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Emily Locke découvre Charm City et le fait de devoir subir les combats de super-héros au quotidien. Elle entame son premier jour à Wayne Security en tant que responsable de l’équipe de recherche mais constate vite que les chercheurs n'ont rien produit de neuf depuis le sérum anti-poison du Joker et que le directeur de l’entreprise, Van Wayne, le cousin de Bruce Wayne, ne rêve que de rejoindre la maison-mère de Gotham City.

Emily essaie de prendre ses marques comme chef d'équipe de la R&D mais les ingénieurs sont plus doués pour la procrastination que pour la finalisation de leur nouveau projet. Elle va donc tenter de les raisonner en se rendant aux ressources humaines. Van Wayne fait une crise de jalousie car il a été coupé de la photo officielle des associés de Wayne Enterprises.

L'entreprise perd son plus gros client, Ace Chemicals, à cause de Van. Emily a l'idée de signer un nouveau contrat avec la cité d'Atlantis mais ce partenariat semble trop gros à gérer pour le père de Van. L'équipe se dispute pour savoir si leur nouveau collègue est un super-héros ou non.

Emily a un nouveau petit-ami mais tous ses collègues comprennent vite qu'il est le larbin d'un super-vilain. Teddy, Ron et Van sont surexcités : ils ont trouvé un batarang et s'attendent à ce que Batman vienne le récupérer.

Un concours entre les divisions créatrices des gadgets Wayne motive Emily à inscrire Teddy, autant pour elle que pour promouvoir son équipe. Ron est contraint par Van de construire les jouets pour la fille de sa nouvelle conquête.

Avec le départ de Crimson Fox de Charm City, Emily pense prendre des cours de self-defense avec Jackie et découvre quelques secrets de sa collègue. Van pense qu'un des employés se sert de ses toilettes privées et est prêt à tout pour découvrir qui.

Emily demande à avoir son propre bureau et la guerre des nerfs contre Van devient un enjeu pour toute l'entreprise qui veille à satisfaire l’ego fragile de leur patron. Teddy a été sauvé d'une chute mortelle par Green Fury, une rencontre qui le fascine au point qu'il délaisse sa petite-amie.

Emily a l'opportunité de défendre un de ses projets au conseil d'administration de Wayne Enterprises et utilise ses nouveaux contacts avec Green Fury, une super-héroïne qui fait la une des tabloïds malgré elle, pour son intérêt personnel. Jackie est terrifiée quand elle voit que sa fille devient avec Wendy.

Les employés de Wayne Security attendent impatiemment la sortie vers Coast City, mais l'équipe de recherche se retrouve coincée dans les bureaux alors qu'une attaque au gaz frappe Charm City. Emily ne baisse pas les bras malgré le manque d'enthousiasme et d'implication habituelle de ses collègues.

Au lendemain de la mort de Lois Lane, Ron parle à l'équipe d'une théorie selon laquelle Superman remonterait le temps pour la sauver et qu'il n'y aurait donc aucune conséquences aujourd'hui. Au moment où tout le monde commence à en profiter, les choses commencent à dégénérer, et la théorie s'avère n'être pas aussi solide qu'ils le pensaient.