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Juin 1940. À Chartres, le préfet Jean Moulin, ex-membre du gouvernement du front populaire, se met à la disposition de l'occupant allemand. Lorsqu'on lui demande de signer une déclaration accusant les Sénégalais de l'armée française d'avoir brutalisé les civils, il refuse. Torturé et jeté en prison, Jean Moulin se tranche la gorge, craignant de ne pouvoir résister davantage. Il est sauvé et gagne alors Paris où il réactive ses anciens réseaux...

Janvier 1942. Après un séjour à Londres, Jean Moulin est parachuté en France. Devenu le représentant personnel du général de Gaulle, il est chargé d'unifier les mouvements de résistance. Il s'organise une vie double : préfet en disponibilité à Eygalières, près de sa famille, et chef clandestin partout ailleurs. À Marseille, à Lyon et à Paris, il retrouve les chefs de la Résistance intérieure. Il s'impose à eux pour une raison majeure : lui seul peut fournir aux mouvements les armes et l'argent dont ils ont besoin...