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Au début du XIIIème siècle, un conflit éclate entre le clergé du Midi et Raymond VI, le comte de Toulouse, jugé trop tolérant par l'Eglise catholique à l'égard de la secte hérétique cathare. En 1208, Pierre de Castelnau, légat du pape est assassiné. Raymond VI est accusé de complicité et excommunié par le pape Innocent III qui fait alors prêcher la croisade contre les Albigeois pour extirper l'hérésie. Simon de Monfort, seigneur d'Ile de France, est autorisé par le roi Philippe-Auguste à lever une armée et à la conduire pour engager la lutte. Le sac de Béziers (1209), de Narbonne et de Carcassonne marquent les débuts de cette croisade. Simon de Monfort est tué lors du siège de Toulouse en 1218.

Raymond VI de Toulouse meurt en 1222. La lutte se poursuit entre son fils, Raymond VII et Amaury, fils de Simon de Monfort qui gagna le comté de Toulouse et en fit remise à la couronne de France en 1226. Toutefois, ce n'est qu'en 1244, date de la capitulatiion de Montségur, dernière forteresse où s'étaient réfugiés les albigeois, que la résistance cathare fut brisée.