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Une flotte spatiale non-identifiée entre dans le système solaire. Sont-ce des Zentradiens ? Ils manifestent pourtant une étonnante résistance envers "l'opération Minmei" ?

Hibiki Hakari, journaliste qui enquête sans vergogne sur la vie privée de la meilleure pilote de Valkyrie de l'U.N. Spacy, tombe sur un scoop quand il peut exploiter le premier contact direct avec le mystérieux envahisseur, survenu dans l'épisode précédent.

Ishtar, à la recherche du secret du SDF-1, visite l'ancienne forteresse spatiale avec Hibiki. Ils semblent cependant suivis. Détectant la présence de leur émulateur, les Marduks et leurs guerriers Zentradi en profitent également pour attaquer...

Prisonnier des Marduks, Hibiki est sur le point d'être exécuté. Sylvie Gena tente de lui porter secours. Mais Feff, puissant guerrier Marduk, tente de sauver Ishtar avant que son vaisseau spatial "contaminé" par la culture Terrienne ne soit annihilé sur ordre de l'Empereur fou Ingues...

L'U.N. Spacy met en batterie le canon Macross (SDF-1) contre les forces d'invasion Marduk. Pendant qu'une gigantesque bataille a lieu dans l'espace, Hibiki est arrêté par la Police Militaire sur Terre.

Sylvie Gena veut utiliser l'antique SDF-1 pour mener un assaut désespéré contre le vaisseau amiral des Marduks. Sylvie, Ishtar et Ibiki, seuls contre tous, arriveront ils à contrer l'Empereur fou des Marduks ?