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En Suisse, un ornithologue est retrouvé mort dans un nid de cigognes. La cause du décès est une crise cardiaque. Avec Jonathan, un de ses étudiants, il projetait de partir suivre la migration des cigognes jusqu'en Afrique, afin de découvrir pourquoi certains oiseaux ont disparu pendant la saison précédente. L'étudiant décide de poursuivre cette mission. Il entame un voyage qu'il l'emmène tout d'abord parmi les tsiganes de Bulgaire, puis dans les kibboutz d'Israël et jusqu'au coeur de l'Afrique centrale...

Le voyage de Jonathan dans le sillage des cigognes en migration le mène parmi les tsiganes de Bulgarie, dans les kibboutz d'Israël et jusqu'aux confins de la jungle d'Afrique centrale. Ce périple, destiné à découvrir la raison de la disparition des cigognes, le confronte à des souvenirs terrifiants. L'étudiant porte sur ses mains les traces d'un mystérieux accident survenu dans son passé. Tout en menant à bien sa mission, il cherche à en savoir plus sur ces événements douloureux. Il se retrouve par ailleurs confronté à des trafiquants de diamants...