à quelques centaines de kilomètres de l'île de Seiran. Les Progress les plus expérimentées sont envoyées pour l'attaquer, pendant que les plus jeunes recrues sont chargées de défendre l'île. Saya regrette de ne pas avoir changé de classe plut tôt, ce qui l'empêche de participer au combat avec ses aînées.

Après avoir repoussé l'attaque-surprise d'Ouroboros sur Seiran, Saya s'inquiète pour l'équipe partie à l'assaut des îles Ryûjin. Elle décide de partir à la recherche de ses aînées, accompagnées par quelques Progress.

Les investigations continuent après l'attaque de Seiran par Ouroboros. Une anomalie est détectée en provenance du monde noir, Darkness Embrace, le monde d'origine d'Almaria et Sofina. Saya se porte volontaire avec d'autres Progress pour aller enquêter sur place.

Le groupe de Saya et Almaria continue son combat pour sauver le Dark Cradle et empêcher la destruction du monde noir.

Après avoir sauvé le monde noir, Saya et les autres Progress sont envoyées en reconnaissance dans le monde rouge. C'est le monde natal d'Elel et de Ramiel, mais cette dernière a été corrompue par les ténèbres.

Saya essaie de réconforter Elel, déprimée après sa rencontre avec Ramiel. La réalité les rattrape rapidement, lorsque Ramiel commence à s'attaquer au cristal-monde du monde rouge.

Le monde rouge sauvé, la situation s'améliore, mais le moyen de sauver les Alpha Drivers n'a toujours pas été découvert. Alors que les recherches se poursuivent, Euphiria reçoit un signal de détresse de Xenia envoyé depuis le monde blanc.

La lutte continue pour tenter de sauver le monde blanc, menacé par la fusion de Carene et Xenia. Stella, comptant sur sa vitesse, se porte volontaire pour cette mission qui l’emmènera vers la moitié de l'infini, et au-delà.

Nya se confie à Saya sur son passé et lui révèle qu'elle compte partir pour le monde vert où elle a une affaire à régler. Là-bas, un comité d'accueil l'attend…

Alors que le docteur Michael cherche des informations sur l'ennemi des Progress dans la mémoire de Carene et Xenia, c'est notre bonne vieille Terre qui se retrouve cette fois menacée.

L'heure est grave et les bains chauds sont vides. L'assaut final d'Ouroboros est en cours et le docteur Michael cherche désespérément un moyen de réveiller Amane, car sans leur Alpha Driver, les Progress de l'île de Seiran courent à leur perte.