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Les touche-à-tout Yun et Haberu enquêtent sur des sons émanant d'un manoir inhabité. Ils localisent la source à proximité, tandis que Mei entend la même mélodie.

Yun, Goro et leur robot Jet Jaguar affrontent Rodan, un kaiju hostile ressemblant à un ptérosaure. Mei rejoint Tokyo pour rencontrer une chercheuse de renommée mondiale.

Une nuée de Rodans se dirige vers Nigashio. L'équipe de l'usine Otaki tente en vain de les éloigner de la ville, mais se retrouve rapidement encerclée.

Yun et Haberu établissent un lien entre Misakioku et l'invasion de Rodans. Mei assiste à la conférence de Li, où la professeure dévoile de nouveaux éléments.

Salunga émerge des profondeurs de la base de recherche d'Upala, recouvert de poussière rouge. Pendant ce temps, Yun observe Anguirus, qui manifeste une étrange capacité.

Mei découvre un code mystérieux dans les recherches du professeur Ashihara. L'équipe d'Otaki affronte Anguirus dans le cadre du plan d'extermination de la ville.

Suivant un groupe de Mandas, un kaiju géant échoue à Tokyo. La poussière rouge oblige l'avion pour Londres de Mei et de la professeure Li à se détourner vers Milan.

Sous le commandement de Matsubara, les forces terrestres ripostent à l'attaque de Godzilla sur Tokyo. À Londres, Mei tente de décrypter les recherches d'Ashihara.

Godzilla continue à avancer dans Tokyo, en recouvrant la ville de poussière rouge. L'équipe d'Otaki aide une personne prise au piège par un kaiju araignée.

De retour au manoir d'Ashihara, Yun et Haberu tentent de déchiffrer les recherches du Professeur avec l'aide de Jet Jaguar. En Inde, Lina emmène Mei rencontrer BB.

Avant de rejoindre la calculatrice super dimensionnelle, BB propose à Mei de voir le point singulier. L'équipe d'Otaki se rend à Tokyo pour éliminer Godzilla.

Mei apprend qu'une explosion a autrefois été déclenchée par la calculatrice d'Ashihara. Kanoko donne à Matsubara le diagonaliseur orthogonal à utiliser contre Godzilla.

Mei, BB et Péro II tentent d'empêcher le cataclysme, mais Salunga leur tend un piège. Pendant ce temps, l'équipe d'Otaki lance l'offensive finale contre Godzilla.