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Ant met la main sur un étrange message dans lequel la famille Nekton apprend que les grands-parents ont découvert la Lémurie avant eux! Dans ce message, ils expliquent qu’il y a un autre accès à la Lémurie, ce qui aurait évité aux Nekton beaucoup de mésaventures. Nos héros quittent la Lémurie par un tunnel creusé dans le dôme de lave qui recouvre la ville! Tout à coup, le tunnel s'effondre et l’Aronnax manque d’être détruit, mais Fontaine, qui se souvient d’un conseil que sa grand-mère lui a donné il y a plusieurs années, sauve l’Aronnax de la catastrophe. Peu après, la famille découvre un objet que les grands-parents ont extrait de la Lémurie, ce qui prouve qu’ils en étaient sortis sains et saufs. Mais où pouvaient-ils bien être ? Et pourquoi n’ont-ils pas donné signe de vie ? C’est le début d’une nouvelle quête.

Les Nekton cherchent des signes de leurs grands-parents dans le détroit de Malacca. Mais les pirates de l’Orque noire ne sont pas loin, car Tête-de-requin veut mettre la main sur le trésor perdu « Le Flor de la Mar », le plus grand trésor englouti de tous les temps qui n’a encore jamais été retrouvé! Ant tombe sur Madeline au fond d’une fosse sous-marine et ni l’un ni l’autre ne veut expliquer ce qu’il fait là. Mais la rencontre avec un « monstre des mers » va les rapprocher, car tous les deux sont fascinés par ces bêtes géantes. Fontaine, qui est partie à la recherche de Ant, tombe elle aussi sur le « monstre des mers », et sur Finn, qui lui aussi est à la recherche de sa sœur. Pendant ce temps-là, Madeline repère des objets brillants au fond de la fosse et les récupère avec les pinces du Crabe rouge. Mais alors que le « monstre des mers » se révèle être un énorme cachalot qui se bat avec un calmar géant, un choix va s’imposer : survivre ou prendre le trésor ?

Lorsque trois rochers de la taille d’une montagne commencent à craquer, les Nekton se rendent compte qu’il s’agit en fait d’œufs de bébés tortues Monumentielles. Une fois les œufs éclos, les bébés tortues qui ne savent pas encore nager entrent en collision avec un chalutier qui sombre au fond de l’eau. Les Nekton parviennent à secourir l’équipage et cherchent le moyen d’éloigner ces bébés des voies maritimes. Will a une idée et la famille met le cap sur l’île de Qatanui. Ils emmènent deux « volontaires » du chalutier pour activer « Le Protecteur », une mystérieuse statue que les Nekton avaient découverte quelques mois plus tôt. Lorsque l’eau de l’océan la traverse, la statue émet un « beuglement » qui a pour effet d’appeler la mère des bébés tortues, une gigantesque tortue monumentielle. La maman tortue arrive rapidement sur place, mais avale l’Aronnax sur son passage! Nos héros s’en sortiront-ils indemnes ?

Dolos montre à Will la photo d’une mystérieuse figurine prise par un drone au fond de l’océan. Elle est identique à la figurine que Will portait au collège et qui est la copie conforme de celle de son père! Se pourrait-il que ce soit celle de son père? Mais peut-on réellement faire confiance à Dolos? S’ils veulent avoir une chance de retrouver leurs grands-parents, les Nekton n’ont pas d’autre choix que de suivre cette piste. Dolos leur propose de les amener là où la photo a été prise, mais à ses conditions. Il monte à bord du Fureteur avec Will, Fontaine et Ant pour descendre au fond d’une faille qui est le point de friction de deux plaques tectoniques! Comme il fallait s’y attendre, Dolos finit par les piéger et repart avec le Fureteur en les abandonnant sur place entourés de requins et de rémoras. Il se serait ligué avec Dan le dangereux pour tenter de mettre la main sur un fossile d’une valeur inestimable! Mais Ant trouvera la solution pour sauver la famille!

Ant et Fontaine examinent un mystérieux objet enfoui sous le sable, espérant que ce ne soit pas une pièce du sous-marin de leurs grands-parents. C’est alors qu’un étrange objet furtif passe à proximité et provoque l’arrêt complet du Fureteur ! Lorsque Will arrive avec le Chevalier blanc, tout s’éteint brusquement aussi pour lui! La famille découvre finalement qu’il s’agit d’un dauphin équipé d’un harnais électronique. S’agit-il d’un funeste projet scientifique ? Ils retirent le harnais et tentent d’apprendre au dauphin à se comporter « normalement », sans succès. Kaiko explique alors que s’ils ne parviennent pas à l’intégrer à un groupe de dauphins, ses chances de survie sont très faibles. Mais en croisant d’autres dauphins, ils se font attaquer. Fontaine se rend compte alors que le dauphin ne sait pas « parler » dauphin. Elle trouve une banque de sons de « cris de dauphins » et lui apprend à communiquer avec les autres afin qu’il puisse intégrer leur groupe.

Les Nekton surprennent les pirates de l’Orque noire en train d’exhumer une statue de cheval en métal. Après avoir chassé les pirates, les Nekton prennent la statue à bord de l’Aronnax sans se douter qu’il s’agissait d’un piège : Madeline est cachée dedans. Jeffrey, seul à bord, la voit fouiller l’Aronnax et voler le Sceptre de Doréus! Lorsque les Nekton remontent à bord après avoir mené d’autres fouilles, Ant se rend compte en voyant Jeffrey qu’il y a un problème. La famille comprend rapidement ce qu’il s’est passé et se met à la poursuite de Madeline, qui, dans la confusion, laisse tomber la statue au fond de l’océan! Kaiko propose de se servir des poissons-scies pour retrouver la statue enfouie, car ils sont capables de détecter des signaux électriques sous le sable. Ant prend son courage à deux mains et parvient à retrouver la statue. Mais les pirates comprennent alors que la Lémurie occupe une place importante chez les Nekton, même si Tête-de-requin se demande ce qu’est une Lémurie

Les Nekton aident la docteure Jennifer Chan, une archéologue de Singapour, à retrouver un caisson en verre mythique de l’histoire de Singapour. Ils découvrent que son « assistant » n’est nul autre que Néréus! Néréus est ici pour essayer de se remémorer un épisode de son passé lié à une figure emblématique de l’histoire de Singapour, Raja Chulan! Lorsqu’ils finissent par trouver le caisson, les souvenirs ressurgissent dans l’esprit de Néréus. Il y a 800 ans, il avait fabriqué ce caisson de verre pour permettre à Raja Chulan d’explorer l’océan! Mais comment ont-ils pu le retrouver ici? Soudain, les explorateurs se font surprendre par un dragon, semblable à celui que l’on voit dans le premier épisode! Néréus se souvient alors que les Gardiens utilisaient des créatures pour protéger des objets importants. Cela fait 800 ans que ce dragon protège le caisson et il ne va pas laisser les Nekton ni la docteure Chan s’en emparer. Mais Jessica ne se résout pas à l’idée de laisser le caisson.

Ant est furieux de voir que Dan le dangereux lui a volé son invention, le « Jorange » ! Dan a aussi son propre poisson, Bethany et Jeffrey se fait du souci pour elle. Mais les Nekton doivent répondre à une urgence : les conteneurs d’un navire marchand se retrouvent à l’eau. Les Nekton parviennent à récupérer les conteneurs flottants qui représentent un danger pour les autres bateaux. Mais lorsque Dan le dangereux arrive sur place pour proposer son aide, non seulement il aggrave la situation, mais en plus, Ant se rend compte qu’il a aussi volé son idée du Chevalier pour Bethany. Alors que Ant se dispute avec Dan, personne à part Jeffrey ne remarque que Bethany, dans son Chevalier bas de gamme, tombe à l’eau. Jeffrey plonge jusqu’au fond de l’eau avec son propre Chevalier pour voler à son secours, et malgré le danger qui les entoure avec les conteneurs qui continuent de sombrer, Jeffrey ne baisse pas les bras et finit par sauver Bethany, et d’une certaine manière, Dan le dangereux !

La famille Nekton se rend dans le vortex de déchets du pacifique nord, cette grande étendue où s’accumulent les déchets du monde entier, afin de vérifier si la machine que Ant a inventée pour nettoyer les océans fonctionne bien. Mais en arrivant sur place, ils se rendent compte que la machine a été « engloutie » par un copelata monumentiel. Kaiko remarque alors que le copelata est malade. Les copelatas possèdent des « maisons » qui filtrent leur nourriture et s’en débarrassent lorsqu’elles sont pleines d’impuretés. Mais ce copelata semble ne pas pouvoir s’en débarrasser. Kaiko tente une opération très délicate en coupant les « maisons » et finit par libérer le copelata. Mais Ant qui tentait de récupérer sa machine prise au piège dans une des « maisons » se retrouve lui aussi pris au piège et sombre au fond de l’océan. Heureusement, ils seront sauvés à la dernière minute. Plus tard, Ant inaugure son nouveau modèle qui on l’espère viendra un jour à bout de tous ces déchets.

La découverte d’un morceau du sous-marin de leurs grands-parents conduit les Nekton dans la communauté des Bajau Laut, des nomades de la mer vivant en mer de Chine méridionale. Will qui a vécu parmi eux avec ses parents quand il était jeune retrouve son ami d’enfance, Tahuna. Mais Dhia, la fille de Tahuna, révèle à Fontaine et à Ant qu’une créature fantastique qu’ils appellent le « Marcheur » a disparu depuis deux ans. Lorsque cette créature « marchait » avec les Bajau Laut, il y avait plein de poissons et de vie sous-marine. Mais depuis sa disparition, la nourriture se fait plus rare. Tahuna reproche à la technologie et à la pêche commerciale de détruire l’environnement. En les laissant faire, Tahuna pense que le « Marcheur » en a voulu aux Bajau Laut et est parti. Ant, Fontaine et Dhia décident alors de partir à sa recherche. Ils finissent par le retrouver, mais le faire revenir s’avère être une mission difficile. Surtout lorsque les pêcheurs mettent la vie du « Marcheur » en péril!

Ant et Fontaine tombent sur une ourse polaire à la dérive au milieu de l’océan. Ils l’aident à échapper à une attaque de requins, mais doivent la faire monter à bord de l’Aronnax. Et même si elle est épuisée, elle représente quand même un danger pour les Nekton. Au même moment, Will découvre une zone extraordinairement chaude dans le cercle arctique. Après enquête, il comprend que c’est un crabe poilu rouge monumentiel qui repose au fond de l’océan qui fait fondre la glace plus vite que prévu! De son côté, Kaiko se rend compte que l’ourse est enceinte. Ils doivent absolument l’amener plus au nord pour qu’elle puisse mettre bas dans un lieu plus sûr! Alors qu’ils s’apprêtent à repartir, les Nekton doivent régler un autre problème : l’ourse est en liberté dans l’Aronnax! Kaiko va devoir effectuer une manœuvre très dangereuse pour faire sortir l’ourse de l’Aronnax! L’ourse finit par trouver refuge sur la banquise et est maintenant hors de danger, comme la famille Nekton.

Les pirates de l’Orque noire ont volé un gadget d’espionnage! Finn est stupéfait de voir que ce gadget a capté un signal de détresse provenant du sous-marin des grands-parents Nekton et tente d’en informer Fontaine qui ne veut pas le croire. Mais des indices montrent que les pirates cachent quelque chose et les Nekton les soupçonnent d’être peut-être responsables de ce qui arrive au sous-marin des grands-parents! La situation se complique quand Fontaine monte à bord de l’Orque noire et se fait surprendre par Madeline qui pense qu’elle est venue voir son « petit ami »! Ant qui a suivi Fontaine tombe nez à nez avec Finn. Ils sont interrompus par l’arrivée des autorités qui tentent de récupérer le gadget! Les pirates s’enfuient en se débarrassant du gadget! Finn parviendra quand même à donner les coordonnées du signal à Fontaine et lorsque les Nekton arrivent à l’endroit indiqué, ils captent un faible signal radio… des grands-parents!

Les Nekton tentent de retracer le signal radio et tombent sur un nautile monumentiel! Il est probable que le sous-marin des grands-parents se trouve à l’intérieur! Lorsque Will et Kaiko décident d’aller voir de plus près, ils sont aspirés dans le siphon de la créature. Le nautile expulse alors de l’eau comme un bateau à moteur et disparaît! Ant et Fontaine se retrouvent seuls! Ils parviennent à localiser leurs parents et découvrent que le monumentiel s’est déplacé de 100 miles nautiques en un seul jet! Ant et Fontaine entrent aussi dans le siphon et les Nekton retrouvent le sous-marin des grands-parents dans un piteux état. Ant réalise qu’ils vont devoir le sortir manuellement et alors qu’ils sont sur le point de sortir, ils sentent le nautile aspirer de l’eau pour se préparer à faire un autre « saut »! Ant se souvient alors d’un conseil que lui avait donné son grand-père et réussit à sauver tout le monde. Serait-ce le moment où ils seront à nouveau réunis avec leurs grands-parents ?