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Pendant l'ère de l'Edo. Fille du maître d'un dojo d'arts martiaux, Lin s'embarque dans une mission pour se venger de la mort de ses parents. Pour lui servir de garde du corps, elle a choisi Manji, l'homme immortel, surnommé le "tueur d'une centaine". Sa cible est le chef de l'école Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu, l'homme qu'elle hait. Voici les aventures de la vengeresse et de l'homme immortel.

Lin annonce qu'elle va voir un ami de son père, Sōri, un peintre, durant sa mission de vengeance. Sōri ne peut pas venir l'aider, mais lui donne de l'argent. Lin, le portefeuille plein mais sans piste, retrouve l'épée de son père chez un forgeron chez lequel elle est supposée avoir été volée. Son nouveau propriétaire est un maître de sabre de l'école Ittô-Ryû, Taïto Magatsu.

Une prostituée approche Manji alors qu'il attend Lin. Si Manji voit à travers la ruse de la prostituée, il accepte son invitation. Mais la femme, Makie Otonotachibana, semble être trop faible pour faire partie des guerriers d'Ittô-Ryû, comme elle le prétend. Après avoir épargné la vie de Makie, Manji la voit réapparaître avec des yeux et cheveux de couleurs différentes.

Lin demande à Manji de l’entraîner, mais ses aptitudes sont encore loin de rivaliser avec celles des disciples d'Ittô-Ryû. Lin, dans un moment de mélancolie, est attirée par un son, et découvre un homme s'entraînant seul. "Un jour, je serai aussi forte que lui", se dit-elle, avant de se rendre compte, stupéfaite, qu'il s'agit de son ennemi juré, le chef d'Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu.

Après avoir aperçu Kagehisa, Lin flanche. Perdues dans ses pensées, elle se fait approcher, avec Manji, par un moine bouddhiste nommé Eiku Shizuma, faisant partie d'Ittô-Ryû. Il affronte Manji, mais se fait rapidement vaincre. Malgré le coup mortel qu'il a reçu, Shizuma se redresse et sa blessure se referme d'elle-même. Shizuma possède un corps "immortel", tout comme Manji.

Lin, qui est venue voir le festival, rencontre un gamin effronté, Renzô. Au magasin de masques, la situation se détériore entre Manji et Araya, jusqu'à ce que le fils d'Araya, Renzô, ne débarque et les hostilités se dissolvent. Araya et Renzô s'en vont. Ayant regardé Manji de dos, Lin, pour une raison ou une autre, continue de fixer Araya, les yeux remplis de choc et de haine.

Les discussions pour nommer l'instructeur de l'école Ittô-Ryû, alloué par le shogunat, ont démarré. Le but est de faire connaître Ittô-Ryû dans le monde entier. Taïto Magatsu jure de le faire devenir réalité, mais décide de se distancer de Kagehisa Anotsu. En même temps, les chefs d'Ittô-Ryû commencent à être pris pour cible. La pointe de cette épée est aussi dirigée vers Magatsu.

Manji et Lin embauchent les quatre membres du Mugaï-Ryû, qui détiennent des informations sur Kagehisa, pour l'assassiner. Accompagnée de Shira, à l'affût sur la route qui mène à la frontière d'Edo, après avoir reçu des informations que seule elle connaît, Lin rattrape Kagehisa qui tente de s'enfuir.

C'est Giichi qui avait dévoilé la cachette de Kagehisa à Lin, et Manji et elle sont maintenant suspectés de meurtre. Les criminels suspectés ne peuvent pas franchir le poste de contrôle. Mais, grâce à une servante que Lin a rencontrée, elle a une solution. Elle se rend seule à un village où l'on peut l'aider à contourner le poste de contrôle.

Manji veut aller retrouver Lin, mais il ne peut pas franchir le poste de contrôle. Sôri et Magatsu débarquent. Sôri dit à Manji qu'il peut lui dénicher autant de passes qu'il veut, à une condition. Pendant ce temps, Shira, les cheveux gris et manchot, apparaît devant Hyakurin et Shinriji qui sont en train de modifier leur plan d'assassiner Kagehisa.

Étant devenus compagnons de route dans l'intérêt de leurs objectifs, Manji et Magatsu se font agresser par un groupe d'hommes chauves. Manji, gémissant de douleur, se fait approcher par derrière par Shira, qui, ayant guérit son corps et désirant sa revanche, lui coupe le bras. Mais Magatsu, dont une femme chère a été tuée par Shira, fait obstacle à celui-ci.

Après s'être lancée vers Kaga à la poursuite de Kagehisa, Lin, effondrée, se fait secourir par Kagehisa lui-même. Devant maintenant coopérer avec Kagehisa qui se fait poursuivre par le Shingoto-Ryû, Lin commence à découvrir l'humanité de Kagehisa, son ennemi juré.

Les membres de l'Ittô-Ryû ont été assassinés par le shogunat. Kagehisa rassemble les membres restants en secret et complote de se venger contre le shogunat. Manji est invité au Mugaï-Ryû par Giichi, mais il refuse et ils s'affrontent. L'arme de Giichi se casse, une trêve est donc déclarée. Manji décide d'aller rencontrer le chef du Mugaï-Ryû, Habaki.

Manji se fait emprisonner dans un donjon, un plan d'Habaki. Habaki demande au docteur Burando Ayame d'essayer de résoudre le mystère de son immortalité. Au nom du progrès de la médecine, Burando enfonce un scalpel dans le corps de Manji. Pendant ce temps, en attendant le retour de Manji, Lin doit malgré elle cohabiter avec Dōa et Isaku, qui recherchaient aussi un endroit où loger.

Burando transplante le bras gauche de Manji sur le corps de Dewanosuke. De nombreux autres tests s'avèrent aussi positifs. Mais Habaki met la pression sur lui et exige des résultats. L'épée d'Habaki se rapproche du corps imparfaitement immortalisé de Dewanosuke. À la recherche de Manji, Lin tombe sur Dōa et Isaku dans la rue. C'est alors que le représentant que Dōa a renversé les approche.

Depuis l'incident de Dewasuke, Ayurando est un échec. Finalement, le crachat devient une retenue de prison par le crachement et touche. Mais, après la folie, Auriman gagne des choses importantes dans une expérience immortelle. Les gens sont des loutres. Pendant ce temps, Rin et Hitomi ont décidé d'envahir le château d'Edo pour sauver les captifs Manji et Insaku.

Manji et Lin sont enfin réunis. Mais Habaki, leur ennemi redoutable, les empêche de s'échapper. C'est alors que Dōa et Isaku, présumé mort, arrivent à la rescousse. Leur fuite à l'horizon, une personne inattendue apparaît devant Lin et Manji... Ainsi que les résultats et la réponse que Burando a découverts avec ses tests.

Après son échec au château d'Edo, Habaki perd son poste de chef. Mais, pour éliminer Ittô-Ryû une bonne fois pour toute, il se rend au Rokki-dan avec espoir. Mais le nouveau chef, Ugen, décide qu'Ittô-Ryû, ayant quitté Edo, est maintenant hors de cause. De plus, pour s'assurer qu'il obéisse à l'accord, la femme et les enfants d'Hibaki sont enlevés.

L'Ittô-Ryû est poursuivi par le Rokki-dan, dirigé par Habaki. En l'apprenant, Lin et Manji décident aussi de les poursuivre. Même avec toutes les personnes quittant Edo à la recherche d'Ittô-Ryû, les quatre chefs nommés par Kagehisa Anotsu restent introuvables. Et puis, très tôt, un matin, Kagehisa et les trois autres apparaissent devant le portail Ootemon du château d'Edo.

Rin et Manji poursuivent Kagehisa, mais Shira les attaque et Rin est emmené. Manji va la sauver et rencontre non seulement Shira, mais aussi Renzou. Manji combat Shira afin de sauver Rin. Mais étonnamment, ce qui tranche sur Manji, c'est le bras gauche de Shira, qui aurait dû être perdu.

Manji est blessé dans le duel avec Shira. Renzou prend une épée pour tuer Manji, mais Rin et les autres le convainquent autrement. Pendant ce temps, Habaki est furieux d'apprendre l'attaque du château d'Edo. Malgré le manque de leadership, la poursuite d'Itto-Ryu se poursuit. En conséquence, l'un des membres de Ittou-ryu entre dans un village dans les montagnes. La fille de Habaki, Ryou, essaie de le soumettre pour être utile à son père.

Arashino, Hasshuu et Murasaki des Rokki-dan jouent le rôle d'avant-garde dans l'affrontement avec les Ittou-ryu. Le crucial Abayama parvient à s'échapper avec l'aide de ses partisans. Mais il doit ensuite affronter Giichi et Hyakurin, qui ont poursuivi Abayama pour aider Habaki.

Les Ittou-ryu, Rokki-dan, et Manji et Rin se rassemblent tous à Nakaminato, comme s'ils y étaient guidés. Ils portent tous leurs motifs sur leurs épées au moment où ils entament leur ultime combat mortel. Tromper, soumettre, et danser dans le chaos. Les étincelles voleront dans la bataille décisive entre les plus forts. Le dernier mot revient à...

Les vies des personnes rassemblées s'éteignent les unes après les autres. Ceux qui restent sont battus et meurtris. Pourtant, ils continuent à prendre leurs épées, et à frapper leurs convictions les uns contre les autres. Le dernier debout... Et la vengeance qui s'est accomplie... Le rideau se ferme maintenant sur l'histoire de l'homme à la vie éternelle, et de ces gens dont les vies finies étaient un feu de passion.