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Alex est une kangourou fille qui arrive à School Island. Les Kangoo Juniors sont ravis et n'ont d'yeux que pour elle, et laissent tomber peu à peu Tiffanie. Un conflit s'installe alors entre les deux jeunes filles car la petite Alex s'avère être une bagarreuse et une vraie boute-en-train.

Une nuit Didi et sa bande trafiquent les votes des délégués de classe de peur que les Kangoo Juniors ne gagnent encore. Didi ordonne que l'on se débarrasse de tous les votes et décide d'en laisser 2 pour Napo et Tiffanie, mais la vérité va être découverte lorsque Napo et sa bande découvrent le sac rempli de votes que Didi et sa bande avaient volé. M. Walter en colère décide de recommencer les élections.

La Bande des Cinq n'arrête pas d'embêter Tiffanie. Ils se moquent d'elle et lui volent ses affaires. Un jour, elle confie en pleurs aux Kangoo Juniors ce qu'il lui arrive. Napo et ses amis décident de lui apprendre à se défendre. Django lui apprend le Taekwando et la petite fille fini par donner une bonne leçon à la Bande des Cinq.

M. Walter rassemble tous les élèves et les professeurs de l'école de School Island pour leur faire part d'une triste nouvelle. Il est obligé de prendre sa retraire à cause de l'inspecteur académique qui va le remplacer par un autre directeur, celui-ci demande qu'il soit remplacé et promet que rien ne changera. Le nouveau directeur impose de nouvelles règles assez négatives à l'école et des méthodes pédagogiques très personnelles. Les Kangoo et La Bande des Cinq s'allient contre lui.

Un concours d'invention a lieu à School Island. Les élèves, par groupe, doivent créer une invention. La plus belle gagnera le concours, mais la Bande des Cinq triche à plusieurs reprises pour pouvoir gagner. C'est alors qu'une étrange tempête détruit tout et emporte tout sur son passage. Les Kangoo Juniors et leurs camarades doivent tout recommencer.

Pour la grande joie des Kangoo Juniors, les membres de la Bande des Cinq se sont fait confisquer leur téléphone mobile. Pour leur changer les idées, M. Walter propose aux élèves et surtout à la Bande des Cinq un tour en avion. Mais celui-ci va rapidement tourner au cauchemar quand les garnements utilisent leur téléphone mobile ce qui engendre des dérèglement sur l'appareil volant et celui-ci tombe en panne.

Une petite fusée va faire son décollage à School Island. Les Kangoo Juniors fascinés montent dans la fusée. La Bande des Cinq en profite pour fermer la petite porte de la fusée, mais lors du décollage personne ne se doute que les Kangoo Juniors étaient enfermés dans la fusée. Nelson décide d'aller voir à l'avant de la fusée mais il n'y a pas de pilote.

Lors d'une partie de basket contre les petits Manathans, Junior reçoit le ballon en pleine tête ce qui lui donne un formidable don de double voyance. Très vite Junior se sent plus fort que jamais.

Miss Adélaïd est absente pendant quelques semaines. C'est donc un professeur homme qui la remplacera, celui-ci est un professeur superbe et très gentil. La Bande des Cinq en profite pour se moquer de lui, le bousculer ou encore l'insulter. Kevin, fou de rage, propose à ses amis d'aider le pauvre professeur qui est à bout de forces.

Un avion largue plein de billets au-dessus de School Island. La Bande des Cinq accourt pour chercher les billets ainsi que tous les autres élèves de l'école. Quant aux Kangoo Juniors, Nelson se laisse tenter par les billets verts, les autres Kangoos essayeront tant bien que mal de le retenir lui et les autres élèves.

Le directeur a décidé de faire une photo de groupe avec les élèves de School Island, Nelson, Napo, Kévin, Alex Junior Archie et Tiffanie sont ravis. Cependant une dispute éclate entre M. Walter et M. Die car chacun des deux hommes voudrait avoir une place dans le grand concours de photographie, les Kangoo Juniors vont donc essayer de tout remettre en ordre.

Un soir d'orage, Junior entend une petite voix qui l'appelle. Il s'agit d'Horius, le petit extra-terrestre blessé qui revient et redemande de l'aide aux Kangoo Juniors. Il leur apprend que sa planète est en danger.

Une grande course de vitesse a lieu à School Island, mais Didi et sa bande trichent encore. Kévin et Nelson les plus rapides s'aperçoivent avec stupeur que Didi est devant eux et court, bizarrement, sans jamais être fatigué. Quel est son secret et où se trouvent son frère Marcos et Vip vip ?

En se promenant dans la forêt de School Island, Junior découvre une plante qui parle et demande de l'aide au jeune Kangoo. Celui-ci va rapidement découvrir que celle-ci est kleptomane et carnivore quand les autres Kangoo, ayant remarqué le comportement de la plante, décident de mettre Junior en garde.

Les Kangoo Juniors sont heureux de revoir le professeur Tulipe qui, cette fois, leur parle d'une étrange faucille d'or qui a le pouvoir de couper les cheveux des menteurs. Didi et sa bande s'en emparent sans connaître cette faculté spéciale.

Les Kangoo Juniors découvrent une carte au trésor et plongent dans la mer à la recherche de cette merveille. La Bande des Cinq les suit de près mais ils se font attaquer par un requin. Les Kangoo Juniors décident de leur porter secours.