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Durant une épidémie de grippe, un agent fédéral est chargé de ramener une petite fille pour une expérimentation top secrète. Après avoir rencontré la jeune fille, sa loyauté est mise à rude épreuve…

Blessé, Brad emmène Amy chez une amie ancienne instructrice dans l’armée. Le docteur Lear se remémore les décisions qui l’ont poussé à impliquer Fanning dans ses travaux de recherche. Le test du virus sur Anthony Carter débute.

Brad passe un accord avec Sykes et Richard pour rester avec Amy lors des tests sur sa personne. Après avoir découvert la vérité sur les autres détenus, il passe une alliance. Babcock dévoile son passé.

Wolgast convainc Sykes et Lear de le laisser sortir du laboratoire avec Amy afin de la protéger. L’emprise de Fanning sur les personnes du Projet Noah ne cesse de grandir. Carter se remémore comment il a atterri dans le couloir de la mort.

Brad et Amy préparent leur fuite avec l’aide d’un complice inattendu, mais l’arrivée d’un haut fonctionnaire dérange leurs plans. Sykes et Richards deviennent de plus en plus méfiants l’un envers l’autre.

Guilder et Richards montent une équipe pour faire face à la fuite d’un des sujets. Amy se brouille avec Brad lorsqu’elle propose son aide d’une manière inattendue.

L'agent Brad et Lila se remémorent leur histoire et notamment lorsqu'ils ont décidé de sauver la petite Amy dont la biologie singulière est convoitée par un groupe de scientifiques. De son côté, Horace Guilder autorise le projet Noah qui a pour objectif d'immuniser contre toutes les maladies existantes, pendant que Carter prépare Amy pour le grand plan. Enfin, Lear se démène pour aider Elizabeth...

L'expérience scientifique pratiquée sur Amy semble démontrer que la transformation fonctionne. La fillette est en effet atteinte de fièvre et d'autres symptômes. Brad décide de rassembler tout le monde afin de lui venir en aide tandis que Lila et Sykes se démènent pour améliorer le vaccin qui pourrait sauver la petite cobaye des griffes de Tim Fanning...

Amy doit prendre une décision difficile lorsqu'elle découvre que le seul moyen d'arrêter Fanning et le projet Noé, implique une dangereuse explosion. La déflagration pourrait laisser l'agent Brad, le major Sykes et le traitement curatif en suspens et seule la fillette peut choisir ce qu'elle estime meilleur pour l'humanité. Suite à cette décision, de nouvelles alliances pourraient se former et une personne inattendue refaire surface afin de réclamer de l'aide...

A la suite de l'explosion, alors que plusieurs grandes villes ont sombrées dans l'obscurité, Amy doit tirer les leçons de la situation. De nouvelles alliances surprenantes vont commencer à se former tandis qu'au même moment, une figure incontournable va refaire surface afin de convaincre tout le monde de se battre pour leurs vies...