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Depuis l’invasion extraterrestre, l’humanité s’est réfugiée sur la Lune. 2B, une androïde parmi tant d’autres au service de l’humanité, est envoyée sur Terre. Sa mission : abattre le Goliath et récolter des informations.

Le conflit fait rage sur Terre, entre les formes de vie mécaniques, qui évoluent, et les humains, aidés des androïdes. La Résistance, toujours sur le front, commence à se demander si la guerre prendra un jour fin.

2B et 9S rejoignent, avec Lily et son groupe, le camp de la Résistance. Ils y retrouvent Psycho, toujours prête à en savoir plus sur les machines. C’est à trois qu’ils se rendront dans le désert pour mener l’enquête confiée aux androïdes.

De retour au camp, 2B et 9S font leur rapport concernant leur précédent combat face à des robots bien avancés. Une nouvelle mission les attend : retrouver une unité YoRHa qui a disparu en laissant un message énigmatique.

2B et 9S sont envoyés dans un village de machines, à la demande de la Résistance. Les deux androïdes seront surpris de voir une communauté de formes de vie mécaniques aussi avancée et non hostile. Ils échangeront ainsi avec un certain Pascal…

2B, 9S et Lily sont en mission. La jeune résistante est troublée par des souvenirs de son passé. Elle en fera part à 2B, puisqu’elle avait justement rencontré un androïde du même type que cette dernière.

2B et 9S tombent sur Pascal et une autre machine. Cette dernière est perturbée, car sa sœur a disparu. Bien malgré 9S, les deux androïdes accompagnent Pascal pour retrouver la machine disparue dans la forêt.

2B et 9S rapportent à Contrôle leur récente confrontation avec A2, androïde considéré comme dangereux. Les deux unités sont chargées de la retrouver. 9S ne peut s’empêcher de vouloir connaître la raison de la désertion d’A2.

9S est bloqué dans un espace de données qu’il n’explique pas. Très vite, il sera confronté à un ennemi redoutable, Adam, dont l’objectif est déjà défini. 2B ne tardera pas à partir à la recherche de son camarade.

À peine 9S sauvé qu’une nouvelle mission attend 2B : éliminer Adam. Lorsqu’elle se rend aux coordonnées fournies par sa hiérarchie, elle fera face à des machines aux coutumes nouvelles et particulières.

Une attaque massive des formes de vie mécaniques touche la base de la Résistance. 2B rejoint Lily et ses camarades pour les soutenir sur le front. Toutefois, les moyens pour lutter sont limités, le commandement n’étant pas très coopératif.

Malgré l’interdiction d’utiliser le satellite laser, le commandement en fait usage pour achever l’ennemi. Toutefois, un reste d’Adam persiste encore. Charge à 2B et 9S de l’achever une bonne fois pour toutes.

Toujours en mission, 2B et 9S font la rencontre d’une résistante à la cape rouge qui leur demande de retrouver son amie disparue. Si 9S est toujours enjoué à l’idée d’aider, 2B reste sur ses gardes.

Une opération de grande envergure est lancée sur Terre contre les formes de vie mécaniques. Les modèles YoRHa de type S joueront un rôle clé dans cette offensive. Pourtant, 9S, qui assure la coordination avec ses pairs, comprend que quelque chose cloche…

Grâce au contre-piratage, les formes de vie mécaniques prennent le dessus dans la bataille. Pendant que 2B vient porter assistance à ses camarades, l’infection virale fait des ravages. 9S, conscient de la situation, fera son maximum pour sauver sa coéquipière.

Après la destruction de Bunker, 2B et 9S retournent sur Terre. Le répit est de très courte durée, puisque les unités YoRHa contaminées s’en prennent à eux. Les deux androïdes finiront séparés, sur des terres bien hostiles.

Restauration de la mémoire d’A2, quand elle appartenait encore à la troupe YoRHa. Lors de sa première descente sur Terre, de nombreuses camarades ont été perdues et d’autres l’ont rejointe. Mais à quel prix ?

A2 reprend connaissance dans le village des machines et s’étonne de voir des formes de vie mécaniques qui ne sont pas hostiles, voire trop bienveillantes. 9S, quant à lui, se retrouve au camp de la Résistance.

9S tente de pénétrer l’immense structure qui est apparue peu de temps après l’échec de l’opération de grande envergure. Sa rencontre avec l’ancienne opératrice 21O viendra bouleverser l’androïde déjà bien perturbé.

Dans le village des machines, tous sont en formation en attendant l’ennemi. A2 a attribué un rôle à chacun afin que la défense soit maximale. Si la première vague semble rapidement maîtrisée, le répit sera de courte durée…

Grâce à Pascal, A2 a pu s’en sortir indemne. Plus loin, au camp de la Résistance, une infection virale virulente s’est répandue. Lily devra faire des choix radicaux pour éviter que les androïdes infectés quittent le camp.

Devola et Popola continuent leur mission et retournent sur les lieux désolés du camp de la Résistance. L’annonce de la tour leur fait comprendre que 9S doit sûrement s’y trouver. Ce dernier va d’ailleurs en savoir plus sur son passé.

9S a pénétré la Tour et doit subir une dernière épreuve, et pas des plus simples. A2 rejoint également les lieux. L’androïde rebelle découvrira la vérité sur le projet YoRHa, tandis que 9S est bien décidé à se venger.

Dévorés par leurs convictions, 9S et A2 s’affrontent. Néanmoins, l’infection de 9S prend de l’ampleur, donnant une autre dimension au combat. Et contre toute attente, les Pods auront également un rôle à jouer.