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Akira Natsume a la technologie en horreur, ce qui lui pose quelques problèmes de sociabilité. Il décide de se reprendre en main, mais le sort ne lui en laisse pas le temps. Victime d'un accident, il se réveille des années plus tard. Dépourvu de corps, il découvre qu'il est devenu une sorte d'arme surpuissante très convoitée.

Akira en apprend plus sur les événements récents qui se sont produits à Tokyo. Une série d'attentats a eu lieu, et le gouvernement reçoit une nouvelle menace. Akira décide de coopérer avec la section anti-EX-ARM pour tenter de déjouer la prochaine attaque.

Akira doit à nouveau collaborer avec la police en prenant possession du corps d'Alma. L'objectif est de s'infiltrer dans la demeure d'un dictateur en exil au Japon pour récupérer une EX-ARM en sa possession.

L'équipe de la section anti-EX-ARM est en difficulté face au char bipède piloté par Elmira. Akira prend le contrôle de la nouvelle arme envoyée par le QG pour tenter de reprendre le dessus sur cet adversaire capable de désintégrer ses cibles.

Pour tenter de raviver les souvenirs d'Akira, la section anti-EX-ARM le plonge dans un monde de réalité virtuelle basé sur sa vie avant son accident. Toute l'équipe rejoint Akira dans ce monde factice pour tenter de trouver un déclencheur qui lui fera recouvrer la mémoire.

La section anti-EX-ARM va devoir collaborer avec la police pour s'infiltrer dans une vente aux enchères d'EX-ARM où se retrouvent des criminels de toutes les origines. Qui réussira à mettre la main sur ces armes tant convoitées ?

Akira se retrouve en tête à tête avec le commissaire-priseur qui cherche à le ranger de son côté. Il lui parle d'un attentat qui a eu lieu plusieurs années auparavant et qui fait le lien entre plusieurs factions qui ont pris part aux enchères. Mais pas seulement, puisque Minami aussi est liée à l'attentat, elle va partir seule pour rencontrer Al Jade afin d'en savoir plus su son passé.

Bêta retient en otage les membre de Jinkoku ainsi que Miyabe. Il invite les différentes factions qui participaient aux enchères à le retrouver dans un stade de l'île artificielle. En affrontant Bêta, Akira en apprend un peu plus sur son passé et sur son rôle dans l'attentat de Tokyo.

La situation est critique pour les membres de la section anti-EX-ARM. L'armée envoie une arme redoutable pour faire le ménage, et tant pis s'ils font partie des dommages collatéraux. Akira pourrait tirer d'affaire ses camarades s'il pouvait utiliser l'Ogre, mais il aurait besoin d'Alma pour s'y connecter.

Le combat continue entre la section anti-EX-ARM et Bêta. Alma affronte Sôma, le frère de Minami, tandis qu'Akira est à nouveau confronté à son passé.

Le seul moyen de vaincre le géant Bêta est d'attaquer directement le cerveau, forçant Ogre dans une situation très périlleuse. Le commissaire-priseur risque sa vie pour localiser le cerveau, et Ogre utilise le numéro 11 pour l'éliminer et vaincre Bêta. Il retrouve l'équipe et fait la fête, mais sa joie serait de courte durée.

Le monde est en danger ! Corrompues par la malveillances de Bêta, les IA contrôlant des armes du monde entier menacent de détruire le monde. Akira est le dernier espoir de l'humanité et il plonge dans le réseau pour sauver ce qui peut l'être.